薛己认为妇人疾病的发生与脾肾肝有关。《女科撮要》上卷开篇即云：“经曰：饮食入胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱，水经四布，五经并行……脾胃虚损，则月经不调矣”，揭示月经失调与脾之密切联系。薛己对脾胃的认识源于《黄帝内经》，并遥承李杲《脾胃论》中“脾胃为气血之本”的观点，认为脾胃为人之根、气血之本，受纳五谷，化为津液，润泽五脏六腑，即所谓“胃为五脏本源，人身之根蒂”之说；论述妇人病证，不仅重视后天之本脾胃，也强调先天之本——肾，并受王冰、钱乙命门思想的影响，着重强调肾-命门的温煦作用。除此之外，他还强调妇女以血为本，月经、胎孕都是以血为用。而肝藏血，肝之功能失调影响妇人月经、胎孕。如论经候不调时说：“若先期而至者，有因脾经血燥，有因脾经郁滞，有因肝经怒火，有因血分有热，有因劳役火动。其过期而至者，有因脾经血虚，有因肝经血少，有因气虚血弱……俱属不足”；论经漏不止时言：“或因肝经有火，血得热而下行；或因肝经有风，血得风而妄行；或因怒动肝火，血热而沸腾；或因脾经郁结，血伤而不归经”，皆论述了妇女月经疾病与肝的密切关系。

薛己认为精神因素在妇人疾病中发挥着重要的作用。暴怒、恐惧、忧郁等情绪无不影响妇女的身心健康，指出孀妇、婢妾、师尼、高龄未嫁等人群容易因思虑忧心或心情抑郁导致各类女科疾病的发生。他认为精神因素致病主要与肝藏血、脾统血之功能失调有关，恼怒伤肝，肝气失于条达而横逆，可致月经失调、痛经等；忧思伤脾，脾为气血生化之源，又为统血之脏，脾气耗损，可致月经失调、闭经、崩漏等；恐惧过度则伤肾，肾失闭藏则冲任不固，引起经、带、胎、产诸病发生，其中尤以崩漏、堕胎等病为多。其著作附案中因七情致病者繁多，其中尤以怒、忧、思影响最甚，如“怒气伤肝”“怒动肝火，血热妄行”“怒动肝木克脾土”，“忧思郁怒，亏损肝脾”“悲则伤肺、思则伤脾”，“思虑亏损脾血”“思虑伤心”，“悲哀太过，胞络伤而下崩”，“惊则气散”等。七情因素不仅导致月经失调，如“月经先期”“经水三月不行”等，还可形成“乳内结核”“乳中疥疮”等乳房疾患，甚则关乎产妇及胎儿的生命，正如薛己所言：“大抵难产多患于郁闷安佚富贵之家”，或因产妇受惊吓“未产而死”者不在少数。