干细胞移植治疗CHD的初步疗效已明确，开创了一个崭新的生物医疗领域，但仍存在一些问题亟待解决。①干细胞的“可塑性”或“横向分化”是否真的存在？如果存在则其发生、发展和调控机制如何？这些都有待深入研究；②何种细胞类型、移植细胞剂量和移植途径最佳尚不清楚；③ESCs应用的最大障碍仍是社会道德和伦理问题；④目前建立的干细胞系绝大多据来源于动物，而动物与人之间存在着明显的种属差异，动物实验的结果并不直接等同于临床结果；⑤移植细胞是通过与宿主心肌细胞融合，还是真的在靶目标区存活分化来改善心脏功能？⑥移植细胞的命运如何？它们在体内能存活多长时间？⑦干细胞治疗后长期的不良反应是什么？因为目前大部分临床试验和基础研究所观察的时间较短，其最终的转归还不清楚；⑧细胞标记和示踪技术仍不完善，宿主心脏功能改善与移植细胞停留和存活之间有无关联？⑨目前证数提示移植的干细胞通过与宿主心脏干细胞相互作用从而提高其分化潜能，这种相互作用的确切机制是什么？⑩干细胞移植后的在体动态分布和命运尚不清楚。

目前的研究结果显示干细胞移植治疗缺血性心脏病和心力衰竭的机制是多种多样的，短期的心脏功能改善与远期心脏结构及功能改变的机制可能是不同的，这需要进一步研究。目前动物实验模型多采用冻伤心肌、结扎冠脉的方法，在一定程度上模仿了心肌缺血损伤，但毕竟与真实的缺血性心脏病患者的病理状态和过程不同，细胞移植后的微环境也不相同，因此需要更接近真实而可靠的疾病模型。干细胞心肌再生作为临床治疗方法尚处于探索阶段，大规模的临床应用仍有许多问题亟待解决。

总之，干细胞移植治疗CHD的研究已经取得了举世瞩目的进展，随着生物学技术的飞速发展，干细胞移植将被赋予更活跃的生命力。目前干细胞心肌再生研究需要更加严谨、科学、周密的实验设计，和多中心、大规模、随机、对照、双盲临床试验来进一步论证干细胞治疗的远期效果和伴随的风险。若上述问题通过进一步动物实验与临床研究得到解决，则CHD的治疗必将出现革命性的飞跃。