野生动物资源
据文献记载与野外调查，红碱淖保护区分布的脊椎动物有鱼类、两栖类动物、爬行类动物、鸟类、兽类，以及昆虫、浮游动物和底栖动物等类群。鸟类中的遗鸥在本类目“珍禽遗鸥”分目中有详细记述，鱼类在“湖区产业”类目的“渔业”分目中有记述。
鸟类
红碱淖保护区地处毛乌素沙漠边缘地带，有很多荒漠地区的典型种类，在动物区划上属于古北界、中亚亚界、蒙新区、西部荒漠亚区（参见张荣祖著《中国动物地理》，科学出版社，1999年9月版）。
中华人民共和国成立后，涉及红碱淖湿地（保护区）及周边地区鸟类的调查有多次。1958—1963年，陕西省榆林地区农业科学研究所陈延熹在榆林地区的定边县、榆林城郊和神木县等地调查，记录鸟类16目35科126种；1956—1963年，陕西师范大学方荣盛等对榆林、绥德和定边等地先后进行了四次调查，记录鸟类15目37科127种；1979—1980年，陕西省动物研究所姚建初等，对陕北黄土高原调查记录鸟类150余种（亚种）;1999—2000年，陕西省林业厅组织专家对陕北榆林地区，尤其是对陕北黄河及其支流流域和湖泊的水鸟进行了较全面系统的资源调查，发现了卷羽鹈鹕、遗鸥等国家一、二级保护动物。
遗鸥飞翔
遗鸥在湖心岛
进入21世纪以后，由于人类活动和气候变化，对红碱淖湿地及周边地区鸟类产生了一定程度的影响。红碱淖湿地的鸟类，除环境变化引起的种类组成和种群数量的变化因素外，由于调查时间不同、观测手段不同、调查方法的差异和调查区域的覆盖面，也可能影响当地鸟类物种组成和数量变化的监测结果。20世纪鸟类资源调查主要是通过采集标本并鉴定物种来作为观测手段，再加上当时路况或交通不便，导致调查区域、路线或样点具有局限性。当时，有些物种一直存在而未能观察到。进入21世纪，随着人类活动的加剧，特别是农业大量使用化肥和农药，生活垃圾与有毒物质的丢弃，一些与人类伴生的鸟类分布范围和数量急剧减少。同时，受湖水面积缩小和水质变差的影响，红碱淖湖中水生生物及鱼类种类和数量急剧萎缩，导致红碱淖湿地以水生生物赖以生存的水禽数量变化尤为明显。随着天然林保护和退耕还林工程的实施，局部地区的生态环境得到明显改善，有些鸟类数量有所增长，如环颈雉成为当地的优势种。另外，双筒望远镜、单筒望远镜和长焦镜头照相机等先进仪器设备的使用，和丰富的野外鸟类手册，为全面清晰地观察及反复鉴定物种提供了便利条件。
鸿雁群
豆雁阵
天鹅群集
夕阳下的大天鹅
根据以往调查记载和多年来的监测记录，红碱淖湿地及周边地区共记录鸟类20目44科151种。根据鸟类区系成分划分，古北界种类107种，占绝对优势。其次，为广布种42种，东洋界种类仅2种。从鸟类居留型看，旅鸟77种，夏候鸟54种，留鸟18种，冬候鸟仅2种。国家一级保护动物5种，国家二级保护动物15种。
翘鼻麻鸭
反嘴鹬
表5 红碱淖湿地及周边地区鸟类名录
续表
续表
续表
续表
续表
说明：依郑光美《中国鸟类分类与分布名录》2017（第三版）。
1．居留型：R-留鸟；S-夏候鸟；W-冬候鸟；P-旅鸟
2．区系划分：P-古北界；O-东洋界；W-广布种
保护鸟类 红碱淖有国家一级保护野生鸟类遗鸥、黑鹳、白尾海雕、玉带海雕、大鸨五种。有国家二级保护野生鸟类疣鼻天鹅、小天鹅、大天鹅、蓑羽鹤、白琵鹭、卷羽鹈鹕、鹗、白尾鹞、黑鸢、普通
、雕鸮、纵纹腹小鸮、长耳鸮、红隼、红脚隼等15种。黑鹳（Ciconia nigra） 大型涉禽，旅鸟。体态优美，体色鲜明，活动敏捷，性情机警的大型涉禽。成鸟体长为100 —120厘米，体重2—3千克 ；嘴长而粗壮，头、颈、脚均甚长，下胸、腹部及尾下白色，嘴及腿红色。身上的羽毛除胸腹部为纯白色外，其余都是黑色，在不同角度的光线下，可以变幻映出多种颜色。飞行时翼下黑色，仅三级飞羽及次级飞羽内侧白色。眼周裸露皮肤红色。栖于沼泽地区、池塘、湖泊、河流沿岸及河口。性惧人，冬季有时结小群活动。
黑鹳
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级易危（VU）。
2004年8月26日，在松道沟河与红碱淖入口处见到6只黑鹳。2005年8月12日，在红碱淖红石岛的半岛边缘见到12只黑鹳。
白尾海雕
白尾海雕（Haliaeetus albicilla） 大型猛禽，旅鸟。体长84 — 91厘米。成鸟多为暗褐色，后颈和胸部羽毛为披针形，较长。头颈羽色较淡，沙褐色或淡黄褐色，嘴脚黄色，尾羽呈楔形，为纯白色。活动于江河及湖泊附近的沼泽地带，白天活动，常单独或成对在湖面上空飞翔。2009年，发现白尾海雕攻击大天鹅。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级易危（VU）。
玉带海雕
玉带海雕（Haliaeetus leucoryphus） 大型猛禽，旅鸟。体长76—84厘米，翼展200—250厘米，雄鸟体重2100—3700克，雌鸟体重2000—3300克。嘴稍细，头细长，颈较长，全身呈棕色。叫声响亮。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级濒危（EN）。
大鸨（Otis tarda） 大型走禽，旅鸟。体长75—105厘米，体重3800—8750克，翅长超过40厘米。嘴短，头长、基部宽大于高。翅大而圆，第三枚初级飞羽最长。无冠羽或皱领，雄鸟在喉部两侧有刚毛状的须状羽，其上身有少量的羽瓣。跗蹠等于翅长的四分之一。雄鸟的头、颈及前胸灰色，其余下体栗棕色，密布宽阔的黑色横斑。下体灰白色，颏下有细长向两侧伸出的须状纤羽。雌雄鸟的两翅覆羽均为白色，在翅上形成大的白斑，飞翔时十分明显。善于奔跑，栖息于草原、半荒漠地带及农田草地，通常成群活动。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级濒危（EN）。
大鸨
2017年1月31日在红碱淖壕赖滩见到两只大鸨。
疣鼻天鹅（Cygnus olor） 大型游禽，旅鸟。体长125—150厘米。脖颈细长，因前额有瘤疣突起故名。全身羽毛洁白，游泳时颈部弯曲而略似“S”形。眼深棕色，嘴橙黄色，基部和球块黑色，脚趾和蹼灰黑色。地上行走拙笨，但极善游泳。飞行时头部伸直，少发出叫声，故又得名“无声天鹅”。中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级近危（NT）。
疣鼻天鹅
小天鹅
小天鹅（Cygnus columbianus） 大型游禽 ，旅鸟 。体长约110厘米 ，全身白色，美丽优雅。虽然罕见，但是数量比大天鹅为多，结群飞行时成“V”字形。主要以水生植物的根茎和种子等为食，也兼食少量水生昆虫、蠕虫、螺类和小鱼。在红碱淖常与大天鹅混群。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级近危（NT）。
大天鹅（Cygnus cygnus） 大型游禽，旅鸟。体形高大，体长120 —160厘米，厘米翼展218—243厘米，体重8—12千克，寿命20 —25年。嘴黑，嘴基有大片黄色，黄色延至上喙侧缘成尖。游水时颈较疣鼻天鹅为直。栖息于开阔的、水生植物繁茂的浅水水域。除繁殖期外成群生活，昼夜均有活动，性机警、胆怯，善游泳。迁徙时以小家族为单位，呈“一”字形、“人”字形或“V”字形队伍，是世界上飞得最高的鸟类之一，最高飞行高度可达9000米以上。分布于亚洲，冬季分布于长江流域及附近湖泊。春季迁经华北、新疆、内蒙古而到黑龙江，以及蒙古国及西伯利亚等地繁殖。每年初春和初冬迁徙时，在红碱淖可见数千只停歇。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级近危（NT）。
大天鹅
蓑羽鹤
蓑羽鹤（Grus virgo） 大型涉禽，旅鸟。体长68—92厘米，是鹤类中个体最小者。通体蓝灰色，眼先、头侧、喉和前颈黑色，眼后有一白色耳簇羽极为醒目。前颈黑色羽延长，悬垂于胸部。脚黑色，飞翔时翅尖黑色。为高原、草原、沼泽、半荒漠及寒冷荒漠栖息鸟种，分布至海拔5000米。飞行时呈“V”字形编队，颈伸直。叫声如号角似灰鹤，但较尖而少起伏。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级无危（LC）。
2005年10月24日，首次在红碱淖观察到八只蓑羽鹤。
白琵鹭（Platalea leucorodia） 大型涉禽，旅鸟。全长约85厘米，全身羽毛白色，眼先、眼周、颏、上喉裸皮黄色；嘴长直、扁阔似琵琶；胸及头部冠羽黄色（冬羽纯白）；颈、腿均长，腿下部裸露呈黑色。栖息于沼泽地、河滩、苇塘等处，涉水啄食小型动物，有时也食水生植物；飞行时，颈和脚伸直，交替地拍动翅膀和滑翔。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级近危（NT）。
白琵鹭
卷羽鹈鹕（Pelecanus crispus） 大型游禽，迷鸟。内陆淡水湿地大型白色水鸟，体长160—180厘米。体羽灰白，眼浅黄，喉囊橘黄或黄色，颈背具卷曲的冠羽。生活在沼泽及浅水湖。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级濒危（EN）。
卷羽鹈鹕
鹗
鹗（Pandion haliaetus） 大型猛禽，旅鸟。又名鱼鹰，雄鸟和雌鸟相似，体长约65厘米。上体深褐色，下体大部纯白，头及下体白色，具黑色贯眼纹。上体多暗褐色，深色的短冠羽可竖立。建有巨大的巢，时常年复一年地使用，用盘旋和急降的方法捕食水中的鱼。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级近危（NT）。
白尾鹞（Circus cyaneus） 中型猛禽，旅鸟。体长41— 53厘米。雄鸟上体蓝灰色、头和胸较暗，翅尖黑色，尾上覆羽白色，腹、两胁和翅下覆羽白色。雌鸟上体暗褐色，尾上覆羽白色，下体皮黄白色或棕黄褐色，杂以粗的红褐色或暗棕褐色纵纹。常贴地面低空飞行，滑翔时两翅上举成“V”字形，并不时抖动。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级近危（NT）。
白尾鹞（雌）
白尾鹞（雄）
黑鸢（黑耳鸢）
黑鸢（Milvus migrans） 大型猛禽，留鸟。体长54— 69厘米。上体暗褐色，下体棕褐色，均具有黑褐色羽干纹，尾较长，呈叉状，具有宽度相等的黑色和褐色相间排列的横斑 ；飞翔时，翼下左右各有一块大的白斑。雌鸟显著大于雄鸟。白天活动，常单独在高空飞翔，秋季有时亦呈2—3只的小群。一般通过在空中盘旋来观察和寻觅食物。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级无危（LC）。
普通
普通（Buteo japonicus） 大型猛禽，旅鸟。体长50 —59厘米。体色变化较大，上体主要为暗褐色，下体主要为暗褐色或淡褐色，具有深棕色横斑或纵纹，尾淡灰褐色，具有多道暗色横斑。飞翔时两翼宽阔，初级飞羽基部有明显的白斑，翼下白色，仅翼尖、翼角和飞羽外缘黑色 （淡色型）或全为黑褐色（暗色型），尾散开呈扇形。翱翔时，两翅微向上举成浅“V”字形。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级无危（LC）。
雕鸮（Bubo bubo） 属夜行大型猛禽，留鸟。体长60 — 69厘米，体重约1600克，翼长47厘米左右。雌雄羽色相似，通体大都黄褐色，满布黑褐色横斑和较粗的纵纹。头大而圆；眼大、两眼向前。嘴侧扁而强壮，先端向下钩曲，嘴基被蜡膜，大部被基部的白色和端部的褐色硬须所掩盖。头顶黑褐色，杂以褐色细斑。耳羽发达，显著突出于头顶两侧，长达55毫米。后颈、上背及下体棕色较重，黑色纵纹在后颈、背及胸部短阔而显著，胸部以下渐细长。跗蹠及趾被淡棕色羽。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级近危（NT）。
纵纹腹小鸮（Athene noctua） 常见留鸟。体长约23厘米，无耳羽簇。头顶平，眼亮黄而长凝不动。浅色平眉及白色宽髭纹使其形狰狞。上体褐色，具有白纵纹及点斑。下体白色，具有褐色杂斑及纵纹，肩上有白色或皮黄色横斑。虹膜亮黄色，嘴角质黄色，脚白色、被羽，爪黑褐色。红碱淖及周边有一定的数量。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级无危（LC）。
雕鸮
纵纹腹小鸮
长耳鸮（Asio otus） 中型鸟类，旅鸟。体长33— 40厘米。耳羽簇长，位于头顶两侧，竖直如耳。面盘显著，棕黄色，皱翎完整，白色而缀有黑褐色。上体棕黄色，而密杂以黑褐色羽干纹；颏白色，其余下体棕白色而具粗著的黑褐色羽干纹。腹以下羽干纹两侧具树枝状的横枝。跗蹠和趾密被棕黄色羽，眼橙红色。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级
长耳鸮
无危（LC）。
红隼
红脚隼
红隼（Falco tinnunculus） 小型猛禽，留鸟。体长31—38厘米，体重130—185克，翼展70—76厘米。雄鸟、雌鸟及幼鸟体羽颜色有差异。雄鸟头顶、头侧、后颈、颈侧蓝灰色，具有纤细的黑色羽干纹。前额、眼先、眉纹棕白色。背、肩、翅上覆羽砖红色，具近似三角形的黑色斑点。腰和尾上覆羽蓝灰色。颏、喉棕白色，胸、腹、两胁棕色，胸、上腹具有黑褐色细纵纹，下腹、两胁具有黑褐色矢状斑。雌鸟整个上体棕红色，头顶、后颈及颈侧具有较粗的黑褐色羽干纹。背、尾上覆羽具有较粗的黑褐色横斑。下体乳黄色微显棕色，胸、腹、两胁具有黑褐色纵纹。幼鸟和雌鸟相似，但上体斑纹较粗。虹膜暗褐色。嘴基蓝黄色，尖端灰色。跗蹠和趾深黄色，爪黑色。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级无危（LC）。红碱淖及周边有一定的数量。
红脚隼（Falco amurensis） 小型猛禽，夏候鸟。体长26—30厘米，体重124—190克。雄鸟、雌鸟及幼鸟体色有差异。雄鸟上体大都为石板黑色，雌鸟上体大致为石板灰色，其余部位呈现黑褐色、黄白色、棕白色羽干纹或横斑。属迁徙旅程最远的猛禽，单程为13000 —16000千米。
中国脊椎动物红色名录（2016）评估等级近危（NT）。红碱淖及周边有一定的数量。
省级重点保护鸟类
绿头鸭
翘鼻麻鸭
赤麻鸭
豆雁
1．斑嘴鸭
2．赤嘴潜鸭
3．凤头潜鸭
4．斑头秋沙鸭
5．白骨顶（骨顶鸡）
6．苍鹭
草鹭
大白鹭
鸟类优势种
1．赤膀鸭
2．罗纹鸭
3．绿翅鸭
4．红头潜鸭
5．普通秋沙鸭
1．反嘴鹬
2．凤头
3．普通燕鸥
4．灰头麦鸡
5．金眶鸻
6．环颈鸻
7．黑翅长脚鹬
矶鹬
棕头鸥
普通鸬鹚
湿地水禽
红碱淖湿地水禽共计8目17科85种（见下表）。其中，鸟类区系成分组成，古北界种类60种，广布种23种，东洋界种类仅2种；从鸟类居留型看，旅鸟55种，夏候鸟29种，留鸟1种。国家一级保护动物4种，国家二级保护动物9种。
表6 红碱淖湿地（保护区）水鸟统计表
续表
续表
续表
说明：据郑光美《中国鸟类分类与分布名录》2017（第三版）
1．居留型：R—留鸟；S—夏候鸟；W—冬候鸟；P—旅鸟
2．区系划分：P—古北界；O—东洋界；W—广布种
迁徙、停歇水禽 每年10月下旬始，包括豆雁、大天鹅、斑嘴鸭在内的少数种类先期到达，至11月中旬，种类和数量均达到高峰。优势种类包括豆雁、大天鹅、赤麻鸭、斑嘴鸭、红头潜鸭、骨顶鸡等。另外，绿翅鸭、花脸鸭、罗纹鸭、赤膀鸭亦有一定数量。从每年的11月下旬至12月上旬，在红碱淖停歇的候鸟，陆续离开向其越冬地迁飞，一般而言，先期到达的豆雁、大天鹅、斑嘴鸭等种类离开的时间也略早。12月上旬，红碱淖湖面开始结冰，12月下旬至次年2月，湖面全面封冻，在红碱淖停歇的水鸟悉数离开。
2月底至3月初，途经红碱淖前往南方越冬的种类，在其向北方繁殖地迁徙途中，依旧在此停歇。这些种类的绝大部分个体在5月之前均已离开，极少数种类的少量个体可滞留至6月初。例如，豆雁、大天鹅、风头潜鸭、普通秋沙鸭等。
繁殖水禽 在红碱淖湿地繁殖的水禽种类中以蒙古高原荒漠鸟类为主要成分，主要包括遗鸥、棕头鸥、普通燕鸥等鸥科种类，灰头麦鸡、凤头麦鸡、金眶鸻、环颈鸻等鸻科鸟类，矶鹬、黑翅长脚鹬、反嘴鹬等鹬科鸟类，赤麻鸭、斑嘴鸭等鸭科鸟类，以及科的凤头 等亦在红碱淖繁殖。此类水禽于3月初飞抵红碱淖，至9月或更晚些迁离。
繁殖鸟类中，以遗鸥、棕头鸥、普通燕鸥、灰头麦鸡、凤头麦鸡、矶鹬、黑翅长脚鹬、反嘴鹬的数量较大，其分别选择不同的环境筑巢。遗鸥、棕头鸥集中在湖心岛繁殖。普通燕鸥在湖心岛或半岛上筑巢。黑翅长脚鹬、反嘴鹬在湖心岛、半岛或湖岸滩繁殖。风头麦鸡、矶鹬、金眶鸻、环颈鸻在湖岸沙滩，灰头麦鸡则在湖岸草丛、沙柳灌丛筑巢繁殖。
种群数量 21世纪初，每年候鸟迁徙季节（秋冬季、冬春季），一定数量的斑头秋沙鸭、普通秋沙鸭、普通鸬鹚、风头潜鸭等，以小鱼、泥鳅为食物的水禽在红碱淖停歇，鸟类总数量超过3万只。2006年之前，每年在此迁徙、停歇的大天鹅达8000余只。2001年以前，普通鸬鹚的数量较大，是红碱淖优势种。受持续干旱导致的水位下降，湖水水质恶化影响，加之红碱淖渔业的过度利用，2005年，仅观察到5只普通鸬鹚，2017年，大天鹅数量已经不足1000只。每年在红碱淖迁徙停歇的候鸟数量已不足20000只。
与迁徙，停歇水禽类似，21世纪初，红碱淖每年繁殖鸟中，除鸥类、鸻鹬类，其他植物性食物雁鸭类等种类和数量变化不大外，由于持续干旱导致的水位下降，湖水水质恶化，加之红碱淖渔业的过度利用，以鱼或两栖类为食物的大中型水禽，草鹭、苍鹭、白琵鹭、黑鹳等鹭类数量明显下降，鹗、白尾海雕、玉带海雕等猛禽已经很难见到，红嘴山鸦、大嘴乌鸦等榆林地区北部常见的鸟类也已稀少。
两栖爬行动物
依照中国动物地理区划，红碱淖湿地位于陕西北部沙漠地带的长城沿线沙漠区，处在华北区与蒙新区在陕西省的分界线上。据调查和查阅相关文献资料，红碱淖湿地两栖、爬行动物共计四科八种。其中，两栖纲古北界种类两种（华北区、东北区各一种），广布种两种，各占50%；爬行纲古北界种类两种（华北区），广布种两种，各占50%。
在红碱淖湿地，花背蟾蜍、草原沙蜥为优势种群。每年5月，随着气温的回升，气候变暖，草原沙蜥逐渐复苏，开始活动。草原沙蜥在距湖水较远的沙地。花背蟾蜍在湖边、溪流、沼泽地开始交配产卵，蝌蚪孵化，这一过程将持续到6月上旬。此时，正是遗鸥迁抵红碱淖繁殖的重要时期。每年5月，份恰是遗鸥开始交配产卵的阶段，5月下旬至6月上旬为孵化期，直至雏鸟破壳。在此期间，亲鸟消耗大量体力，雏鸟的成长发育，均需要大量的食物。大量的花背蟾蜍成体和蝌蚪为遗鸥提供了重要的食物来源。
2010—2015年，由于干旱导致的红碱淖水面快速萎缩，湖水酸碱值和盐碱度急剧增高，花背蟾蜍的数量急剧下降。由于近两年降水增多，特别是2016年秋季的连续暴雨，使湖水水位快速增长，湖水酸碱值和盐碱度逐渐恢复，至2018年，花背蟾蜍种群数量已基本恢复。
表7 红碱淖湿地两栖、爬行动物名录表
兽类
红碱淖属荒漠半荒漠，风沙干旱地区。干旱的气候、荒漠和以草原为主的植被，对红碱淖湿地及周边地区哺乳动物的组成和生态特征起着决定性的作用。据调查和文献记载，红碱淖区域哺乳动物共计5目12科33种。其中，古北界种类25种，占75.8%，广布种类7种，占21.2%，引入种类1种，占3%。
表8 红碱淖湿地哺乳动物分布表
P—古北界；C—广布种；E—引入种
草兔为优势种类。一些典型的荒漠、半荒漠种类，比如，子午沙鼠、三趾跳鼠、无趾跳鼠等，在这里分布广泛。
食虫目中普通刺猬常见种类，分布于红碱淖湿地周边的沙丘上。
啮齿动物主要有草兔、黑线仓鼠、子午沙鼠、长爪沙鼠、小家鼠、褐家鼠、三趾跳鼠、无趾跳鼠等。大型食草动物黄羊自20世纪70年代以后基本绝迹。
食肉目种类以小型种类为主，主要有荒漠猫、虎鼬等。但是数量稀少。大型种类，包括狼、赤狐等，在20世纪70年代前较为常见，20世纪80年代以来，再很难见到，仅偶见赤狐。
昆虫
红碱淖湿地昆虫种类较为丰富。目前，共初步发现有昆虫种类192种，隶属于11目83科。在11目昆虫种类中，分布不均，有1目昆虫种类达到60种之多，而有2目昆虫分别仅发现1种，4目发现昆虫均在10种以下。种类较多的有鳞翅目、鞘翅目、直翅目、同翅目、双翅目等。其中，鳞翅目昆虫种类最为丰富，为19科56属60种，占总种数的 31.25 %，鞘翅目、直翅目、同翅目、双翅目昆虫分别为37种、28种、16种、14种，分别占总数的19.27%、14.58%、8.33%、7.29%。水生昆虫较为丰富，特别是蜻蜓目的昆虫蓝纹蟌等种群数量庞大，为水鸟（如遗鸥等）提供了充足的食物。
蜻蜓
表9 红碱淖湿地昆虫各目分布表
浮游生物
浮游植物 2006年，内蒙古农业大学刘文盈等，在红碱淖检出浮游植物3门7目15属（种）,2007年检出3门9目18属（种）,2008年检出3门9目21属。以淡水广盐种为主，以适应高盐碱的淡水普生性广盐种蓝纤维藻、小球藻、小环藻为优势种，三年间各藻类优势度有所变化。由于碱度高，钙离子含量极低，浮游植物的生物量不高。
红碱淖浮游植物中，硅藻和绿藻在春秋两季都各有一个高峰，硅藻生物量占优势， 2006年占54%,2007年占49.5%,2008年占51.5%；密度2006年占13.3%,2007年12%, 2008年11.7%；绿藻密度占有优势地位，达到62%，生物量低于硅藻。随着夏季温度升高、光照强度增大，蓝藻数量上迅速增长，取得优势地位，2006年占51.3%,2007年占56.6 %,2008年占57%；而生物量只占22.8%、22.4%、23.4%。夏季硅藻在生物量上依然占优势地位。由于碱度高，钙离子含量极低，浮游植物的生物量不高。并且5.89克/升和6.29克/升的盐度恰好处于5克/升—89克/升的水生生物耐盐性的极限范围内。
浮游动物 2006年，刘文盈等在红碱淖共检出浮游动物8种。2007年检出8种。2008年检出11种。轮虫密度比例最大，轮虫和枝角类的生物量占绝对优势。
红碱淖浮游动物优势种是臂尾轮虫、蒙古裸腹
、北镖水蚤，也是耐盐碱的特殊优势种，三年间各优势种优势度有所变化。
由于碱度高，钙离子含量极低，浮游动物的生物量不高。并且5.89克/升和6.29克/升的盐度恰好处于5克/升—89克/升的水生生物耐盐性的极限范围内，一般认为，5克/升—89克/升的盐度是生物空间分布的一个重要生态屏障，盐度5克/升—89克/升的水体中生物种类最少。
红碱淖三年间浮游动物密度和生物量变化不大。由于采样在浅水区，枝角类被鱼类捕食压力小；所以，枝角类生物量占优势地位。虽然枝角类在滤食方面相对于轮虫具有竞争优势，轮虫密度仍然是数量最大，具有优势。
底栖动物
底栖动物是由栖息在水体底部和不能长时间在水中游动的各类动物组成的，是较大的生态类群。
2011—2012年，在红碱淖遗鸥觅食区共采集样品151份，发现底栖动物8种。其中蜻蜓目2种：蜻科的异色灰蜻和蟌科的矛斑蟌；双翅目摇蚊科4种：花翅前突摇蚊、穴居摇蚊、塞氏摇蚊、羽摇蚊；半翅目划椿科1种；毛翅目石蛾科1种。2006年，刘文盈等对红碱淖底栖动物调查发现9种，2007年发现7种，2008年发现7种，以摇蚊科幼虫和瘦螅稚虫为优势种群。
表10 红碱淖底栖动物分布简表
