（一）温病学作为一门独立的学科，其教材建设已历数十年历史，今又有五版教材作为基础。但是在中医学术体系内部，如何正确处理与《伤寒论》和伤寒病学的关系？在外部又如何正确处理与当代传染病学和感染性疾病的关系？由于作者已开设《温病与传染病学》一门新课程，而本教材的中篇各论又是《温病学》教材的主干部分。其分类是从湿和热开始加以区分，其下则各按季节主气命名；在温毒中列出：大头瘟和烂喉痧；在几种其他常见湿热病证中，只略举了冒暑、暑秽，及疽、痢、淋，而未及疟疾、霍乱、白喉（皆为中医病名），说明温病学应该包含些什么内容和如何进行分类，还有许多问题没有解决！

（二）一个关键问题是如何正确理解中医学所称的“邪”？

在“温病的概念”一章中，作者指出：“温病属外感病必然有一个外来的致病因素。”认为“温邪是温病的特有的致病因素”，“温病是感受四时温邪所引起的外感热性病”，“即使是寒邪，入里化热后，寒邪的性质已发生根本变化，变成了温邪热邪，同样也成了温病的致病因素”。

这里混淆了中医学的病因和病机。实际上刘河间的“六气皆从火化”以及“气有余便是热便是火”，都是病机而不是病因学概念。一种致病因素到体内怎么可能会变成另一种致病因素？问题就在于把“邪”只等同于致病因素。刘河间不仅指出“六气皆从火化”，且正确认为“掉眩收引，闷郁肿胀，诸痛痒疮，皆根于内，故治病不求其本，无以去深藏之大患”。丹溪指出气血“通则为正，郁则为邪”，王履称“气平则为正，亢则为邪”，景岳称“气和则为正，不和则为邪”。气有余则是火，亢则为邪，皆根于内等等，已正确指出这是机体原有机能的亢进，是机体的主体性反应，而不是致病因素本身，这是中医病机的内容，不应简单地归结为致病因素。

（三）王履在《四气所伤论》中指出：“夫洞泄也，痎疟也，咳与痿厥也，温病也；皆是因发动之时，形诊昭著，乃逆推之，而知其昔日致病之原，为伤风，伤暑，伤湿，伤寒耳。”认为什么是具体的致病因素，人们只能是“因病始知病源之理”。这就是审证以求因，是从机体主体性反应的性质逆推，是反应结果决定着对刺激因素性质的判断。而近代西医学强调病因病理的因果性分析，从百余年前，巴斯德、柯霍等发现病原微生物以来尤然。中医历史上也曾发生过的，关于寒邪温邪之争，从皮毛入还是从口鼻入，新感还是伏邪，伏在什么地方，以及以季节主气命名，都是过分强调了：人与环境相互作用中的环境因素、气候因素、致病因素。达维多夫斯基指出：“传染病病理学的研究发展，不在于发现更多的病原体，而是对已知病原体甚至更少的病原体，机体对它的典型性反应。”中医学包括温病学的现实生命力和理论价值，不在于是对环境因素、气候因素、致病因素的如何把握，恰恰在于极端重视和紧紧抓住人与环境相互作用中健康和疾病互相转化过程中人的主体性的反应。从机体对感染的典型性反应出发去阐释：湿和热的大分类，季节主气在人体上的反应特征，卫气营血和三焦传变的应激反应演化过程，可以不拘泥特异性病因是什么，因为温病学治疗不只是直接的对抗致病因素，不只是一般地抗感染。