滴眼液中防腐剂引起的不良反应主要有①角膜毒性：点状表层角膜炎（SPK），防腐剂对角膜上皮损害与防腐剂的种类、用药频率、用药时间、个体差异有关；②结膜过敏：充血、浮肿等；③结膜下组织纤维化；④眼睑过敏：过敏性接触皮炎。

以青光眼长期治疗为例，滴眼液中的防腐剂苯扎氯铵（BAK）可导致过敏、干眼、结膜下纤维化及假性天疱疮、青光眼手术失败率升高等。