甲真菌病的临床表现为甲板混浊、肥厚、表面凹凸不平、变色、甲板萎缩、脱落、翘起和甲沟炎。通常分为如下4型。

1.远端侧位甲下甲真菌病。为最常见的一型。真菌先侵入远端甲和侧缘的皮肤角质层，再由此侵及甲下甲板。先引起甲皮质破坏，甲床下角质增生、增厚，甲板混浊，甲板变色。甲远端由于损伤边缘不规则，色素改变可由远端向近端甲床处蔓延而呈带状。由于甲板增厚，可形成甲板上翘，或引起甲分离。病程长则甲远端甲板缺失、松脆、脱落，近端残甲似树桩样残留。常见的病原菌为红色毛癣菌、石膏样癣菌、许兰毛癣菌、絮状表皮癣菌、黄癣菌、近平滑念珠菌、曲霉、青霉菌等。

2.近端甲下甲真菌病。致病菌从甲沟部入侵，后延及甲下，逐渐导致甲质破坏，出现甲板混浊、增厚、粗糙凹凸不平等，常伴甲沟炎。致病菌主要为红色毛菌，也可为白念珠菌、絮状表皮癣菌、许兰毛菌等。

3.白色浅表甲真菌病。真菌直接侵犯甲板表层，病损初起为小于1mm的白色岛屿，渐扩大融合成白色云雾状混浊，甲板表面凹凸不平或变形，也可崩解。多数由须癣毛菌感染所致，也可为白念珠菌、桃色小孢子菌、头孢霉、镰刀菌和曲菌等。

4.全甲营养不良甲真菌病。可由上述三型病变加重、演变而来。全甲板侵蚀、破坏、脱落，甲床表面可见堆积的角质增生。近年来又发现由黑色真菌感染的甲真菌病，临床特点为甲板粗糙不平，甲板缺失或蚕蚀，甲板混浊，暗褐色。