微生物实验过程中，实验菌株可能是最敏感的，因为它们的生物活性和特性依赖于合适的实验操作和贮藏条件。

实验室菌种的处理和保藏的程序应标准化，使尽可能减少菌种污染和生长特性的改变。实验菌种应从国家菌种中心获得的标准菌种，经过实验室复活并在适宜的培养基中生长后保存，或接种于装有适宜培养基（如甘油-蛋白胨水）小瓶或冷冻管中，置-30℃或更低的温度保存，如果贮藏在-80℃或将其冷冻干燥，可以保存更长时间，也可接种培养基斜面制备成工作菌种或菌悬液，每月或每周转种一次。

工作菌种的传代次数应严格控制，不得超过5代（从菌种保藏中心获得的标准菌株为第0代），以防止过度的传代增加菌种变异的风险。1代是指将活的培养物接种到微生物生长的新鲜培养基中培养，任何形式的的转种均被认为是传代1次。必要时，实验室应对工作菌株的特性和纯度进行确认。

工作菌株不可替代标准菌株，标准菌株的商业衍生物仅可用作工作菌株。标准菌株如果经过确认试验证明已经老化、退化、变异、污染等或该菌株已无使用需要时，应及时灭菌销毁。

实验室必须建立菌种保藏和使用文件化的程序管理制度，该程序包括：每支菌种标注名称、标准号、接种日期、传代次数、进出、收集、贮藏、保存、确认实验以及销毁的记录、标准菌种的申购记录、从标准菌株到工作菌株操作记录，如菌种定期转种传代，鉴定（纯度、特性）、培养基和培养条件、菌种保藏的位置和条件及其他需要的程序。