一九四九年十月一日，中华人民共和国成立。党和政府制定了一系列中医方针、政策，中医药事业获得了新生，宝贵的祖国医药学遗产得到了很好的继承和发扬。北京一解放，人民政府就发给赵炳南中医师证书，他的工作也受到国家和人民的重视。一九五一年，北京各界人民响应抗美援朝总会号召，纷纷订出拥军优属公约或计划。赵炳南主动提出愿意免费给患病的军烈属诊疗，受到政府登报表扬。在北京中医医院成立之前，他先后被聘请为北京市中医第二门诊部、中央皮肤性病研究所、和平医院（整形医院）和北京医院的中医顾问，定期会诊，帮助筹建中医皮外科诊室，半日参加了集体的工作。在皮研所，赵炳南和西医同道商定了共同抗湿疹、牛皮癣、神经性皮炎三个病种的研究。西医同道提出：牛皮癣并无真菌，称为“癣”，不大合适。赵炳南认为，中医有牛皮癣之名，是指皮损坚如牛领之皮而言，并无临床上大量脱屑之实，治法亦不相同。经中西医认真研讨，始知中医所谓牛皮癣，实际上指西医的神经性皮炎；西医所指的牛皮癣，也不是中医所称的六癣之列。后来，中西医之间取得一致意见，认为该病表现为红斑基础上覆盖多层银白色鳞屑的特点，命名“银屑病”较为贴切。这件事虽小，却使赵炳南回想起一件往事。那是新中国成立前，一位病人的家属请他去医院诊病，当时，这所医院规定不准中医进病房看病，他只好与病人家属一起，作为探视病人的亲友进去，趁大夫、护士不在时，偷偷为病人诊脉，回来后再开方，病人也得偷偷敷药、吃药。对比之下，赵炳南不胜感慨，深切地体会到，只有新中国成立后，中西医才能真正摒除门户之见，取长补短，坐在一起，自由地交流学术思想。一九五五年，赵炳南经卫生部傅连璋同志介绍，给朱德委员长看病，见到了敬爱的周总理。周总理态度和蔼，平易近人，亲切地和他握手，嘱咐他，给首长看病要安全有效，中西医结合，积极谨慎，与病人商量。周总理温暖的手，像一股暖流，使他感到激动、鼓舞；周总理的亲切指示，给了他勇往直前的力量。赵炳南觉得自己心明眼亮，力量倍增，从此以后，拐杖也就自然而然地扔到一边去了。一九五六年，北京第一所中医医院建立，在党的中医政策感召下，他离开了苦心经营多年的医馆，投身到伟大祖国社会主义建设的行列中。当时，他把自己开业时的部分药材、器械和备够五间房子的柁、木、檩、架全部捐献出来，略表自己挚诚之心。为此，政府还授予他200元奖金。

建院初期，中医医院名医济济，荟萃一堂。大家热情高，劲头足，确实作出一定成绩，但也显露出一些问题。比如，有的大夫自卑感重，觉得处处不如西医；有的因门户之见，对合作共事没有信心；有的身在医院心在家。面对这种情况，赵炳南在院领导和同志们的帮助下，主动和大家一起开展批评和自我批评，处处以身作则，注意消除中西医之间、中医之间长期以来存在的门户之见，主动把自己多年来行之有效的经验和盘托出，帮助建立健全皮外科室，做到了技术见面，团结合作，爱院如家。从第一天参加医院集体工作起，赵炳南就在家门口贴出告示，声明自己参加集体工作，今后在家概不应诊。数十年来，即使是自己的至亲好友、侄男外女，也让他们到医院看病，这是院内外有目共睹的事实。

参加医院工作后，通过下基层及农村巡回医疗，使他有机会接受更多的教育和帮助，为更多的劳动人民解除病痛。他觉得自己的心胸开阔了，视野宽广了，精力充沛了。这时，尽管赵炳南的工作空前繁忙，但他越干劲头越足，越活越有奔头。他的“岂能尽遂人愿，但求无愧我心”的信念，从此增加了新的内容。这就是：要无愧于伟大的时代，无愧于祖国和人民，无愧于中医药事业。