宋室南迁，从中国的北方和中原地带涌来了大批官宦和知识分子，他们当中有不少人是精通医学的，有的还是职业医生，有的则家中自办药局。这在一定程度上给江南一带带来了不少新的医学资源，使发源于北方的医学思想得以在吴地传承与发扬，促进了吴门医派的发展。在南宋，苏州先后出现了医院和药局。现保存在苏州碑刻博物馆内的宋代石刻《平江图》，在图的东南隅上镂刻着“医院”两字。据考证，这所医院创建于宋嘉定年间，后来变成了专治囚犯的“安养院”。这是苏州历史上最早的医院，也是中国历史上有实物可考，并且定名为“医院”的最早一所医院。元末明初文人王伟曾言“予观近时言医者，莫盛于吴中”。元代吴门中医进入了初步的发展时期，约有医家58人，其中有九大世医家族，计有53人，如葛氏世医、韩氏世医、昆山郑氏女科等。“儒医多”亦为元代的显著特点，许多文人因战乱而由文转医或因儒通医，如刘岳、倪维德、王国瑛、葛应泽、陆文圭等。元末明初时期，意大利旅行家马可·波罗曾到过苏州，在其游记中提到苏州“医士甚众”。

明代吴门医派的发展进入了繁荣时期，约有医家392人，存世医学著作68部。在世医、儒医众多的基础上，因明初定都南京，使明代吴门涌现了大量的御医、医官，苏州召至太医院的医家共计72人，并出现家族聚集现象。如盛寅一门，有盛寅、盛宏、盛皑三人；薛铠、薛己与刘观、刘溥父子御医等。学术思想也呈现争鸣之景，易水学派、河间学派、伤寒学派等得以形成、传播与继承，并撰写出了大量的医学著作。期间，明朝正德年间御医、院判、吴县人薛己为明代吴医之代表。薛己（1487—1559），字新甫，号立斋。吴郡（今江苏苏州市）人。父薛铠，字良武，为太医院医士，治疾多奇，以儿科及外科见长。薛己得家传，原为疡医，后以内科擅名，精通内、外、妇、儿各科。1506年，薛己补为太医院院士，1511年升任吏目，1514年升为御医，1519年任南京太医院院判。薛己离职后，不辞辛苦，常远到嘉兴、四明、下堡、横金等处行医。薛己一生医著颇丰，大致有三类：一类是他自己的著述，有《内科摘要》2卷、《妇科撮要》2卷、《过庭新录》（一名《保婴金镜录》）1卷、《外科发挥》8卷、《外科新法》7卷、《外科枢要》4卷、《正体类要》2卷、《口齿类要》1卷、《疬疡机要》3卷、《外科经验方》1卷。《内科摘要》是我国第一次以内科命名学科及书名者，《疬疡机要》是麻风专著，《正体类要》是正骨科专书，《口齿类要》是口腔和喉科专著，都是现存最早的专科文献。第二类是经他校注和增补的著作，有宋代陈自明《妇人良方大全》24卷、《外科精要》3卷、宋代钱乙《小儿药证直诀》3卷、宋代陈文中《小儿痘疹方论》1卷、王纶《明医杂著》6卷、倪维德《原机启微》3卷、薛铠《保婴撮要》20卷。薛己校书，常附以己见和医案。第三类纯属校刊性质，有滑寿《十四经发挥》3卷、杜本《敖氏伤寒金镜录》1卷、徐用诚《本草发挥》4卷、陶华《痈疽神秘验方》1卷。