本病外因虫淫，内因肝虚，邪乘虚而患。或患鹅掌风或脚湿气，手抓趾缝，染毒而生。

本病的致病菌占首位的是皮肤癣菌，然后是酵母菌和非皮癣菌。皮肤癣菌因地区不同菌种也有差异。红色毛癣菌遍布世界各地，须癣毛癣菌见于亚洲、欧洲、美洲，紫色毛菌见于欧洲、非洲、中东，断发毛菌见于世界各国，麦格毛菌见于葡萄牙、西班牙，絮状表皮癣菌见于世界各国，但近年较少见。念珠菌甲病以白念珠菌为主，近年报告近平滑念珠菌发病率增高，其他还有克柔念珠菌、皱落念珠菌，光滑球拟酵母、热带念珠菌、伪热带念珠菌等。致病的霉菌有短帚霉、暗色柱顶孢、透明柱顶孢、曲霉、镰刀菌、头孢霉、链格孢、可可毛双孢、卡氏枝孢、新月弯孢、人甲棘壳孢、皮炎万孢等。柱顶孢为热带和亚热带地区的甲真菌病的常见致病菌。

真菌侵入甲板周围皮肤或甲下组织，然后分泌角质蛋白酶分解角质，破坏甲组织而引起感染。甲念珠菌病多见于机体免疫功能低下者，如皮肤黏膜念珠菌病，患者多伴有先天性免疫缺损，白念珠菌侵入甲沟、甲床和甲板而引起甲损害。也可见于血液循环障碍如雷诺病、糖尿病等患者。厨师、洗衣工、家庭主妇因指甲长期浸泡可引起甲沟炎，再发展到甲板而致病。