心电图诊断房室肥大敏感性及特异性均存在一定的局限性，鉴别诊断需结合临床病史，最终确诊依赖于心脏彩超等影像学的客观依据。

主要与各种原因引起的左房传导阻滞鉴别，可见于Bachmann 束等房间传导通道发生变性、断裂或纤维化等，心电图表现类似“二尖瓣型P波”。可见于冠心病、心肌梗死、高血压病和糖尿病等，鉴别主要依靠临床病史和辅助检查结果。

可出现P波增高变尖，但同时出现T波低平、倒置，ST 段下移，u波增高，Tu 融合等相应低血钾心电图表现。

右房内结间束因缺血、变性或纤维化等导致传导延缓，引起右房内除极时间延长，可出现肺型P波。临床及心脏彩超排除右房肥大后，可考虑诊断右房内传导阻滞。

心电图诊断左心室肥大的敏感度和特异度均有限，只能提供诊断线索。一方面，一部分左室肥大的患者并不出现相应心电图改变；另一方面，一些个体心电图表现为典型的“左室肥大”，但临床并未证实存在“左室肥大”。此外，左室高电压仅是一种心电图改变，并不意味着病理性左室肥厚，可见于一些胸壁较薄者、青年和幼儿。需与左室肥大心电图相鉴别的有：

左胸前导联出现高大的R波及继发性ST-T改变，但有δ波和PR间期缩短。

与心肌缺血时ST-T改变相类似，但后者有心绞痛症状，ST 段下移＞0.10mV，并有动态演变过程。

V ₁、V ₂导联R波增高，同时V ₇～V ₉导联可出现异常Q波，结合临床资料可做出诊断。

V ₁、V ₂导联R波增高，并出现继发性ST-T改变，但有δ波和PR间期缩短。