
1.2 食品传播性病毒的分类
病毒的数量繁多,目前已确定的病毒数量可达3600余种,且新的病毒还不断地被发现,与食品有关或通过食品这个媒介传播给人的病毒有20~30种。为了系统地研究和比较其特性,就必须对病毒进行分类。病毒的分类主要依据其化学组成、形态及复制方式等生物学特性。常用的分类方法是由国际微生物学会(IAMA)的国际病毒命名委员会(ICTV)提出并一致公认的,将病毒分为DNA病毒和RNA病毒两大类,再按以下标准进行分类:①衣壳的对称性;②有无包膜;③基因组(单股或双股核酸);④病毒个体的大小和形状;⑤二十面体对称性病毒的壳粒数和螺旋对称型病毒的螺旋直径;⑥对理化因素的敏感性;⑦免疫学特性;⑧传播方式;⑨亲宿主细胞特性;⑩病理和临床症状。
1.2.1 病毒的分类规则
1.2.1.1 病毒形态学
病毒粒子的大小和形状,呈球形、子弹状、砖形、卵形或杆状、丝状或多形态;有无表面纤突的特征;有无囊膜;衣壳对称型和结构;立体对称、螺旋对称,还是复合对称;立体对称病毒粒子的壳粒数目或螺旋对称病毒的核衣壳直径。
1.2.1.2 理化学特性
病毒粒子的分子量、浮密度、沉降系数;对酸碱的稳定性;对热的稳定性;对两价离子的稳定性;对脂溶剂的稳定性;对去污剂的稳定性;对辐射的稳定性。
1.2.1.3 基因组
核酸类型(DNA或RNA);基因组大小;是单股还是双股、线状还是环状;正义、负义或双义;是整个的还是分节段的、节段的大小和数目;核酸序列或部分序列,是否具有重复序列,是否具有同聚物,(G+C)含量;5'端帽的存在与否和类型;5'端共价结合蛋白存在与否,3'端多聚A尾的存在与否。
1.2.1.4 基因组组成和复制策略
开放阅读框架的数目和位置,转录特征,翻译特征,翻译后加工。
1.2.1.5 蛋白质
结构蛋白的数目、大小和功能活性,非结构蛋白的数目、大小和功能活性;蛋白质的特殊功能活性,尤其是转录酶、反转录酶、血凝素、神经氨酸酶和融合特性;氨基酸序列或部分序列;糖基化、磷酸化、豆蔻酸化的程度;表位图谱。
1.2.1.6 脂质含量和特性
糖类含量和特性。
1.2.1.7 在细胞培养中的生长特性
对细胞种类的特异性;病毒蛋白的聚集场所;病毒粒子的装配场所;病毒粒子成熟和释放的部位和性质。
1.2.1.8 抗原特性
与其他相关病毒血清学关系。
1.2.1.9 生物学特性
自然宿主范围、传播方式、传播载体、地理分布、致病性及与疾病的关系;组织嗜性、病理学和组织病理学。
1.2.2 病毒的命名规则
1.2.2.1 一般规则
① 病毒的分类和命名应是国际性的,应普遍适用于所有病毒。
② 通用的病毒分类系统采用目、科、亚科、属和种的等级制度,在种的命名尚不完善的情况下,许多病毒可用国际通用的俗名。
③ ICTV不统一规定种以下的分类和命名。关于血清型、基因型、病毒株、变异株等的命名由公认的国际专家决定。
④ 对人工产生的病毒和实验室杂交株不予分类考虑,这些病毒的命名也同样由国际公认的专家组决定。
⑤ 当典型病毒经过充分鉴定并在发表的文献上描述后,才能建立一个类,以便与相似的类区别。同样,命名一个病毒时,该病毒必须经过充分鉴定并在文献上发表以明确区别类似的病毒。
1.2.2.2 关于类及病毒的命名规则
① 现有的类及病毒名称无论是否适用均应予以保留。
② 在类及病毒的命名中不遵守优先率。
③ 不使用人名。
④ 类及病毒的名称应便于使用,容易记忆,最好使用听起来悦耳的名称。
⑤ 不使用上标、下标、连字符、斜杠和希腊字母。
⑥ 新名称不应与已通过的名称有重复,应选用与正在使用的或过去使用的名称不相近的名称。
⑦ 如果缩拼词对病毒学家有意义,且得到公认的国际专家组的推荐,可以接受作为类的名称。
⑧ 由一个类或病毒的名称所隐含的任何意义都会因名称中涉及不是所有成员或潜在成员所具有的特征,以及不是均等地使用于不同类的特征而排斥该类中的合适成员病毒,这种情况应当避免。
⑨ 新名的选用应考虑国家或民族敏感性问题。应采用那些被病毒学家在科学杂志上发表的工作中常用的名称作为命名的基础,此时可不考虑国家来源;在有一个以上候选名称时,相应的研究组或分委会向ICTV执行委员会提出建议,由执行委员会决定哪一个名称。
⑩ 新的名称和名称的变更应以分类建议格式提交ICTV。
? 病毒种是组成一个复制系并占有一个特定生态环境的一类多原则病毒。
? 种名应由少而实用的字组成。
? 种名,通常与株名一起,必须表示明确特征,不涉及属名或科名。
? 已经广泛使用的数字、字母及其组合可用作种名性质形容词。但新提出的连续数字、字母或其组合不单独接受作为种名性质形容词。
? ICTV通过新提议的种、种名和型名的程序分两步:首先,给予暂时性通过,这样的建议将发表在ICTV报告中;然后,经过三年的等候期,如果不撤销或修正,该建议将得到最后通过。
1.2.2.3 关于属的规则
① 属是一组具有某些共同特征的种。
② 属名应是一个以“-virus”结尾的词。
③ 通过一个属名的同时需通过一个代表种。
1.2.2.4 关于亚科的规则
① 亚科是一组具有某些共同特征的属。只有当需要处理复杂等级结构问题的同时,才使用亚科。
② 亚科名应是一个以“-virinae”结尾的单词。
1.2.2.5 关于科的规则
① 科是一组具有某些共同特征的属。
② 科名应是一个以“-viride”结尾的单词。
③ 通过一个科名的同时需通过一个属名。
1.2.2.6 关于目的规则
① 目是一组具有某些共同特性的科。
② 目名应是一个以“-virales”结尾的单词。
1.2.3 病毒的命名
病毒种的名称大多引用其所引起疾病的名称,后加病毒两字,如脊髓灰质炎病毒。再加上宿主种类,如猪瘟病毒;也有的在病名前加上最初发现该病毒的地名,如日本乙型脑炎病毒,还有的甚至直接用地名称呼病毒,如柯萨奇病毒和马尔堡病毒(Marburg virus),某些病毒直接用人名称呼,如马立克病毒。
科和属的名称比较混乱。现有的病毒科(属)的名称,有的是依据病毒粒子的形态和理化特性,例如小RNA病毒;有的是依据该病毒科的病原性质及其引起病变的性质,例如疱疹病毒科和痘病毒科;有的是以病毒酶作用基质的种类命名,如正粘病毒科;有的病毒科来自该病毒最初分离部位,如腺病毒科;有的以感染宿主的部位命名,如鼻病毒属和肠病毒属;有的以几个属名的缩拼词作为科名,如乳多空病毒科等。
对于病毒株的命名,应该是:型别/分离地点/分离序号/分离时间/血凝素和神经氨酸酶的序号,如禽流感病毒:A/Hongkang/1/68(H3N2)。