肛瘘需与化脓性汗腺炎、肛周皮脂腺囊肿感染、会阴部尿道瘘、骶尾部囊肿或畸胎瘤合并感染、藏毛窦感染、直肠子宫内膜异位症、巴氏腺囊肿感染等病相鉴别。另外，不常见的结核性、炎症性肠病，结核或放线菌等感染亦可表现为特异性肛瘘，临床详细的病史和相关检查有助于正确诊断。
