第三节 国际系统数字编号分类和命名法
由于国际系统命名比较冗长，使用不方便，1978年国际生物化学联合会酶学委员会又将自然界发现的2000种以上的酶重新进行了分类。根据催化反应的性质，将酶分为六大类，分别用阿拉伯数字1、2、3、4、5、6表示。再根据底物中被作用的基团或化学键等特点，将每一大类分为若干亚类、次亚类。最后，再排列各个具体的酶，采用四位数字编号系统，其中第一位数为酶的大类，第二位数为亚类，第三位数为次亚类，第四位数为次亚类中的具体酶的编号。前面冠以“EC”标志，为酶学委员会“Enyme Commission”的缩写。
例如，醇脱氢酶的编号为EC.1.1.1.1，其中大类位置的“1”表示氧化还原酶类，亚类位置的“1”示底物供体是CH-OH，次亚类位置的“1”表示受体底物是烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）或烟酰胺腺嘌呤二核苷磷酸（NADP+），最后位置的“1”表示次亚类中的第一个酶。又例如，胰蛋白酶的编号EC 3.4.21.4，其中“3”表示第3大类，“4”表示4亚类，主要作用于肽键，“21”表示4亚类的21次亚类，“4”为具体酶编号。此外，乳酸脱氢酶编号为EC 1.1.1.27，己糖激酶的编号为EC 2.7.1.1，腺苷三磷酸酶编号为EC 3.6.1.3，果糖-二磷酸醛缩酶编号为EC 4.1.2.13，三糖磷酸异构酶的编号为EC 5.3.1.1等。
这种分类法比较科学，每种酶均有特定的编号，并可从中了解酶的性质，新发现的酶也可对号入座，不会造成紊乱，也便于计算机科学管理。
酶的具体作用方式按六大类分述如下。
（一）氧化还原酶类（oxidoreductases）
氧化还原酶类约占酶总数的27%，其催化反应为：
RH2为氢或电子的供体，被还原底物R′为氢或电子的受体。
例如：多酚氧化酶（EC 1.10.3.1）；乳酸脱氢酶（EC 1.1.1.27）；过氧化氢酶（EC 1.11.1.6）；葡萄糖氧化酶（EC 1.1.3.4）和脂肪氧合酶（EC 1.13.1.13）。
（二）转移酶类（transferases）
转移酶类约占酶总数的24%，其催化反应为：
例如：葡萄糖激酶（EC 2.7.1.2）和己糖激酶（EC 2.7.1.1）。
（三）水解酶类（hydrotases）
水解酶类约占酶总数的26%，其催化反应为：
1.多糖水解酶类
例如：α-淀粉酶（EC 3.2.1.1）；β-淀粉酶（EC 3.2.1.2）；葡萄糖淀粉酶（EC 3.2.1.3）；异淀粉酶（EC 3.2.1.9）；普鲁兰酶（EC 3.2.1.41）；聚半乳糖醛酸酶（EC 3.2.1.15）；纤维素酶（EC 3.2.1.4）；半纤维素酶[内切β-1，4-D木聚糖酶（EC 3.2.1.8）、外切β-1，4-D木糖苷酶（EC 3.2.1.37）]；溶菌酶（EC 3.2.1.17）。
2.糖苷水解酶类
例如：转化酶或蔗糖酶（E C 3.2.1.48）；乳糖酶（E C 3.2.1.22）和柚皮苷酶[β-L-1-鼠李糖苷酶（E C 3.2.1.43）、β-葡萄糖苷酶（E C 3.2.1.21）]。
3.蛋白质水解酶类
例如：
（1）内切蛋白酶（蛋白酶）木瓜蛋白酶（EC 3.4.22.21）；菠萝蛋白酶（EC 3.4.22.4）；胰蛋白酶（EC 3.4.21.4）；胰凝乳蛋白酶（糜蛋白酶）A（EC 3.4.21.1）；凝乳酶（EC 3.4.4.3）；枯草杆菌中性蛋白酶（EC 3.4.24.4）；米曲霉酸性蛋白酶（EC 3.4.23.6）；米曲霉中性蛋白酶（EC 3.4.24.4）；米曲霉碱性蛋白酶（EC 3.4.21.14）。
（2）外切蛋白酶 氨肽酶（EC 3.4.1.11）；羧肽酶（EC 3.4.16.17）；二肽酶（EC 3.4.1.3）。
（四）裂合酶类（lyases）
裂合酶类约占酶总数的12%，其催化反应为：
例如：果糖-二磷酸醛缩酶（EC.4.1.2.13）。
（五）异构酶类（isomerases）
异构酶类约占酶总数的5%，其催化反应为：
例如：果糖磷酸异构酶（EC 5.3.1.1）。
（六）连接酶类（ligases）或称合成酶类
合成酶类约占酶总数的6%，其催化反应为：
例如：异亮氨酰转移核酸合成酶（EC 6.1.1.5）。