明末清初，更有以王履、吴有性、叶桂、薛雪为代表的吴门医家温病学说的创立。王履在《医经溯涸集》中对“温病、热病混称伤寒”提出了异议，认为“当观其何时何气，参酌伤寒、温热病之法，损益而治之，尤不可例以仲景即病伤寒药通治也”。明末吴有性更是于《温疫论》中提出“温疫之为病，非风，非寒，非暑，非湿，乃天地间别有一种异气所感”的观点，对温疫的病因有了较为明确的认识。这些学术观点实乃清代温病学派创立于吴门的思想种子。

清代吴门医派的发展进入了鼎盛时期，共有医家约693人，存世著作388部。名医辈出，著述洋洋，温病学说的创立是吴门医派发展至鼎盛时间的标志。与此同时，伤寒学派中也出现了学术分野，喻昌、张璐父子、周扬俊等人主张以“错简重订”研究伤寒，而徐大椿、尤怡、钱磺等人主张从“辨证论治”研究《伤寒论》。在学术交流上，吴门医家间变得更为频繁，寓居、迁徙现象增多，游学、访师颇盛，如喻昌、缪希雍、李中梓、柯琴、陆懋修等人间的相互切磋、学习。学术交流的发展又衍生出了众多的学术沙龙、学术团体、学术期刊，如清乾嘉年间，吴中名医唐大烈将吴中地区的三十一位著名医家的医论杂著汇编成《吴医汇讲》十一卷，刊刻印行。《吴医汇讲》作为中国第一本医学期刊，从清乾隆五十七年（1792年）到清嘉庆六年（1801年），共办刊十年，有效地促进了吴门地区乃至全国的中医学术交流。从此，“吴门医派”这一名称也盛行于世。