卢循之乱
晋安帝隆安二年。初，琅邪人孙泰学妖术于钱唐杜子恭，士民多奉之。王珣恶之，流泰于广州。王雅荐泰于孝武帝，云知养性之方，召还，累官至新安太守。泰知晋祚将终，因王恭之乱，以讨恭为名，收合兵众，聚货钜亿，三吴之人多从之。识者皆忧其为乱，以中领军元显与之善，无敢言者。冬十二月，会稽内史谢
发其谋，己酉，会稽王道子使元显诱而斩之，并其六子。兄子恩逃入海，愚民犹以为泰蝉蜕不死，就海中资给恩。恩乃聚合亡命得百馀人，以谋复仇。
三年，会稽世子元显，性苛刻，生杀任意。发东土诸郡免奴为客者，号曰乐属，移置京师，以充兵役，东土嚣然苦之。
冬十月，孙恩因民心骚动，自海岛帅其党杀上虞令，遂攻会稽。会稽内史王凝之，羲之之子也，世奉天师道，不出兵，亦不设备，日于道室稽颡跪咒。官属请出兵讨恩，凝之曰：“我已请大道，借鬼兵守诸津要，各数万，贼不足忧也。”及恩渐近，乃听出兵，恩已至郡下。甲寅，恩陷会稽，凝之出走，恩执而杀之，并其诸子。凝之妻谢道蕴，奕之女也，闻寇至，举措自若，命婢肩舆，抽刀出门，手杀数人，乃被执。吴国内史桓谦、临海太守新秦王崇、义兴太守魏隐皆弃郡走。于是会稽谢鍼、吴郡陆瓌、吴兴丘尫、义兴许允之、临海周胄、永嘉张永等及东阳、新安凡八郡人，一时起兵，杀长吏以应恩，旬日之中，众数十万。吴兴太守谢邈、永嘉太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等皆为恩党所杀。邈、冲，皆安之弟子也。时三吴承平日久，民不习战，故郡县兵皆望风奔溃。
恩据会稽，自称征东将军，逼人士为官属，号其党曰“长生人”，民有不与之同者，戮及婴孩，死者什七八。醢诸县令以食其妻子，不肯食者，辄支解之。所过掠财物，烧邑屋，焚仓廪，刊木，堙井，相帅聚于会稽，妇人有婴儿不能去者，投于水中，曰：“贺汝先登仙堂，我当寻后就汝。”恩表会稽王道子及世子元显之罪，请诛之。
自帝即位以来，内外乖异，石头以南皆为荆、江所据，以西皆豫州所专，京口及江北皆刘牢之及广陵相高雅之所制，朝政所行，惟三吴而已。及孙恩作乱，八郡皆为恩有，畿内诸县，盗贼处处蜂起，恩党亦有潜伏在建康者，人情危惧，常虑窃发，于是内外戒严。加道子黄钺，元显领中军将军，命徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事以讨恩。刘牢之亦发兵讨恩，拜表辄行。
冬十二月，谢琰击斩许允之，迎魏隐还郡。进击丘尫，破之，与刘牢之转斗而前，所向辄克。琰留屯乌程，遣司马高素助牢之，进临浙江。诏以牢之都督吴郡诸军事。
牢之引刘裕为参军事，使将数十人觇贼。遇贼数千人，即迎击之，从者皆死，裕坠岸下。贼临岸欲下，裕奋长刀仰斫杀数人，乃得登岸，仍大呼逐之，贼皆走，裕所杀伤甚众。刘敬宣怪裕久不返，引兵寻之，见裕独驱数千人，咸共叹息。因进击贼，大破之，斩获千馀人。
初，恩闻八郡响应，谓其属曰：“天下无复事矣，当与诸君朝服至建康。”既而闻牢之临江，曰：“我割浙江以东，不失作句践！”戊申，牢之引兵济江，恩闻之曰：“孤不羞走。”遂驱男女二十馀万口东走，多弃宝物、子女于道，官军竞取之，恩由是得脱，复逃入海岛。高素破恩党于山阴，斩恩所署吴郡太守陆瓌、吴兴太守丘尫、馀姚令吴兴沈穆夫。
东土遭乱，企望官军之至，既而牢之等纵军士暴掠，士民失望，郡县城中无复人迹，月馀乃稍有还者。朝廷忧恩复至，以谢琰为会稽太守、都督五郡军事，帅徐州文武戍海浦。
四年夏五月，谢琰以资望镇会稽，不能绥怀，又不为武备。诸将咸谏曰：“贼近在海浦，伺人形便，宜开其自新之路。”琰不从，曰：“苻坚之众百万，尚送死淮南。孙恩小贼，败死入海，何能复出！若其果出，是天欲杀之也。”既而恩寇浃口，入馀姚，破上虞，进及邢浦，琰遣参军刘宣之击破之，恩退走。少日，复寇邢浦，官军失利，恩乘胜径进。己卯，至会稽。琰尚未食，曰：“要当先灭此贼而后食。”因跨马出战，兵败，为帐下都督张猛所杀。吴兴太守庾桓恐郡民复应恩，杀男女数千人，恩转寇临海。朝廷大震，遣冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之拒之。
冬十一月，高雅之与孙恩战于馀姚，雅之败，走山阴，死者什七八。诏以刘牢之都督会稽等五郡，帅众击恩，恩走入海。牢之东屯上虞，使刘裕戍句章。吴国内史袁崧筑沪渎垒以备恩。
五年春二月丙子，孙恩出浃口，攻句章，不能拔。刘牢之击之，恩复走入海。
三月，孙恩北趣海盐，刘裕随而拒之，筑城于海盐故治。恩日来攻城，裕屡击破之，斩其将姚盛。城中兵少不敌，裕夜偃旗匿众，明晨开门，使羸疾数人登城。贼遥问刘裕所在，曰：“夜已走矣。”贼信之，争入城。裕奋击，大破之。恩知城不可拔，乃进向沪渎，裕复弃城追之。
海盐令鲍陋遣子嗣之帅吴兵一千，请为前驱。裕曰：“贼兵甚精，吴人不习战，若前驱失利，必败我军，可在后为声势。”嗣之不从。裕乃多伏旗鼓。前驱既交，诸伏皆出，裕举旗鸣鼓，贼以为四面有军，乃退。嗣之追之，战没。裕且战且退，所领死伤且尽，至向战处，令左右脱取死人衣以示闲暇。贼疑之，不敢逼。裕大呼更战，贼惧而退，裕乃引归。
夏五月，孙恩陷沪渎，杀吴国内史袁崧，死者四千人。
六月甲戌，孙恩浮海奄至丹徒，战士十馀万，楼船千馀艘，建康震骇。乙亥，内外戒严，百官入居省内。冠军将军高素等守石头，辅国将军刘袭栅断淮口，丹杨尹司马恢之戍南岸，冠军将军桓谦等备白石，左卫将军王嘏等屯中堂，征豫州刺史谯王尚之入卫京师。
刘牢之自山阴引兵邀击恩，未至而恩已过，乃使刘裕自海盐入援。裕兵不满千人，倍道兼行，与恩俱至丹徒。裕众既少，加以涉远疲劳，而丹徒守军莫有斗志。恩帅众鼓噪，登蒜山，居民皆荷担而立。裕帅所领奔击，大破之，投崖赴水死者甚众，恩狼狈仅得还船。然恩犹恃其众，寻复整兵径向京师。后将军元显帅兵拒战，频不利。会稽王道子无他谋略，唯日祷蒋侯庙。恩来渐近，百姓恟惧。谯王尚之帅精锐驰至，径屯积弩堂。恩楼船高大，溯风不得疾行，数日乃至白石。恩本以诸军分散，欲掩不备。既而知尚之在建康，复闻刘牢之已还，至新洲，不敢进而去，浮海北走郁洲。恩别将攻陷广陵，杀三千人。宁朔将军高雅之击恩于郁洲，为恩所执。
秋八月，诏以刘裕为下邳太守，讨孙恩于郁洲，累战，大破之。恩由是衰弱，复缘海南走，裕亦随而邀击之。
冬十一月，刘裕追孙恩至沪渎、海盐，又破之，俘斩以万数，恩遂自浃口远窜入海。
元兴元年春三月，孙恩寇临海，临海太守辛景击破之。恩所虏三吴男女，死亡殆尽，恩恐为官军所获，乃赴海死，其党及妓妾从死者以百数，谓之“水仙”。馀众数千人复推恩妹夫卢循为主。循，谌之曾孙也，神采清秀，雅有材艺。少时，沙门惠远尝谓之曰：“君虽体涉风素，而志存不轨，如何？”太尉玄欲抚安东土，乃以循为永嘉太守。循虽受命，而寇暴不已。
夏五月，卢循自临海入东阳，太尉桓玄遣抚军中兵参军刘裕将兵击之，循败走永嘉。
二年春正月，卢循使司马徐道覆寇东阳。二月辛丑，建武将军刘裕击破之。道覆，循之姊夫也。
秋八月，刘裕破卢循于永嘉，追至晋安，屡破之，循浮海南走。
三年，卢循寇南海，攻番禺。广州刺史濮阳吴隐之拒守百馀日。冬十月壬戌，循夜袭城而陷之，烧府舍、民室俱尽，执吴隐之。循自称平南将军，摄广州事，聚烧骨为共冢，葬于洲上，得髑髅三万馀枚。又使徐道覆攻始兴，执始兴相阮腆之。
义熙元年，卢循遣使贡献。时朝廷新定，未暇征讨。夏四月壬申，以循为广州刺史，徐道覆为始兴相。循遗刘裕益智粽，裕报以续命汤。
循以前琅邪内史王诞为平南长史。诞说循曰：“诞本非戎旅，在此无用。素为刘镇军所厚，若得北归，必蒙寄任，公私际会，仰答厚恩。”循甚然之。刘裕与循书，令遣吴隐之还，循不从。诞复说循曰：“将军今留吴公，公私非计。孙伯符岂不欲留华子鱼邪？但以一境不容二君耳。”于是循遣隐之与诞俱还。
六年。初，徐道覆闻刘裕北伐，劝卢循乘虚袭建康，循不从。道覆自至番禺说循曰：“本住岭外，岂以理极于此，传之子孙邪？正以刘裕难与为敌故也。今裕顿兵坚城之下，未有还期，我以此思归死士掩击何、刘之徒，如反掌耳。不乘此机而苟求一日之安，朝廷常以君为腹心之疾。若裕平齐之后，息甲岁馀，以玺书征君，裕自将屯豫章，遣诸将帅锐师过岭，虽复以将军之神武，恐必不能当也。今日之机，万不可失。若先克建康，倾其根蒂，裕虽南还，无能为也。君若不同，便当帅始兴之众直指寻阳。”循甚不乐此举，而无以夺其计，乃从之。
初，道覆使人伐船材于南康山，至始兴，贱卖之，居人争市之，船材大积而人不疑。至是，悉取以装舰，旬日而办。循自始兴寇长沙，道覆寇南康、庐陵、豫章，诸守相皆委任奔走。道覆顺流而下，舟楫甚盛。时克燕之问未至，朝廷急征刘裕。裕方议留镇下邳，经营司、雍，会得诏书，乃以韩范为都督八郡军事、燕郡太守，封融为勃海太守，檀韶为琅邪太守。戊申，引兵还。韶，祗之兄也。久之，刘穆之称范、融谋反，皆杀之。
安成忠肃公何无忌自寻阳引兵拒卢循。长史邓潜之谏曰：“国家安危，在此一举。闻循兵舰大盛，势居上流，宜决南塘，守二城以待之，彼必不敢舍我远下。蓄力养锐，俟其疲老，然后击之，此万全之策也。今决成败于一战，万一失利，悔将无及。”参军殷阐曰：“循所将之众皆三吴旧贼，百战馀勇，始兴溪子，拳捷善斗，未易轻也。将军宜留屯豫章，征兵属城，兵至合战，未为晚也。若以此众轻进，殆必有悔。”无忌不听。三月壬申，与徐道覆遇于豫章，贼令强弩数百登西岸小山邀射之。会西风暴急，飘无忌所乘小舰向东岸。贼乘风以大舰逼之，众遂奔溃。无忌厉声曰：“取我苏武节来！”节至，执以督战。贼众云集，无忌辞色无挠，握节而死。于是中外震骇。朝议欲奉乘舆北走，就刘裕。既而知贼未至，乃止。
刘裕至下邳，以船载辎重，自帅精锐步归。至山阳，闻何无忌败死，虑京邑失守，卷甲兼行，与数十人至淮上，问行人以朝廷消息。行人曰：“贼尚未至，刘公若还，便无所忧。”裕大喜。将济江，风急，众咸难之。裕曰：“若天命助国，风当自息，若其不然，覆溺何害！”即命登舟，舟移而风止。过江，至京口，众乃大安。夏四月癸未，裕至建康。以江州覆没，表送章绶，诏不许。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜各将兵入卫建康。藩，豫州刺史毅之从弟也。毅闻卢循入寇，将拒之而疾作。既瘳，将行，刘裕遗毅书曰：“吾往习击妖贼，晓其变态。贼新获奸利，其锋不可轻。今修船垂毕，当与弟同举。克平之日，上流之任，皆以相委。”又遣刘藩往，谕止之。毅怒，谓藩曰：“往以一时之功相推耳，汝便谓我真不及刘裕邪！”投书于地，帅舟师二万发姑孰。
循之初入寇也，使徐道覆向寻阳，循自将攻湘中诸郡。荆州刺史刘道规遣军逆战，败于长沙。循进至巴陵，将向江陵。徐道覆闻毅将至，驰使报循曰：“毅兵甚盛，成败之事，系之于此，宜并力摧之。若此克捷，江陵不足忧也。”循即日发巴陵，与道覆合兵而下。五月戊午，毅与循战于桑落洲，毅兵大败。弃船，以数百人步走，馀众皆为循所虏，所弃辎重山积。
初，循至寻阳，闻裕已还，犹不信。既破毅，乃得审问，与其党相视失色。循欲退还寻阳，攻取江陵，据三州以抗朝廷。道覆谓宜乘胜径进，固争之。循犹豫累日，乃从之。
己未，大赦。裕募人为兵，赏之同京口赴义之科。发民治石头城。议者谓宜分兵守诸津要，裕曰：“贼众我寡，若分兵屯守，则测人虚实。且一处失利，则沮三军之心。今聚众石头，随宜应赴，既令彼无以测多少，又于众力不分。若徒旅转集，徐更论之耳。”
朝廷闻刘毅败，人情恟惧。时北师始还，将士多创病，建康战士不盈数千。循既克二镇，战士十馀万，舟车百里不绝，楼船高十二丈，败还者争言其强盛。孟昶、诸葛长民欲奉乘舆过江，裕不听。初，何无忌、刘毅之南讨也，昶策其必败，已而果然。至是，又谓裕必不能抗循，众颇信之，惟龙骧将军东海虞丘进廷折昶等，以为不然。中兵参军王仲德言于裕曰：“明公命世作辅，新建大功，威震六合，妖贼乘虚入寇，既闻凯还，自当奔溃。若先自遁逃，则势同匹夫，号令何以威物！此谋若立，请从此辞。”裕甚悦。昶固请不已，裕曰：“今重镇外倾，强寇内逼，人情危骇，莫有固志。若一旦迁动，便自土崩瓦解，江北亦岂可得至！设令得至，不过延日月耳。今兵士虽少，自足一战。若其克济，则臣主同休。苟厄运必至，我当横尸庙门，遂其由来以身许国之志，不能窜伏草间苟求存活也。我计决矣，卿勿复言！”昶恚其言不行，且以为必败，因请死。裕怒曰：“卿且申一战，死复何晚！”昶知裕终不用其言，乃抗表自陈曰：“臣裕北讨，众并不同，唯臣赞裕行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。谨引咎以谢天下。”封表毕，仰药而死。
乙丑，卢循至淮口，中外戒严。琅邪王德文都督宫城诸军事，屯中堂皇，刘裕屯石头，诸将各有屯守。裕子义隆始四岁，裕使谘议参军刘粹辅之，镇京口。粹，毅之族弟也。
裕见民临水望贼，怪之，以问参军张劭，劭曰：“若节钺未反，民奔散之不暇，亦何能观望！今当无复恐耳。”裕谓将佐曰：“贼若于新亭直进，其锋不可当，宜且回避，胜负之事未可量也。若回泊西岸，此成禽耳。”
徐道覆请于新亭至白石焚舟而上，数道攻裕。循欲以万全为计，谓道覆曰：“大军未至，孟昶便望风自裁。以大势言之，自当计日溃乱。今决胜负于一朝，乾没求利，既非必克之道，且杀伤士卒，不如案兵待之。”道覆以循多疑少决，乃叹曰：“我终为卢公所误，事必无成。使我得为英雄驱驰，天下不足定也。”
裕登石头城望循军，初见引向新亭，顾左右失色。既而回泊蔡洲，乃悦。于是众军转集。裕恐循侵轶，用虞丘进计，伐树栅石头淮口，修治越城，筑查浦、药园、廷尉三垒，皆以兵守之。
刘毅经涉蛮、晋，仅能自免，从者饥疲，死亡什七八。丙寅，至建康，待罪。裕慰勉之，使知中外留事。毅乞自贬，诏降为后将军。
卢循伏兵南岸，使老弱乘舟向白石，声言悉众自白石步上。刘裕留参军沈林子、徐赤特戍南岸，断查浦，戒令坚守勿动。裕及刘毅、诸葛长民北出拒之。林子曰：“妖贼此言，未必有实，宜深为之防。”裕曰：“石头城险，且淮栅甚固，留卿在后，足以守之。”林子，穆夫之子也。
庚辰，卢循焚查浦，进至张侯桥。徐赤特将击之，林子曰：“贼声往白石而屡来挑战，其情可知。吾众寡不敌，不如守险以待大军。”赤特不从，遂出战。伏兵发，赤特大败，单舸奔淮北。林子及将军刘钟据栅力战，朱龄石救之，贼乃退。循引精兵大上，至丹杨郡。裕帅诸军驰还石头，斩徐赤特，解甲久之，乃出陈于南塘。
卢循寇掠诸县无所得，谓徐道覆曰：“师老矣，不如还寻阳，并力取荆州，据天下三分之二，徐更与建康争衡耳。”秋七月庚申，循自蔡洲南还寻阳，留其党范崇民将五千人据南陵。甲子，裕使辅国将军王仲德、广川太守刘钟、河间内史兰陵蒯恩、中军谘议参军孟怀玉等帅众追循。
八月，刘裕还东府，大治水军，遣建威将军会稽孙处、振武将军沈田子帅众三千自海道袭番禺。田子，林子之兄也。众皆以为“海道艰远，必至为难，且分撤见力，非目前之急”。裕不从，敕处曰：“大军十二月之交必破妖虏，卿至时，先倾其巢窟，使彼走无所归也。”
江州刺史庾悦以鄱阳太守虞丘进为前驱，屡破卢循兵，进据豫章，绝循粮道。
九月，刘毅固求追讨卢循，长史王诞密言于刘裕曰：“毅既丧败，不宜复使立功。”裕从之。冬十月，裕帅兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等南击卢循，以刘毅监太尉留府，后事皆委焉。癸巳，裕发建康。
徐道覆帅众三万趣江陵，奄至破冢。时鲁宗之已还襄阳，追召不及，人情大震。或传循已平京邑，遣道覆来为刺史，江、汉士民感刘道规焚书之恩，无复贰志。道规使刘遵别为游军，自拒道覆于豫章口，前驱失利。遵自外横击，大破之，斩首万馀级，赴水死者殆尽，道覆单舸走还湓口。初，道规使遵为游军，众咸以为强敌在前，唯患众少，不应分割见力，置无用之地。及破道覆，卒得游军之力，众心乃服。
王仲德等闻刘裕大军且至，进攻范崇民于南陵。崇民战舰夹屯西岸。十一月，刘钟自行觇贼，大雾，贼钩得其舸。钟因帅左右攻舰户，贼遽闭户拒之，钟乃徐还，与仲德共攻崇民，崇民走。
卢循兵守广州者不以海道为虞。庚戌，孙处乘海奄至，会大雾，四面攻之，即日拔其城。处抚其旧民，戮循亲党，勒兵谨守，分遣沈田子等击岭表诸郡。
刘裕军雷池。卢循扬声不攻雷池，当乘流径下。裕知其欲战，十二月己卯，进军大雷。庚辰，卢循、徐道覆帅众数万塞江而下，前后莫见舳舻之际。裕悉出轻舰，帅众军齐力击之。又分步骑屯于西岸，先备火具。裕以劲弩射循军，因风水之势以蹙之。循舰悉泊西岸，岸上军投火焚之，烟炎涨天。循兵大败，走还寻阳。将趣豫章，乃悉力栅断左里。丙申，裕军至左里，不得进。裕麾兵将战，所执麾竿折，幡沉于水，众并怪惧。裕笑曰：“往年覆舟之战，幡竿亦折，今者复然，贼必破矣。”即攻栅而进，循兵虽殊死战，弗能禁。循单舸走，所杀及投水死者凡万馀人。纳其降附，宥其逼略，遣刘藩、孟怀玉轻军追之。循收散卒，尚有数千人，径还番禺。道覆走保始兴。裕版建威将军褚裕之行广州刺史。裕之，裒之曾孙也。裕还建康。刘毅恶刘穆之，每从容与裕言穆之权太重，裕益亲任之。
七年春正月，刘藩帅孟怀玉等诸将追卢循至岭表。二月壬午，怀玉克始兴，斩徐道覆。
三月，卢循行收兵至番禺，遂围之，孙处拒守二十馀日。沈田子言于刘藩曰：“番禺城虽险固，本贼之巢穴。今循围之，或有内变。且孙季高众力寡弱，不能持久，若使贼还据广州，凶势复振矣。”夏四月，田子引兵救番禺，击循，破之，所杀万馀人。循走，田子与处共追之，又破循于苍梧、郁林、宁浦。会处病，不能进，循奔交州。
初，九真太守李逊作乱，交州刺史交趾杜瑗讨斩之。瑗卒，朝廷以其子慧度为交州刺史。诏书未至，循袭破合浦，径向交州。慧度帅州府文武拒循于石埼，破之。循馀众犹三千人，李逊馀党李脱等结集俚獠五千馀人以应循。庚子，循晨至龙编南津。慧度悉散家财以赏军士，与循合战，掷雉尾炬焚其舰，以步兵夹岸射之，循众舰俱然，兵众大溃。循知不免，先鸩妻子，召妓妾问曰：“谁能从我死者？”多云：“雀鼠贪生，就死实难。”或云：“官尚当死，某岂愿生！”乃悉杀诸辞死者，因自投于水。慧度取其尸斩之，并其父子及李脱等，函七首送建康。
卢循之乱
东晋安帝隆安二年（398）。当初，琅邪人孙泰从钱唐人杜子恭那里学会了妖术，很多士人平民都信奉他。王珣对此十分厌恶，把孙泰流放到广州。王雅把孙泰推荐给晋孝武帝，说他通晓养生长寿的法术，孝武帝把孙泰召回京城，授给他官职，几次升迁后，最后做到新安郡太守。孙泰知道晋朝的国运将要终止，就趁着王恭起兵叛乱的机会，以讨伐王恭为名，集聚军队，积蓄起亿万的财物，三吴地区有很多人追随他。有见识的人都担心他会叛乱，因中领军司马元显与他友善，二人关系密切，所以没有人敢揭露他。冬季十二月，会稽内史谢輶告发了孙泰的阴谋，己酉（二十二日），会稽王司马道子派司马元显诱捕了孙泰，把他还有他的六个儿子一同斩首。孙泰的侄子孙恩逃到海岛上，一些愚昧的民众仍认为孙泰只不过像蝉脱壳而去一样，并没有死，便前往海中向漂泊在海岛上的孙恩提供资助。于是，孙恩纠集亡命之徒，共有一百多人，谋划报仇。
三年（399），会稽王世子司马元显，生性苛刻，滥用生杀大权。征发东部各郡中免除官奴身份而成为佃客的人，称为“乐属”，迁移到京城，充当士兵，东部地区的百姓因此忧愁不已，悲苦不堪。
冬季十月，孙恩借着民心骚动的机会，率领他的党羽，从海岛出发，渡海上岸，杀掉了上虞县令，接着就进攻会稽。会稽内史王凝之是王羲之的儿子，家中世代信奉天师道，他既不出兵应战，也不加强防备，每天只是在道室中磕头跪拜，念诵咒语。下属官吏请他出兵讨伐孙恩，王凝之说：“我已请来了得道大仙，借鬼兵防守各处要冲，每处各有数万鬼兵，这些贼寇不值得担忧。”等到孙恩逐渐逼近，王凝之才同意下属出兵迎战，但这时孙恩已兵临会稽城下了。甲寅（初二），孙恩攻陷会稽，王凝之出城逃走，孙恩抓获了他，把他还有他的儿子们一并杀了。王凝之的妻子谢道蕴是谢奕的女儿，她听说贼寇来了，镇定自若，举动从容不迫，命婢女抬着轿子，拔刀出门，亲手杀了好几个贼寇后才被俘。吴国内史桓谦、临海郡太守新秦王司马崇、义兴郡太守魏隐都放弃郡城逃走。于是会稽人谢鍼、吴郡人陆瓌、吴兴人丘尫、义兴人许允之、临海人周胄、永嘉人张永等以及东阳、新安等共八个郡的人，一时间纷纷起兵，杀掉东晋的地方官吏，响应孙恩，十日之内，聚集起数十万人。吴兴郡太守谢邈、永嘉郡太守司马逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、张琨、中书郎孔道等人都被孙恩的同党诛杀。谢邈、谢冲都是谢安的侄子。当时，三吴地区已经太平了很长时间，当地民众都不擅长打仗，所以各郡县的士兵都望风披靡，溃散奔逃。
孙恩占据会稽，自称征东将军，逼迫当地人士充当他的下属官吏，称他的同党为“长生人”，民众中凡有不愿成为他们同伙的，不仅本人，而且连家中的婴孩也一起杀掉，当地居民有十分之七八被他们杀死。他们把县令们剁成肉酱，让县令的妻子儿女吃，不肯吃的，就会被他们肢解分尸。他们每经过一个地方，就掠夺财物，焚烧居民房屋和政府仓库，砍伐树木，填塞水井，他们纷纷前往会稽集聚。妇女中有携带婴儿，不能离开家乡前去的，就把婴儿扔进水中，说：“祝贺你先登神仙天堂，我随后就到你那里去。”孙恩上奏表，历数会稽王司马道子及其世子司马元显的罪状，请求诛杀他们。
自从晋安帝即位以来，京城内外事变动乱不断，石头城以南的地区全都被荆州、江州刺史占据，以西的地区又都被豫州刺史所独占，京口及长江以北地区都被刘牢之和广陵相高雅之所控制，朝廷的政令只能在三吴地区推行。等到孙恩叛乱时，三吴地区的八个郡都被孙恩占有，京畿内的各个县，盗贼蜂拥而起，四处出没，孙恩的同党也有暗藏在建康城中的，因此人们内心惶恐，常常担心事变会秘密酝酿，突然爆发，于是朝廷只好宣布内外实行戒严。朝廷加授司马道子黄钺，任命司马元显兼中军将军，任命徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事来指挥军队讨伐孙恩。刘牢之也出兵讨伐孙恩，奏上表疏后，不等回复，就立即率军出发了。
冬季十二月，谢琰攻击并斩杀了许允之，迎接太守魏隐返回郡城。又进军攻击丘尫，将他击败，与刘牢之一起转战各处，不断前进，所向无敌，每战皆胜。谢琰留军屯驻在乌程，派遣司马高素协助刘牢之，进逼浙江。朝廷下诏任命刘牢之为都督吴郡诸军事。
刘牢之任命刘裕为参军事，派他率领数十人侦察贼寇的行动。途中遭遇贼寇数千人，刘裕便上前迎战，随从刘裕的人员都战死了，刘裕也跌落在河岸之下。贼寇站在岸边，打算下去杀他，刘裕奋力挥舞长刀，仰面杀了好几个人后，才得以上岸，于是大声呼喊追杀，贼寇全都逃走，刘裕杀死和砍伤了很多贼寇。刘敬宣奇怪刘裕这么长时间还没返回，就率军寻找他，看见刘裕独自一人追赶着数千人，大家同声感叹。随即乘机向前攻击贼寇，把他们打得大败，斩杀、俘虏了一千多人。
当初，孙恩听说八郡都有人响应他，就对他的下属说：“天下不再有大事了，我将与你们一起穿上朝廷官服，前往建康。”不久，听说刘牢之已率军进逼浙江，孙恩又说：“我割据浙江以东地区，不失为越王句践那样的一方诸侯。”戊申（二十六日），刘牢之率军渡过浙江，孙恩得知这一消息后，说：“我不认为逃走就是耻辱。”于是驱赶着男男女女二十多万人向东逃走，将很多财宝、男女孩童丢弃在道路上，官军竞相夺取，孙恩因此得以逃脱，再度逃入海岛。高素在山阴击败孙恩的同党，斩杀了孙恩所任命的吴郡太守陆瓌、吴兴郡太守丘尫、馀姚县令吴兴人沈穆夫。
东部各郡县遭受动乱，盼望着朝廷官军到来。不久，刘牢之等人放纵士兵恣意劫掠，士人平民大失所望，郡县城中再也看不到人们的行迹，一个多月后才逐渐有人返回家园。朝廷担心孙恩卷土重来，任命谢琰为会稽郡太守，都督五郡军事，率领徐州文武官员守备东海沿线地区。
四年（400）夏季五月，谢琰凭借他的门第和声望镇守会稽，既不能安抚百姓，又不整治武备。手下的将领们都劝谏他说：“孙恩贼寇近在沿海，一直在窥探形势，等待机会，我们应该为他们开辟一条悔过自新的道路。”谢琰不同意，说：“苻坚的军队有一百万人，尚且自己到淮南来送死。孙恩不过是小小的贼寇，死伤惨败，逃入海中，怎么可能再出来作乱？如果他真的出来作乱，这是上天存心要诛杀他了。”不久，孙恩侵扰浃口，进入馀姚，攻破上虞，挺进到邢浦，谢琰派遣参军刘宣之击败了他们，孙恩撤走。没过几天，孙恩又侵扰邢浦，官军在交战中失利，孙恩乘胜直进。己卯（三十日），孙恩抵达会稽。当时谢琰还没有吃饭，他说：“待我先消灭了这帮贼寇，然后再吃饭。”随即跨上马背，出城迎战，战败，谢琰被帐下都督张猛诛杀。吴兴郡太守庾桓担心当地民众再次响应孙恩，杀了男女数千人。孙恩转而侵扰临海。朝廷大为震惊，派遣冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之率军抵御。
冬季十一月，高雅之与孙恩在馀姚交战，高雅之战败，逃往山阴，士兵有十分之七八被杀死。朝廷下诏任命刘牢之都督会稽等五郡，率军攻击孙恩，孙恩又逃入海中。刘牢之向东进军，屯驻在上虞，派刘裕驻守句章，吴国内史袁崧修筑沪渎垒，用来防备孙恩。
五年（401）春季二月丙子（初一），孙恩从浃口出发，进攻句章，未能攻克。刘牢之攻击孙恩，孙恩再次逃入海中。
三月，孙恩向北直趋海盐，刘裕紧追不放，与他抵抗，在海盐故城修筑城墙。孙恩每天都来进攻城池，刘裕屡次击败了他们，斩杀了孙恩手下的将领姚盛。城中士兵太少，难以与孙恩抗衡，刘裕在夜晚收起旗帜，埋伏下军队。第二天早晨，打开城门，派几名老弱残兵登上城楼。贼寇远远地向他们询问刘裕在哪里，他们说：“昨天夜里已经逃走了。”贼寇相信了他们的话，争相入城。刘裕指挥伏兵奋力攻击，大败贼寇。孙恩知道不能攻克海盐城，于是转头向沪渎进军，刘裕又放弃海盐城，尾随追击。
海盐县令鲍陋派遣他的儿子鲍嗣之率领吴地士兵一千人，请求当前锋。刘裕说：“贼寇军队十分精锐，吴地人不熟习作战，如果前锋失利，一定会使我们全军失败，你们可以殿后，以壮声势。”鲍嗣之不同意刘裕的意见。刘裕就埋伏下许多旗帜和战鼓。前锋与贼寇交战后，各路埋伏全部出动，刘裕高举旗帜，军士也摇旗擂鼓，贼寇以为四面都有官军，就向后撤退。鲍嗣之率军追击，战死。刘裕边战边退，所率领的军队，几乎全部伤亡，退到先前接战的地方，刘裕命令身边的士兵去脱取阵亡者的衣服，以此显示从容不迫。贼寇怀疑其中有诈，不敢进逼。刘裕大声喊叫，再次投入战斗，贼寇畏惧，赶快撤退，刘裕这才撤退返回。
夏季五月，孙恩攻陷沪渎垒，杀了吴国内史袁崧，杀死四千人。
六月甲戌（初一），孙恩率领部众乘船从海上进入长江，突然抵达丹徒，战士有十多万，楼船有一千多艘，建康城中震动惊骇。乙亥（初二），京城内外戒严，文武百官住进官署内，日夜办公。冠军将军高素等人驻守石头城，辅国将军刘袭用木栅截断淮口，丹杨尹司马恢之防守长江南岸，冠军将军桓谦等人守备白石，左卫将军王嘏等人率军屯聚台城之外的中堂。征召豫州刺史谯王司马尚之率军前来保卫京城。
刘牢之率军从山阴出发，准备拦击孙恩军队，还没有赶到，孙恩军队已经过去，于是派刘裕从海盐返回到京城支援。刘裕的军队不满一千人，他们以加倍的速度日日夜夜急行军，与孙恩的军队同时到达丹徒。刘裕军队的人数既少，又加上长途跋涉，士兵们十分疲劳，而丹徒的守军又没有斗志。于是孙恩率领部众擂鼓呐喊，登上蒜山，丹徒居民都肩挑行李站着，准备随时可以出逃。刘裕率领部下急速扑向敌方，进行攻击，大败了敌军，孙恩的部众从山崖上摔下，跳入水中淹死的很多，孙恩狼狈地仅仅逃回到船上，才保住了性命。然而孙恩仍依仗他们人多势众，不久后又重新整顿军队，直接向京城进军。后将军司马元显率军迎战，屡次失利。会稽王司马道子没有其他谋略，只是天天到蒋侯庙中去祈祷。孙恩逐渐逼近建康，百姓惶恐惊慌，谯王司马尚之率领精锐部队急速赶来，径直进驻于积弩堂。孙恩的楼船又高又大，逆风航行不能快速前进，好几天才到达白石。孙恩本来认为各路官军兵力分散，打算趁朝廷没有防备而发动突袭。不久就知道司马尚之的军队已经在建康，又听说刘牢之已率军回援，抵达新洲，孙恩不敢再继续前进，于是率军离去，乘船从海路向北前往郁洲。孙恩手下的别将率领另外一支军队攻陷了广陵，杀了三千人。宁朔将军高雅之在郁洲攻击孙恩，被孙恩的军队俘获。
秋季八月，朝廷下诏任命刘裕为下邳太守，进军郁洲讨伐孙恩，经过多次交战，大败孙恩军队。孙恩从此之后日益衰弱，又沿着海岸南逃，刘裕也紧随孙恩，不断拦击。
冬季十一月，刘裕追击孙恩到沪渎、海盐，又大败孙恩，俘虏、斩杀了约一万人。于是孙恩又从浃口逃窜到海中，远离陆地。
元兴元年（402）春季三月，孙恩侵扰临海郡，临海郡太守辛景将他击败。孙恩所俘虏的三吴地区的男子妇女，几乎全都死了，孙恩害怕被官军俘获，就投入海中，自杀而死。他的党羽及女妓侍妾跟从他投海自杀的约有一百多人，都被称为“水仙”。孙恩的剩馀部众数千人又推举孙恩的妹夫卢循为首领。卢循是卢谌的曾孙，他神采清秀，多才多艺。年轻时，僧侣惠远曾对他说：“你虽然体貌风雅恬淡，但内心却有违反法纪、犯上作乱的念头，怎么办？”太尉桓玄想用安抚的手段来恢复东部各郡县的安定，就任命卢循为永嘉郡太守。卢循虽然接受了任命，但仍不断地侵害劫掠当地民众。
夏季五月，卢循从临海郡进入东阳郡，太尉桓玄派遣抚军中兵参军刘裕率军攻击，卢循战败逃回永嘉。
二年（403）春季正月，卢循派司马徐道覆进犯东阳郡。二月辛丑（初八），建武将军刘裕率军击败了徐道覆。徐道覆是卢循的姐夫。
秋季八月，刘裕在永嘉打败卢循，追击到晋安，又多次打败卢循，卢循乘船从海路向南逃走。
三年（404），卢循侵扰南海，进攻番禺。广州刺史濮阳人吴隐之坚守抗击了一百多天。冬季十月壬戌（初九），卢循趁夜袭击，攻陷了城池，将官府、民宅全部烧毁，俘虏了吴隐之。卢循自称平南将军，执掌广州军政事务，把烧焦的尸骨聚集起来，在水洲上挖掘一座大坟，埋在一起，聚起的骷髅有三万多具。又派徐道覆进攻始兴郡，俘虏了始兴相阮腆之。
义熙元年（405），卢循派遣使者向朝廷贡献物品。当时东晋朝廷刚刚安定，顾不上前去征讨。夏季四月壬申（二十一日），朝廷任命卢循为广州刺史，任命徐道覆为始兴相。卢循赠送刘裕益智粽，刘裕回赠卢循续命汤。
卢循任命前琅邪内史王诞为平南长史。王诞游说卢循说：“我王诞原本不是军旅出身，留在这里没有什么用处。我一向受到刘镇军的厚待，如果能够返回北方，他一定会委任我官职。不管是为公为私，如果有机会，我一定会报答您的大恩。”卢循认为他的话很有道理。刘裕写信给卢循，要他遣送吴隐之返回，卢循不答应。王诞又去说服卢循说：“将军您现在留住吴隐之，在公私两个方面都是失策。孙策难道不想留住华歆吗？只是因为一国容不得两位君主罢了。”于是，卢循遣送吴隐之与王诞二人一同返回。
六年（410）。当初，徐道覆得知刘裕北伐的消息，鼓动卢循乘虚袭击建康，卢循不听。徐道覆亲自到番禺劝说卢循，他说：“我们住在五岭以南的地区，难道你认为是因为合理才这样，并将这么一块地方传给子孙吗？正是因为刘裕军队强大，我们难以与他对抗的缘故。现在刘裕军队困在坚固的城池之下，没有归期，我们利用这些思念回归三吴家乡而敢于拼死作战的士兵，突袭何无忌、刘毅之辈，易如反掌。如果不乘此良机起事，只想苟且求得一时的安定，朝廷会一直把你视为心腹之患。如果刘裕平定了齐地的南燕以后，休兵一年多，然后由皇帝下诏书，征召你前去京城，刘裕亲自率军屯驻于豫章，派遣将领们率精锐部队越过五岭，将军您即使再英勇神武，恐怕也一定无法抵挡。现在的机会，万万不可丧失。如果先攻克建康，倾覆了他们的根基，刘裕即使向南回军，也无能为力了。您如果不同意，我就要独自率领始兴的军队，直奔寻阳了。”卢循非常不愿意举兵起事，但又没有理由反驳徐道覆的计划，于是就听从了他。
当初，徐道覆派人到南康山砍伐造船用的木材，运到始兴，廉价出售，当地居民争相购买，造船木材在始兴大量地存积，而人们对此并没有什么怀疑。等到徐道覆起兵的时候，将这些木材全部征来建造船舰，十天左右就完成了。卢循从始兴出发，进犯长沙，徐道覆进犯南康、庐陵、豫章，这些地方的官员都弃官奔逃。徐道覆顺着赣江向下游挺进，舟船众多，装备优良，阵容非常盛大。当时，攻克南燕的消息还没有传到建康，朝廷紧急征召刘裕回军。刘裕正与部下商议留兵镇守下邳，以谋取司州、雍州，正在这时接到了诏书，于是任命韩范为都督八郡军事、燕郡太守，任命封融为勃海郡太守，任命檀韶为琅邪郡太守。二月戊申（二十六日），刘裕率军返回。檀韶是檀祗的哥哥。过了一段时间后，刘穆之声称韩范、封融谋划反叛，把两人都杀了。
安成忠肃公何无忌率军从寻阳出发，抗击卢循。长史邓潜之劝谏说：“国家安危，在此一举。听说卢循的士兵和船舰数量众多，装备优良，阵容很强盛，而且处在上游，我们应当决开南塘，坚守豫章、寻阳二城严阵以待，他们一定不敢绕过我们远向下游挺进。我们养精蓄锐，等到他们疲惫时，再攻击他们，这是万无一失的计策。现在通过一次会战来决定胜负，万一失利，将会后悔莫及。”参军殷阐说：“卢循率领的军队，都是三吴地区以前的贼寇，是经历了上百次战斗后留存下来的勇士，徐道覆的始兴兵都是蛮族之人，拳脚敏捷，勇猛善斗，不可轻视。将军应留军屯驻豫章，征调其他地方的军队前来豫章，等各路军队到达后，再合兵会战，也不算晚。如果只用现在这些兵力轻率进攻，恐怕一定会后悔的。”何无忌没有听从他们的建议。三月壬申（二十日），何无忌军队与徐道覆军队在豫章相遇，贼寇徐道覆命令数百名强弩射手登上西岸的小山，向官军发箭猛射。正在这时，突然刮起猛烈的西风，把何无忌所乘的小船吹向东岸，贼寇乘着风势驾着大船直逼上来，于是官军溃散奔逃。何无忌厉声说道：“把我的苏武符节拿来！”手下人送上符节，何无忌手持符节督战。贼寇军队从四面涌来，但何无忌的言辞神色没有显出丝毫的屈服，最后紧握符节战死。于是朝廷内外大为震惊。朝廷大臣们商议，想护送晋安帝向北逃到刘裕那里，不久，得知贼寇军队还未逼近京城，才放弃了出逃的计划。
刘裕抵达下邳，用船只运载辎重，自己率领精锐部队步行返回。到达山阳时，得知何无忌军败身亡的消息，刘裕担心京城失守，下令脱下铠甲，日夜兼程，急行赶回，带领数十人先行到达长江边，向行人询问朝廷的消息。行人说：“贼寇还未到达京城，刘公您如果能够及时返回，就没有什么可担忧的。”刘裕非常高兴。将要渡过长江时，风刮得很大，大家都觉得很难渡过江去。刘裕说：“如果天命帮助国家，大风应当自己停息。如果不是这样，翻船淹死又有什么关系！”随即下令军队上船，船一移动，大风就停止了。渡过长江，到达京口，大家的心才大为安定。夏季四月癸未（初二），刘裕到达建康。因江州沦陷，刘裕上奏表请求送还印信绶带，朝廷下诏不准许。
青州刺史诸葛长民、兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜分别率军进入建康守卫。刘藩是豫州刺史刘毅的堂弟。刘毅听到卢循北上进犯的消息，打算出兵阻击，但突然患病。等疾病痊愈，将要出发，刘裕派人给刘毅送信，说：“我以前多次攻击妖贼，知道他们变化多端。这些妖贼刚刚获得奸邪的胜利，他们的锐气很盛，不可轻视。现在船舰马上就要修造完毕，我将与老弟你一同举兵进攻。等打败妖贼，平定叛乱的时候，我将把长江上游的重任，全部委托给你。”又派刘藩前去劝刘毅暂时停止出兵。刘毅发怒，对刘藩说：“以前不过因一时的功劳推举刘裕为首领，你就认为我真的比不上刘裕吗！”他把刘裕的信扔在地上，率领两万水军从姑孰出发。
卢循刚开始向北进犯时，派徐道覆进军寻阳，卢循自己率军进攻湘中各郡。荆州刺史刘道规派遣军队迎战，在长沙被打败。卢循挺进到巴陵，打算进攻江陵。徐道覆听说刘毅即将来到，派使者快马报告卢循说：“刘毅军队很强大，成功还是失败，取决于这次会战。我们应当同心合力摧毁刘毅军队。如果这一仗能够取胜，江陵就不值得担忧了。”卢循当天就从巴陵出发，与徐道覆会师，顺江而下。五月戊午（初七），刘毅军队与卢循军队在桑落洲大战，刘毅军队大败。他扔掉船只，只带着几百名士兵步行逃走，其馀部众都被卢循俘虏，丢弃的辎重军械，堆积如山。
当初，卢循抵达寻阳时，听说刘裕已经返回，还不相信。击败刘毅后，才审问俘虏得到证实，他与部下面面相觑，大惊失色。卢循想退军返回寻阳，进攻并占领江陵，据守三州以此与朝廷对抗。徐道覆认为应该乘胜直进，并坚持自己的意见。卢循犹豫了好多天，才听从了徐道覆的意见。
己未（初八），朝廷颁令大赦。刘裕招募百姓充实兵力，赏赐的规格与当时在京口起兵讨伐桓玄时相同。征发民众修筑石头城。商议的人认为应该分别派遣军队防守各个重要关口，刘裕说：“贼寇人数众多，我军人少，如果分散兵力，驻守各个关口，那么就会让贼寇探出我们的虚实。而且如果有一处失利，就会使全军的军心沮丧。现在将军队聚集在石头城，随着形势的变化和需要，派遣军队前往应战，既可以让他们无法判断出我们有多少军队，又可使我们的兵力不分散。如果各地的军队都能辗转前来集结，那么再做别的打算。”
东晋朝廷得知刘毅战败的消息，人心惶恐惊慌。当时北伐的军队刚刚返回，将士中有很多人带有伤病，而建康原有的守军又不超过几千人。卢循攻克江陵、豫章二州后，士兵已多达十多万人，舟船车马浩浩荡荡绵延百里看不到头，楼船高达十二丈，战败后逃回来的士兵争相述说贼寇的强盛。孟昶、诸葛长民打算保护晋安帝渡过长江，刘裕不同意。起初，何无忌、刘毅南下征讨卢循时，孟昶预测他们一定失败，后来二人果然失败了。到这时，孟昶又认为刘裕一定不能抵抗卢循，大家很相信他的话，只有龙骧将军东海人虞丘进在朝廷上驳斥孟昶等人，认为他们的看法不对。中兵参军王仲德对刘裕说：“明公您以传扬于世的英名，做朝廷的辅佐，新近又建立了大功，声威震动天地四方，妖贼乘虚进犯，得知您凯旋的消息，自然会奔逃溃散。如果我们自己先逃走了，其实就同普通人一样了，这样，他的号令怎么会具有威势呢？出逃的计谋如果被接受，请让我从此告辞。”刘裕听了十分高兴。孟昶坚持请求出逃，不肯罢休，刘裕说：“如今朝廷的重兵正镇压外部的倾覆力量，而强盛的贼寇又在内部紧逼，人心惶恐惊骇，形势危急，大家都没有坚定的信心。皇上一旦迁移，我方就会自己土崩瓦解，长江以北虽然不远，又怎么能够到达！即使能够到达，也不过是拖延一些时间罢了。现在士兵虽少，但仍足以一战。如果能成功，那么君臣同享欢乐；如果厄运一定要临头，我也应当死在晋室宗庙门口，实现我平生以身报国的志向，绝不会逃窜躲藏在荒草泽野之间，苟且保全自己的性命。我的决心已定，你不要再说了！”孟昶怨恨自己的建议未被接受，并且认为必定会失败，就请求先将他处死。刘裕大怒说：“你暂且奋力打一仗，再去死又晚了多少呢？”孟昶知道刘裕最终还是不会采纳他的意见，就上奏表自我陈述说：“刘裕北上讨伐时，大家都不同意，只有我赞同刘裕的行动计划，以致让强贼利用了这一机会，国家面临危亡，这都是我的罪过。我诚恳地承认罪责，以此来向天下人道歉。”他把奏表封好呈上后，便喝下毒药自杀了。
乙丑（十四日），卢循军队到达淮口，京城内外戒备森严。琅邪王司马德文都督宫城诸军事，屯兵于中堂大殿，刘裕屯驻于石头城，其他将领也各率军队驻守要冲。刘裕的儿子刘义隆刚四岁，刘裕派谘议参军刘粹辅佐他，镇守京口。刘粹是刘毅同族的弟弟。
刘裕看见民众到江水边上观望贼寇，很奇怪，向参军张劭询问这件事情，张劭说：“如果将军您没有返回，民众四散奔逃还来不及，又怎么能到水边观望？现在他们应该不再恐慌了。”刘裕对部下将领说：“贼寇如果从新亭直接进攻，他们的兵锋势不可挡，应当暂且避开，谁胜谁败就不可推测了。如果他们的战舰迂回到西岸的蔡洲停泊，这就要束手就擒了。”
徐道覆请求在新亭到白石之间，焚毁船舰，全军上岸，分几路一起进攻刘裕。卢循想采用万无一失的策略，他对徐道覆说：“我们大军还未到达，孟昶就望风自杀了。从大势上来说，对方在近日将会自动溃乱。现在要以一朝的大战来决定胜负，想依靠侥幸来求得胜利，这既不是必胜之道，而且会使士兵遭受很大的伤亡，不如按兵不动，等待他们送上门来。”徐道覆因卢循疑虑重重，缺乏决断能力，就叹息道：“我最终要被卢公所耽误，大事必定不能成功。假如我能被一位英雄重用，为他纵横驰骋，平定天下是不在话下的。”
刘裕登上石头城观望卢循军队，起初看见他们向新亭进发，回头看看身边的人而脸色骤变。不久又看见他们回船停泊于蔡洲，才高兴起来。于是各路军队辗转集结。刘裕怕卢循侵袭，突破防守，就采用了虞丘进的计策，砍伐树木作栅栏，拦在石头城、淮口外面。修治越城，兴筑查浦、药园、廷尉三个堡垒，都派兵防守。
刘毅战败奔逃后，穿过蛮族地区及晋朝廷管辖下的地区，仅能逃出一命，随从他的人因饥饿疲惫，死去的有十分之七八。丙寅（十五日），刘毅到达建康，等待处罚。刘裕安慰勉励他，派他知中外留事。刘毅自求贬谪，于是朝廷下诏将他降职为后将军。
卢循在南岸埋伏军队，派年老体弱的士兵乘船驶向白石，声称全军要从白石登陆。刘裕留下参军沈林子、徐赤特守备南岸，切断查浦通道，严令他们坚守阵地，不准出动。刘裕及刘毅、诸葛长民率军向北出动，进行抗击。沈林子说：“妖贼这番话，不一定是事实，应当多加防备。”刘裕说：“石头城险要，而且淮口的栅栏十分坚固，留你在后面，完全可以守住这里。”沈林子是沈穆夫的儿子。
庚辰（二十九日），卢循纵火焚烧查浦，进军到张侯桥。徐赤特打算攻击他们，沈林子说：“贼寇声称前往白石，却屡次来这里挑战，由此可看出他们的意图。我们寡不敌众，不如据险坚守，以等待大军返回。”徐赤特没有听从他的意见，最终还是率军出战了。贼寇伏兵一起出动，徐赤特大败，乘着一条船逃奔淮北。沈林子以及将军刘钟凭借栅栏，奋力苦战，朱龄石也率军前来救援，贼寇这才退走。卢循又率领精兵大举进攻，到达丹杨郡。刘裕率领各路军队赶回石头城，将徐赤特斩首，让将士解甲休整了好久，才率军出城在南塘设立阵地。
卢循侵扰劫掠各县而一无所获，他对徐道覆说：“军队疲惫了，不如返回寻阳，合力攻取荆州，占据天下三分之二的地盘，再慢慢与建康抗争。”秋季七月庚申（初十），卢循从蔡洲向南返回寻阳，留下他的党羽范崇民率五千人据守南陵。甲子（十四日），刘裕派辅国将军王仲德、广川郡太守刘钟、河间内史兰陵人蒯恩、中军谘议参军孟怀玉等人率军追击卢循。
八月，刘裕返回东府，大力整治水军，派遣建威将军会稽人孙处、振武将军沈田子率军三千从海路袭击番禺。沈田子是沈林子的哥哥。大家都认为“海路艰险遥远，一定很难到达，而且，分散了现在的兵力，并非目前的紧急事务”。刘裕没有听从大家的意见，他命令孙处说：“大军在十二月初的时候，一定会打败妖贼，你到达番禺后，先摧毁他们的巢穴，使他们逃窜时没有地方可以返回。”
江州刺史庾悦任命鄱阳郡太守虞丘进为前锋，多次击败卢循军队，进军占据豫章，切断了卢循运粮的通道。
九月，刘毅坚决请求带兵追击征讨卢循，长史王诞秘密地向刘裕进言说：“刘毅既然已经战败，丧失了军队和权力，不应再让他建立军功。”刘裕听从了他的话。冬季十月，刘裕率领兖州刺史刘藩、宁朔将军檀韶、冠军将军刘敬宣等南下攻击卢循，任命刘毅为监太尉留府，将后方的事务全部委托给他。癸巳（十四日），刘裕率军从建康出发。
徐道覆率部众三万人直扑江陵，突然到达破冢。当时鲁宗之已返回襄阳，追召他回来已经来不及了，于是人心大为震恐。有人传言说卢循已占据京城，派遣徐道覆前来当刺史。但江、汉一带的士人平民感怀刘道规焚烧书信，不加追究的恩德，不再存有二心。刘道规派刘遵另外率领一支军队作为游击部队，自己率军在豫章口抵御徐道覆，前锋在交战中失利。刘遵率军从外面拦腰横击徐道覆的军队，将他们打得大败，斩杀了一万多人，其馀的人大多投水而死，整个军队几乎被消灭，徐道覆仅坐一条船逃回湓口。起初，刘道规派刘遵率军游击时，大家都认为强大的敌军正在面前，只担心自己军队的人数太少，不应再分割现有的兵力，将它放到无用的地方去。等到击败徐道覆，并且最终是依靠了游击军的力量时，大家才心悦诚服。
王仲德等人听说刘裕的大军将要到达，就在南陵向范崇民发动进攻。范崇民的战舰分别停泊在南北两岸，呈夹击长江的形势。十一月，刘钟亲自前去侦察敌情，当时大雾弥漫，贼寇用钩子钩住了刘钟所乘的那艘船。刘钟乘机率领左右随从进攻对方的船舱门，贼寇急忙关闭了船舱门进行抵抗，于是刘钟从容地返回，与王仲德一同进攻范崇民，范崇民逃跑。
卢循留下镇守广州的军队，不认为海路有什么值得担忧的。庚戌（初二），孙处率军乘船突然从海路抵达，当时正逢大雾，官军从四面进攻，当天就攻克了广州城。孙处安抚原广州的居民，诛杀了卢循的亲属党羽，管束部队，小心防守，又分别派遣沈田子等人率军攻击五岭以南的各郡。
刘裕率军驻扎在雷池，卢循扬言不进攻雷池，将要顺流直下。刘裕知道他打算出战，十二月己卯（初一），刘裕进军到大雷。庚辰（初二），卢循、徐道覆率军数万顺长江而下，舟船塞满江面，前后望不见边际。刘裕出动所有的轻快战舰，率各路军队一同合力攻击。又分派步骑兵集聚在西岸，准备好纵火用具。刘裕命令强弩手猛射卢循军队，利用风向水势逼近攻杀。卢循的战舰全部停泊在西岸，岸上的官军向下投掷火具，焚烧贼寇战舰，烟火冲天。卢循军队大败，逃回寻阳。卢循打算直扑豫章，于是全力竖起栅栏，截断左里通路。丙申（十八日），刘裕大军抵达左里，无法前进。刘裕指挥军队将要进攻时，他手中所拿的指挥旗的旗杆突然折断，旗帜沉入水中，大家都很奇怪惊惧。刘裕笑着说：“当年在覆舟山之战时，旗杆也曾折断过，今天又这样，贼寇一定会被打败。”随即进军攻击栅栏，卢循军队虽拼死力战，也无法阻挡官军。卢循只身乘船逃走，他的士兵被斩杀的及投水淹死的共有一万多人。刘裕收编了投降归附的士兵，赦免了那些因受逼迫而参与叛乱的人士，派遣刘藩、孟怀玉率领轻装部队追击卢循。卢循收罗被打散的士兵，还有几千人，直接撤回番禺。徐道覆退守始兴。刘裕未通过朝廷，自己指派建威将军褚裕之代理广州刺史。褚裕之是褚裒的曾孙。刘裕返回建康。刘毅憎恶刘穆之，常从容地对刘裕说起刘穆之权势太大，但刘裕却更加信任刘穆之。
七年（411）春季正月，刘藩率领孟怀玉等多位将领，追击卢循到达五岭以南地区。二月壬午（初五），孟怀玉攻克始兴，斩杀徐道覆。
三月，卢循一边行军，一边招收士兵，到达番禺，于是包围了番禺，孙处率军抵抗坚守了二十多天。沈田子对刘藩说：“番禺城虽然险要坚固，但原本是贼寇的巢穴。如今卢循包围了它，或许城内会发生事变。而且孙处的兵力薄弱，不能坚持很久，如果让贼寇回军占据广州，他们的凶狠气势就会重新振作。”夏季四月，沈田子率军救援番禺，攻击卢循，大败贼军，斩杀了一万多人。卢循逃走，沈田子与孙处合兵追击，又在苍梧、郁林、宁浦连续打败了卢循军队。正在这时，孙处患病，不能进军追击，于是卢循逃向交州。
当初，九真郡太守李逊叛乱，交州刺史交趾人杜瑗征讨并斩杀李逊。杜瑗去世，朝廷任命他的儿子杜慧度为交州刺史。任命的诏书还未送到，卢循攻破了合浦，径直进军交州，杜慧度率领州府文武官员在石埼抵御卢循，将卢循打败。卢循剩馀的部众还有三千人，李逊的馀党李脱等人聚集俚獠族五千多人响应卢循。庚子（二十四日），早晨，卢循率部众到达龙编南渡口。杜慧度散尽家中全部财产来犒赏士兵，与卢循交战，杜慧度军队投掷雉尾型火炬焚烧卢循的战舰，并派步兵在两岸夹射卢循军队，卢循的战舰全都烧了起来，军队完全崩溃。卢循知道无法逃脱一死了，他先毒死了妻子儿女，然后把女妓侍妾们召来问道：“谁能跟从我一同死？”她们中的多数人都说：“鸟雀老鼠尚且贪图活命，要一同去死实在很难。”也有人说：“官人您尚且要死，我怎么还会希望活着！”于是卢循把那些不愿跟从他同死的人全部杀了，随后自己也投水自杀。杜慧度打捞起他的尸体，砍下头颅，再加上卢循的父亲、儿子及李脱等人共七颗人头，装入木匣中，送往都城建康。