（三）分割治理

生态系统是由不同的生态要素组成的，不同的生态要素之间互相联系、相互作用。

传统的中央行政机关中具有生态管理职能部门大致可以分为环保职能部门（环境保护部）、资源管理部门（水利部、国土资源部、国家林业局、国家海洋局等）、综合协调部门（国家发展与改革委员会、财政部、农业部等）等三种类型。环境保护部门负责环境保护与污染防治，而生态资源则分别由水利、国土、林业、大气、海洋等部门管理。这种情形被称为“九龙治水”。此外，还有国家发展与改革委员会负责全国范围内的公共资源统筹、规划与配置。分割治理导致本应整体性的生态文明建设被专业化的官僚机构所割裂，政府的生态管理职能被分割若干部门，使得环境保护职能、生态资源开发与建设职能、生态规划职能分割。

党的十九大之后，为整合分散的生态环境保护职责，统一行使生态和城乡各类污染排放监管与行政执法职责，加强环境污染治理，保障国家生态安全，建设美丽中国，2018年3月根据第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案设立了生态环境部。生态环境部整合了环境保护部的职责，国家发展和改革委员会的应对气候变化和减排职责，国土资源部的监督防止地下水污染职责，水利部的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，农业部的监督指导农业面源污染治理职责，国家海洋局的海洋环境保护职责，国务院南水北调工程建设委员会办公室的南水北调工程项目区环境保护职责整合，作为国务院组成部门，实现了从“尴尬部门”变为污染防治“强势”部门的转变，开启我国生态环境保护的新征程。这个改革是党中央实现深化改革总目标的一个重大举措，是体现坚持以人民为中心发展思想的一个具体行动，是推进生态环境领域、生态文明建设领域、治理体系现代化和治理能力现代化的一场深刻变革和巨大进步。但是由于生态环境大部制改革时间较短，大部制职能的有机整合、协同效应发挥尚不明显。