对大剂量放、化疗造成的机体损伤必须引起高度警惕，特别是肺组织和眼晶状体对放疗更为敏感，TBI时需要采取适当的保护措施。肺组织的损伤主要是由于其组织密度较低（0.3～0.5g/cm ³），在相同条件照射时其受照剂量会超出腹部7%～15%，因此，IP是其主要的并发症。主要危险因素包括：肺部剂量、总剂量、分次剂量、环磷酰胺剂量和是否应用美法仑。神经系统并发症主要包括出血、真菌感染、脑病和外周神经病变。如果TBI剂量大于12Gy，则HSCT后100天内出现神经系统并发症的风险会增高，但100天后该风险未观察到增高。HLA不相合是脑病发生的主要危险因素，外周神经病变的主要危险因素则为败血症和镇静药物。肾毒性的发生率为3%～43%，肾功能不全与TBI剂量密切相关。TBI过程中如果应用了肾脏阻滞剂，例如万古霉素及两性霉素B，均可因降低肾脏血流导致肾功能不全风险增高。眼白内障为TBI晚期的重要并发症，发生率在10%～80%，发生时间约为TBI后2～6年。这与晶状体受照的剂量呈正相关，TBI时必须加以保护。其次放射线对内分泌腺的损害所造成的停经或精子缺失等并发症也应引起重视。

保护措施主要利用铅、钨金属或铅、钨、铋等金属合金（低熔点铅）的遮挡来实现。肺挡铅技术是控制肺组织受量主要手段之一，它利用患者正位X线胸片所勾画出的肺组织轮廓，在泡沫塑料上切割后灌注低熔点铅，使铅的形状及位置的投影与患者胸廓及肺组织位置相对一致。在TBI时根据方案采用不同时间段的铅块屏蔽肺部，控制肺组织受照剂量。而胸壁则可通过电子束照射。屏蔽肺部可导致胸骨柄和肋骨骨髓照射剂量不足，导致复发率升高。