《黄帝内经》云：“治病必求于本”。叶桂辨治月经病十分重视对发病原因的具体分析，善于溯本探源，从因论治。主要有如下两方面：其一重视食物致病。如治李案，因酸涩入里，气血呆钝，经来痛自心胸，胀及少腹，月经愆期。叶桂认为其病因病机是“食酸气血滞”，治疗上宗“辛以胜酸”法，于理气活血药中加入薤白汁以治其本。其二重视年龄因素。若妇女年已五旬，天癸当止之时而发崩漏，血色淡红，无明显寒热证候，则属“冲任督带损伤，阳明胃脉衰微少气”所致，投以人参、黄芪、炙甘草或理中汤等温中摄血止血。盖年届五旬，肾气渐衰，天癸当竭，全赖脾胃后天之本充养，脾胃气虚则每易影响先天肾气致冲任不固而发崩漏，故治疗上应着眼于温健中焦，此亦治根求本之法。

女子以肝为先天，《傅青主女科》谓：“经水出诸肾”“经本于肾”，因此在妇科调经种子篇目中，历代医家均重视肝肾。叶桂也不例外，其在《临证指南医案·淋带》中曰：“女科病，多倍于男子，而胎产调经为主要，淋带瘕泄，奇脉虚空，腰背脊膂牵掣似坠，而热气反升于上，从左而起，女人以肝为先天也”。由于肾阴、肾阳是濡养、滋润和维持机体正常生理功能的根本，肾之阴阳亏虚往往导致肝之阴阳不足，肝肾阴阳虚而失调、奇脉不和则致愆期、经闭、倒经、崩漏诸病。盖肾藏精，肝藏血，精血互生，乙癸同源，血少则精必不足，血旺则阴精自充，此血中求阴法也。肾阳不足，常以肉桂、肉苁蓉、鹿角霜、补骨脂等温补肾阳，同时每每加入人参补益脏气，于气中求阳。肝肾阳虚，内热不著，则以熟地、白芍、天冬、麦冬、枸杞、女贞子补阴配阳，兼五心烦热或经血上逆者，多以生地易熟地，以取其甘寒之性径入血分以清血分之热，同时加入知母、白薇滋阴清退虚热，或加黄柏“凉肝坚阴”。更进一步的是叶桂擅用奇经理论，寓补益肝肾于通补奇经之中。认为“虚者以血肉有情之品通补奇经，实者以苦辛及芳香之法通其脉络”，在《临证指南医案》中尤多阐发，且遍及各门。奇经病多为失血或久病内耗气血阴精所致，在妇女有久崩、淋、带、瘕聚、产后病等。而在妇科中用得较多的是通补奇经法，本法以鹿茸、鹿角胶、鹿角霜、杞子、沙苑子、柏子仁、茯苓、菟丝子等为主药，适用于奇经诸脉交伤虚损之虚劳、淋浊、泄泻、崩漏及产后诸病，为奇脉虚衰的主要治法。其理论于续集沈案及产后门程案可窥一斑。叶桂认为奇经八脉隶于肝肾，乃一身之纲维，病延日久，虚损不复，肝肾内伤，则真阴衰，五液涸，致八脉亏损而运用乏力。《临证指南医案》所载女科病医案共235则，其中65则提到奇经论治，叶桂论治女科病重视奇经理论可见一斑。此外，叶桂还于补益肝肾阴阳的同时加入山楂、牛膝、茺蔚子等活血通经之品，随证用药，灵活变通，寓通于补，通补结合。其在诊治妇女崩漏日久，月经愆期兼不孕、倒经、痛经等病中均有体现。如朱案，经水一月两至或几月不来，五年不孕，下焦肢体常冷，叶桂以为“冲任脉损，无有贮移”，治以“暖益肝肾”，采用人参、熟地、白芍、肉桂、小茴香、紫石英、当归、川芎、茯神、香附、河车胶。其中熟地、白芍补益肝肾之阴；肉桂、小茴香乃温养肝肾之阳；河车胶益肾精，补气血；人参、当归益气养血；香附、川芎理气活血通经；紫石英暖子宫，镇心安神；茯神宁心安神。叶桂填阴潜阳时，喜用介属、有情之品，填补下焦。尝谓“滋填阴药，必佐介属重镇”，故填阴常用血肉有情之品，潜阳常用龟板、鳖甲、牡蛎、龙骨等介属。此外还适当加用一二重镇之品为佐，以引他药直达下焦。如固本丸加淡菜、阿胶、秋石或磁石，六味加龟板等。强调血肉有情之品以填精，介类以潜阳，重镇以下达，这不但能使肝肾得以补益，而且使既补之精因介属类的固摄作用而不至于重泄。所以“介类”与“有情”相伍，佐以重镇，就能更好地起到填精、潜阳、固摄的多种作用。

着重胃气以治疗月经病是叶桂治疗女科疾病的又一特色。叶桂认为中焦脾胃乃气血生化之源，也为冲脉血海之源。中焦脾胃功能失常，可影响冲脉而致月经不调诸证。冲、任、血海均由阳明主司，饮食不节、苦寒辛散皆伤胃系，阳明胃土衰微，经事乃难向安，故见有经闭、经漏、经期浮肿、便溏等证。在临证治疗中，叶桂对崩漏、闭经、不孕、月经愆期等妇科疾病均十分重视从中调治，理中以治下。叶桂关于冲脉所论甚多，如“凡女人月水，诸络之血，必汇集血海而下。血海者，即冲脉也，男子藏精，女子系胞。不孕，经不调，冲脉病也”，“冲脉不和，则经水不调”，“女子四十九，天癸当止，谓阳明脉衰，冲脉力怯，不能招集诸络之血聚于血海，按月行经，此向老皆然”，“凡下焦多属血病，瘕属气聚，为血痹，病在冲脉”，“冲脉隶于肝肾，二脏失藏，冲气沸乱”，“凡经水之至，必有冲脉而始下”，“而冲脉隶于阳明”，“冲任血海皆阳明主司”等。在治疗上，叶桂以扶持中土、温运脾胃为法。临证根据病之深浅，药分轻重。强调从中焦入手，运用建中和营、温中摄血或通理胃阳的方法以调补冲任治疗女子月经愆期、经闭、崩漏等下焦病证，可谓“理中以治下也”。若脾胃阳伤，中气愈馁，冲脉乏血贮注乃见经闭之症，并认为“冲隶于阳明，阳明久虚，脉不固摄，有开无合”，可演为崩漏之症。指出藏血统血固在肝脾，必得阳明脉络充旺，故冲脉之不固亦由阳明胃气之衰弱所致。故叶桂治法主张斡运中宫，奠其后天之本。调经，尝按“劳者温之，损者益之”之旨，先用甘温之四君、理中二方适益中土，药忌苦寒滋腻。如月经推后而至，郁伤肝脾，罹损胃气，叶桂以安胃理中丸去黄柏、细辛。若素体胃气虚弱，血海渊源匮乏而致月经不来。中气不足，症兼食欲不振，脘闷腹胀，气短乏力，脉弱者，方用四君子汤益胃健运，脾胃阳虚，症兼食衰泛涎，便溏浮肿，倦怠无力，脉虚者，方用理中汤温补脾胃；予人参、半夏、陈皮、茯苓、益智仁、煨姜等以振奋胃阳而调经。如妇女月经愆期、闭经不孕，兼见呕恶痰涎、脘腹痹阻等证，脉缓者，叶桂以为“胃阳不运”所致；治“以理胃阳为要务”，“务宜宣通、从阳明厥阴立方”。方选二陈汤去甘草加苏梗、枳壳疏运胃阳。药用半夏曲、茯苓、生姜和胃健脾化痰，苏梗、广陈皮、枳壳、厚朴、香附等理气疏肝化痰。若他脏病变造成脾胃虚弱，出现营血亏虚，月经闭阻之症，叶桂给予当归建中汤去姜治疗或四君子汤以恢复脾胃功能。叶桂重视胃气多从胃阳入手进行治疗。临床喜用人参、云苓、半夏、白术、陈皮、桂枝、白芍、饴糖、山楂等。其根据“有形精血难生，无形元气须急固”的原理，仍主张在治疗上以建中为主，或建中稍佐滋肾之品。如：用大小建中汤或五味异功散加五味子。叶桂还强调淡薄滋味，重视食养，提出“食物自适者即胃喜为补”的观点，用以辅助药力，恢复胃气。

后世医家统计了《临证指南医案》《未刻本叶氏医案》《叶氏医案存真》《叶天士女科》共65例月经病证后发现，叶桂治疗月经病用药很广，达118味之多，其中尤以茯苓、茯神运用次数最频。病证属虚者用之，偏实者也用之。肝郁脾虚为主者多用茯苓，肝肾阴血亏虚者多用茯神。茯苓、茯神均有益脾和胃，宁心安神之功，所异的是茯苓益脾宁心力强，茯神宁心安神功著。由于心主血脉而藏神，“胞脉者属心而络于胞中”，心血旺盛，神明正常，心气下通，入于胞脉、胞宫，则经候如常。又因女子情绪易受激惹，忧思过度，心脾气血两伤，或肝肾亏虚，心血不足，终至心神失充，胞脉、胞宫失养，则经候随之失常。叶桂以茯苓、茯神调心脾而安心神，寓意之深，于此可见一斑。对于肝郁脾虚，心脾两亏者以茯苓健脾宁心，一举两得，肝肾阴血亏虚，心火易亢，故以茯神加强宁心安神之功。此乃“欲补心者，须实肾，使肾得升，欲补肾者，须宁心，使心得降”之意义所在。心主血脉及胞脉，与心有直接联系。治心主要有两种措施：一是宁心安神，使经血下行，胞脉流畅，二是清心降火，使胞脉宁静，行归藏之功。叶桂治心侧重前者。如《临证指南医案·调经门》某案：“寒热无汗，经先腹痛，喉中燥痒，咳逆，食物不思，此郁伤气血。八脉主病，姑先与泽兰汤，药用泽兰、归身、丹参、白芍、柏子仁、茯神等。”考叶桂所用泽兰汤，其重点是治心而兼调奇经，特别是调胞脉之血气。叶桂在调理奇经气血中常用丹参、柏子仁、茯神、琥珀等以宁心安神，通调血脉，清心降火，安抚胞络，行其归藏。这是防崩止漏，护胎保产的重要措施。对于新产失血较多，心神失养如惊似风，症见：心悸、怔忡、失眠、惊恐不安、头晕神迷、气从少腹直冲心胸、舌淡、脉弱。叶氏认为：“此属肝肾内怯，肾不交心，神气无以收纳自固，故见魂魄飞越之象”。治疗急宜补虚宁神，使神气益之固之耳。常用人参、龙齿、枣仁、茯神、龙眼肉、炒黑杞子、紫石英（捣碎）煎服。若下元虚冷，四肢厥逆者，加黑附子、桂枝、炮姜、乌梅回阳救脱。

叶桂勤求古训，博采众方，对《伤寒论》《金匮要略》理法方药研究更是有极为高深的造诣。叶桂在运用仲景原方的同时，善于根据病情灵活化裁。

叶桂对于张机的经方体会最深，应用也最广，基于对张机原方的深刻理解，叶桂常常运用仲景原方进行治疗。如原案：“因外疡复烦劳，致营卫交损，寒热咳嗽盗汗，经阻两月，渐延干血瘵疾，小建中汤。”干血瘵多是由于虚火久蒸干血内结所致，属于虚劳病的范畴，《黄帝内经》谓此类病当以甘药调之，《金匮要略》遵经旨而立建中汤。此患者因为有外疡而复加烦劳，造成阴火内炽，营卫交损，症状已经出现痨象，所以叶桂断为“渐延干血瘵疾”，因此处以小建中汤原方以培其本。叶桂以建立中气为先，砥柱既固，继当以薯蓣丸、大黄 虫丸之类治之。

除直接运用原方进行治疗者外，叶桂亦常常根据病情对张机方进行灵活化裁，如原案：“经事参差，不时寒热盗汗，阴血下夺，阳无所附，营卫为之不谐也，炙甘草、白芍、火麻仁、生地、粗桂枝、牡蛎、麦门冬、阿胶。”炙甘草汤是张机为治疗伤寒心动悸脉结代而创立的，而此病病机为血气虚衰，不能相续，故用炙甘草汤以益虚补血气而复脉，此患者阴血不足，故经事参差，虚阳躁扰，营卫不和，故寒热盗汗，叶桂治用炙甘草汤去参姜枣，加白芍、牡蛎，其中以炙甘草汤益虚补养阴血为主，加白芍敛阴益营，加牡蛎以收摄浮阳，俾使阴阳合而上下交，精血生而经脉平。由此可见叶桂对于经方的加减十分纯熟。叶桂对经方在女科疾病中的灵活运用，精准化裁，纵观《临证指南医案》，现搜集归纳总结如下：炙甘草汤（妇人伏暑月经不当期而来或经期感受燥热、经后寒热而便秘肠中之垢不行、月经愆期、经闭、崩漏、淋带、胎前温病伤阴、产后诸病、热入血室）、黄连阿胶汤（妊娠感疟寒少热多、崩漏、产后痉厥、产后暑热伤阴）、乌梅丸（经闭）、桂枝汤（产后心悸欲呕遇寒腹痛、妇人病奇经损伤）、旋覆花汤（妇人经闭或经漏）、鳖甲煎丸（妇人经闭、痛经）、木防己汤（产后风湿）、小青龙汤（妇人经闭或胎前或产后兼发咳喘）、理中丸（吐泻胎动不安、半产后呕吐青绿水）、白通汤（产后昏冒、产后欲脱）、肾气丸（半产后咳逆不得卧、经阻腹痛、产后腹大满痛或腹痛不随利减）、旋覆代赭汤（产后感疟食减气壅）、桂枝去芍药加蜀漆牡蛎龙骨救逆汤（热入血室的脱证、产后郁冒、产后寒邪内陷神昏）、小建中汤（经阻寒热、咳嗽食减便溏经闭）、黄芪建中汤（经迟或经少）、甘麦大枣汤（月经不调、崩漏）、当归生姜羊肉汤（闭经少腹痛胀下坠、产后诸症：腹坚胀满、腹中刺痛、恶露紫黑、腰痛牵引少腹、疟母瘕聚、汗出惊悸肢体痿废）、桃核承气汤（妇人热入血室）、五苓散（经闭）、牡蛎泽泻散（下肢肿经闭腹痛泻不爽）、桂苓五味甘草汤（小产劳伤咳嗽）、枳术汤（产后浮肿腹胀）、防己茯苓汤（水肿经闭）、芎归胶艾汤（月经先期不育、月经不调、崩漏、胎漏）。叶桂对张机《伤寒论》和《金匮要略》的灵活运用与精准发挥，反映了他读古而不泥于古，采方而不执于方，于继承中有发扬，师古不泥古、博采众方、传承中有创新。

叶桂在治疗女科疾病时用药广博，组方精细，处方用药平淡却颇有巧思。其用药广博，在诸女科医案之中，用药种类达八十余味，可见叶桂治疗女科疾病时制方用药，因症转移，并不局限于某几味女科常用之品，这与叶氏“剂之寒温视乎病……病有见证，有变证，必胸有成竹，乃可施之以方”的学术思想是一脉相承的。叶氏选药虽然广博，但组方选药却向以精细著称，其处方用药以六味最多，多则八味、十味、十二味不甚多见，其选药味至精当，一味之换，深意存焉。叶桂女科处方选药精当，常以平淡之品而见功在其处方之中，应用频率最高的几种中药如茯苓、当归、炙甘草、白芍、人参、白薇、地黄、南枣等，无不是临床常用之药，并无当时时医为炫神奇而用难寻之品的陋习。叶桂用药虽多平淡之品，却淡中见巧。如原案：“娠五月，足太阴司胎，太阴与阳明为表里，阳明隶乎冲脉，冲脉空虚，是以易于堕胎，法宜固之升之，白粳米、南枣”。患者冲脉空虚，血海不足，胎元失养，故有堕胎之虑，正如王叔和所谓冲脉病则女子绝孕。治疗当培补太阴阳明，法宜固之升之，但若用滋腻补品则有碍脾胃运化，若用升举气药又恐剋伐正气有损胎元。叶桂选用白粳米与南枣，二药均为日常食物，至平至淡，无虑其损伤胎元，白粳米养胃而益气，南枣健脾而补血，俾戊己二土得固而清阳自得升发，胎元无下堕之患。药虽是平淡之品，配伍却颇具巧思。至于是否有效，正如华岫云所谓：“案中评证，方中议药，咸合于理，据理设施，自必有当”。

叶桂认为瘀血证大多为慢性久病，证候复杂，部位比较深，瘀久胶着，一般的发表攻里、扶正补虚均难有所见树。所谓“散之不解，邪非在表；攻之不驱，邪非着里；补正却邪，正邪并树无益”。草木攻涤之力，不能逐除深痼之邪，须虫类迅速才能深入隧络，松动痼结病根。正如叶桂所说：“虫蚁迅速飞走诸灵，俾飞者升，走者降”，“追拔沉混气血之邪”，“攻积除坚，入脏腑有间”，从而达到“血无凝着，气可宣通”的治疗目的。故叶桂方中多用鳖甲、牡蛎、乌贼骨、地龙、土鳖虫、全蝎、露蜂房、水蛭、虻虫、蜣螂等虫甲类药物。

叶桂善用古方，然通常效法其意，随证化裁，多取用药对。常见药对如人参、紫河车用于产后温养气血；人参、茯苓用于通补阳明之虚；禹余粮、赤石脂固补阳明，用于阳明失阖之下血；鹿茸、人参用于升固督脉之气；鹿角霜、桂枝用于温通脉络；鹿茸、龟板通补任督；杜仲、沙苑子强腰固带；川椒、小茴香辛温通阳，常于瘕泄及阳维脉虚用之；淡苁蓉、当归温润通补常用之；当归、桃仁辛润通络；黄柏、白薇用于阴虚阳浮，清热坚阴；薤白、两头尖常用于淋浊，以浊泄浊；川楝子、橘核、茴香常于男子瘕疝用之；南楂肉、茺蔚子、香附用于女子通经。其他常用药对如当归、生姜、羊肉；乌贼骨、茜草；女贞子、墨旱莲；人参、熟地黄；熟地黄、当归；延胡索、川楝子等。

叶桂认为“新邪宜急散，宿疾宜缓攻”，数十年之久病“非区区汤散可效”，故其平生治疗血瘀顽痰，常仿张机之立法，喜用丸剂。“丸者，缓也”，取其缓攻图治之意。

叶桂辨治女科病十分重视人与自然的整体关系，认为妇女月经病的发生与时令因素有关。如他认为女子二七天癸未至，先天质薄，阴本未充，至春最多倒经之虞。盖阴血未充复加春天阳气升发，经血容易上逆。对月经病的治疗叶桂也注意到顺时施治。此外叶桂还认识到时令因素与月经病的预后有关，并据此判断月经病的预后转归。如经漏因肾阴涸竭，病深且重时，当于“秋半收肃令行，可望其脏聚气交”，奇经渐固，经漏向愈，“若当收肃令而病日加增料难入冬”。