薛己在临证中追求辨明本原，在李杲“补土”思想的基础上注重脾胃的温补，治病求本，在女科经、带、胎、产、杂病等诸病中辨证属元气不足，脾胃虚弱者，多从虚损辨治，以“虚”立论，虚则补之，如治疗闭经：“若脾虚而不行者，调而补之；脾郁而不行者，解而补之；胃火而不行者，清而补之；脾胃损而不行者，温而补之；劳伤心血而不行者，逸而补之。”重视调养脾胃，使用甘温之品以生发脾胃之阳气，突出温补的特点，方用补中益气汤治疗。有学者曾统计《女科撮要》共列有30论，其中涉及补中益气汤者达24论，占80%。另外，本书共收妇科医案184个，而涉及使用补中益气汤者达65案，占35.3%。可见，补中益气汤在薛己的论著中应用广泛。他所使用的补中益气汤由人参、黄芪、甘草、当归、白术、升麻、柴胡及陈皮组成，其用量较李杲《脾胃论》中的组方用量而言，除升提之药升麻及柴胡不变，余均增大药量，温补之力更强。薛己综合王冰、钱乙的命门学说，提倡温煦肾阳以达到补肾的目的。对于腰膝酸软、宫寒不孕、湿浊带淋等证，治疗多用六味地黄丸滋补肾水“以制阳光”，用八味丸温补肾火“以消阴翳”。他在《校注妇人大全良方·经血篇》云：“左尺脉虚弱，或细数，是左肾之真阴不足也，用六味丸。右尺脉迟软，或沉细而数欲绝，是命门之相火不足也，用八味丸。至于两尺微弱，是阴阳俱虚，用十补丸。此皆滋其化源也，不可轻用黄柏、知母之类。设或六淫外侵而见诸症，亦因其气内虚而外邪凑袭，尤宜用前药”。又提示“若服苦寒之剂，复伤胃气，必至不起”，防止动辄肆用寒凉之剂，防止伤及脾胃之本。

薛己认为因精神抑郁等导致的情志异常引发的妇人疾病是七情气血损伤，不可滥用攻伐，以小柴胡汤或加味逍遥散治疗为主。《女科撮要·热入血室》记载：“一妇人因怒，寒热头痛，谵言妄语，日晡至夜益甚，而经暴至。盖肝藏血，此怒动火，而血妄行。用加味逍遥散加生地，治之神思顿清，但食少体倦，月经未已，盖脾统血，此脾气虚不能摄，用补中益气治之，月经渐止。”《女科撮要·乳痈乳岩》中亦指出：“妇人郁怒，亏损肝脾，治者审之”；“大凡乳证，若因恚怒，宜疏肝清热。”对于产妇临产，除重视产妇心理外还重视稳婆的心理对接生的影响，其心思转念之间即可决定产妇的生死，如“荆妇孟冬分娩艰难，产子已死，元气劳伤，用油纸捻烧断脐带，取其阳气以补之，俄间儿啼作声，即鹄儿也……其稳婆又喜平日常施少惠，得其用心，能安慰母怀，故无虞耳。此稳婆云：止有一女分娩时，适当巡街侍御行牌取我，视其室分娩，女为此惊吓，未产而死，后见侍御，更以威颜分付。迨视产母，胎虽顺，而头偏在一边，若以手入推正，可保顺生。因畏其威，不敢施手。但回禀云，此是天生天化，非人力所能立，俟其母子俱死”，从中对稳婆心理建设的重要性一目了然。薛己要求妇人在日常起居生活中应抑制愠怒等情感，认为过于强烈的情感会使多余的“火”消耗阴津损伤身体，进而引起经、带、胎、产等妇人疾病的隐患。

薛己治疗妇人疾病，强调脏腑辨证，每论必详列证治，如《女科撮要》论经候不调时指出，“若先期而至者，有因脾经血燥，有因脾经郁滞……其过期而至者，有因脾经血虚，有因肝经血少……主治之法，脾经血燥者，加味逍遥散；脾经郁滞者，归脾汤……肝脾血弱，补中益气为主；肝脾郁结，归脾汤为主；肝经怒火，加味逍遥为主”；又如论带下时说，“若属肝则青，小柴胡加山栀；或湿热壅滞，小便赤涩，龙胆泻肝汤；属心则赤，小柴胡加黄连、山栀、当归；属肺则白，补中益气加山栀；属脾则黄，六君子加山栀、柴胡，不应，归脾汤；属肾则黑，六味地黄丸”。治疗上主张治病必求本，如“吴江庠友史万湖仲子室，年二十余，疫疾堕胎，时咳，服清肺解表，喘急不寐，请治。余以为脾土虚不能生肺金，药损益甚，先与补中益气加茯苓、半夏、五味、炮姜，四剂渐愈。往视之，又与八珍加五味及十全大补汤痊愈”，否则不仅会导致疾病不愈，还会导致他症甚至死亡，如“一妇人善怒，经不调，唇肿裂，服消毒药，唇胀出血，年余矣。余曰：当培养脾胃，以滋化源。不信，仍服前药，及追蚀，状如翻花瘤而死”；再如“一妇人溃后发热，予以为虚，彼不信，乃服败毒药，果发大热，竟至不救……此证之因，皆由气血素亏，或七情所伤，经络郁结，或腠理不密，六淫外侵，隧道壅塞。若不审其所因，辨其虚实，鲜不误人”。

薛己不仅精于辨证，而且尤擅外治，常在汤药的基础上结合外治或针灸治疗妇人疾病，使疗效发挥极致，病瘥神速。他在《校注妇人大全良方》所载外治方共67首，使用药物101味。使用最多的药物依次为：皂角、当归、矾石、黄丹、大黄、官桂、白芷、赤石脂、甘草、蓖麻子仁、地黄、木香、丁香、乳香、麝香等。大体可分为：化痰药（皂角、南星、半夏等），芳香走窜药（菖蒲、麝香等），补益药（黄芪、当归、地黄等），收敛固涩药（五倍子、赤石脂等），泻火解毒药（黄连、大黄等），杀虫止痒药（硫黄、桃叶、鹤虱等），温里祛寒药（官桂、附子、胡椒等），行气活血药（木香、赤芍、乳香等），去腐排脓药（黄丹、砒霜等），利湿药（滑石、车前草等），解表药（白芷、细辛、豆豉等），食品类药（油、盐、醋、葱、蒜等）。上述药物相互配伍组成的外治方具有以下相同点：治疗妇人脏腑气血功能失调的病证，多选用补益、芳香走窜、温经散寒等类药组成；治疗局部或外部的病证（如疮、疡、肿、痛等），则由收涩、泻火解毒、杀虫止痒、行气活血、去腐排脓类药物组成，且多直接用药。具体的使用方法又不尽相同，如吹鼻法中，菖蒲为末吹鼻，治“妇人尸厥脉动，静而若死”；浸法中，黄芪浓煎汤浸之，治“产子肠出”；洗法中，鹤虱草煎汤熏洗，治“阴蚀疮”；隔蒜灸，治“一切疮毒”；熏法中，将韭菜切入瓶内，注热醋，以瓶口对鼻，治“产后血晕”，以求气入即醒等。薛己在汤药的基础上结合外治或针灸，如治一妇人流注“或生于四肢关节，或流于胸腹腰臀，或结块，或漫肿……急用葱熨及益气养荣汤，则未成自消，已成自溃……凡溃而气血虚弱不敛者，更用十全大补汤，煎膏外补之。久溃而寒邪凝滞不敛者，用豆豉饼祛散之。其溃而内有脓管不敛者，用针头散腐化之，自愈”；又如治疗妇人难产时如没有药物口服，可“令产母仰面正卧，以小针刺儿手脚心三五次，用盐涂之，手脚即缩上，待身转顺而生”；遇妇人阴内痒痛，则“以桃仁研膏，和雄黄末纳阴中以杀之”；“一妇人项核肿痛……未成脓者，灸肘尖，调经解郁及隔蒜灸，多自消，有脓即针之。若气血复而核不消……须用必效散，其毒一下，即多服益气养荣汤，如不应，亦灸肘尖。如疮口不敛者，更用豆豉饼、琥珀膏”。除此外，薛己使用木香饼治一切气滞结肿，或痛或闪肭，及风寒所伤作痛并效，如“一妇人右乳内结三核，年余不消，朝寒暮热，饮食不甘，此乳岩，以益气养荣汤，百余剂，血气渐复，更以木香饼熨之，喜其谨疾，年余而消”；隔蒜灸治一切疮毒，大痛或不痛，或麻木如痛者，如“一妇人久郁，右乳内肿硬，用八珍汤加远志、贝母、柴胡、青皮及隔蒜灸，兼服神效瓜蒌散，两月余而消”。

《素问·生气通天论》中言：“阳气者，一日而主外，平旦人气生，日中而阳气隆，日西而阳气已虚，气门乃闭”，据此薛己认识到人体阳气的消长变化与自然界昼夜晨昏的变化相吻合，此为生理上的变化规律，病理上亦如此，所以治疗上采用朝夕不同的补益方式，朝温阳，暮滋阴，或朝养阴，暮补阳，或朝暮阴阳同补，使阴阳相互滋生，最终达到平衡状态。此方法是对三因制宜的一种体现。在方药方面，他常用六味地黄丸治肾水亏损，配合补中益气汤以培土生金，金复生水。如其在《女科撮要》中言“一妇人饮食后或腹胀或吞酸。彼服枳术丸……月经不行。余谓郁结所伤，脾虚湿热下注。侵晨用四君、芎归、二陈，午后以前汤送越鞠丸，饮食渐进，诸症渐愈……”又如薛己治疗妇人痃癖，辨为肝脾郁结之症者，治之“外贴阿魏膏，午前用补中益气汤，午后用加味归脾汤，两月许，肝火少退，脾土少健，午前以补中益气下六味丸，午后以逍遥散下归脾丸……”分时服用各药，发挥各方药最大的疗效作用。