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随着证据不断汇聚伦敦，四个起诉团开始讨论如何准备起诉案，这直接关系到证据的分配问题。
早在8月13日，苏联人推荐的一项方案为整个局面打开了一条出路。他们建议道，与其四个盟国一起围绕整个讼案争论不休，不如把它一分为四：苏联负责发生在东欧的战争罪和危害人类罪，法国负责发生在西欧的此类罪行；英国负责准备对破坏和平罪的诉讼，美国则负责共谋和犯罪组织问题。
这个建议被其他三国代表接受，并达成一致的协议。在讨论中他们特意强调，这个划分仅仅适用于审判准备。实际上，四支起诉队伍以极大的热情利用这个方案，它不仅被用来界定证据准备的责任，而且也绘制了纽伦堡审判的蓝图。法庭审理期间发生的很多混乱，以及最终由军事法庭发挥的决定性作用，都可以从8月13日的这份协议中找到根源。
在8月14日的一份备忘录中，杰克逊向他的班子汇报协议说，其他大国同意美国准备一个讼案，包括犯罪组织和“共同计划或共谋”以实施破坏和平罪和“任何其他罪行”。这里的“任何其他罪行”，也就是指战争罪和危害人类罪。美国起诉团认为这是盟国对其实行大型审判建议的承认，以及对英国提出的限制性诉讼方案的否决。它进而想当然地认为，下一步需要起草起诉书，不仅控告为实施破坏和平罪的共谋，而且也指控为实施战争罪和危害人类罪的共谋。刚刚签订的《国际军事法庭宪章》，没有清楚地核定后两条罪行的共谋，因此以此方式提起的诉案将会遭到被告方的严厉反对。然而，美国起诉团热情高涨，其人员配备充足而精良，拥有的文件资料庞大而丰富，它必将利用每一个可以想到的独立存在的罪名作为一项共谋存在的根据，借此把共谋和犯罪组织讼案推向极致。
显然，杰克逊把共谋案当成打开全部控告的智能钥匙，试图把它延伸到所有领域，变成每一项控告的重要组成部分。因此，后来美国起诉团的案情陈述不可避免地把共谋覆盖到其他三国负责证明的实体罪行的绝大部分领域。法庭不得不将整个故事重复听上两遍，《国际军事法庭宪章》对审判迅速进行的要求注定化为泡影。
8月13日协议的所有暗含的结论是：审判是大型的，起诉书中包含着多样的共谋指控，法庭面对的起诉陈述都一再重复着同样的证据材料。然而，正是这三个不利的因素联合强化了法庭的重要性，使它肩负责任独立解决因此发生的法律和程序问题。
当检察官们准备他们的起诉案，并分析证据时，他们的律师一方面权衡控诉的力量和弱点，另一方面也开始预测被告将要采取的路线。
杰克逊一向担心德国人会指责盟军具有侵略意图，以此辩解他们的行动只不过是自我防卫。早在宪章制定之前，四国谈判代表讨论了“你也不例外” 113（tu quo que）的问题——交战双方都犯有暴行，此外，他们将侵略战争作为罪行起诉，然而，盟国政府也实施过类似行为。比如，即将出现在审判席上的苏联人，他们的国家在1940年入侵了芬兰，并根据1939年与纳粹签订的条约，攫取了波兰的大块领土；又如，英国政府也侵犯过中立国的权利，这也构成了侵略的嫌疑或事实。
尽管审判有可能被看作不是基于正义而是胜利者的报复，宪章的起草者还是决定，“你也不例外”不能作为抗辩理由。它暗含这样的逻辑：既然一些刽子手可以逍遥法外，那么所有的刽子手也应该同样逍遥法外。这是对公正的嘲弄。全世界怎么能对几千万的死难者视而不见呢？矢口否认复仇因素在审判中的存在是虚伪的。扒手和贪污者之所以成为被告，是因为他落网了；而站在被告席上的之所以是德国人，就因为德国战败了。所以，宪章的制定者直截了当地声明，他们的定罪只适用于德国人，接受审判的也只是德国人，不允许考虑盟军的行为，不承认“你也不例外”的辩词。114
即使如此，检察官们还是担忧，在法官下令禁止之前，不知有多少“家丑”将被抖露出来，他们尤其担心纳粹被告会攻击苏联的外交政策。8月份，当检察官们为使用1939年的《苏德协定》及其秘密议定书而展开讨论时，他们充分认识到了问题的严重性。协定本身无甚麻烦，真正令人烦恼的在于其秘密议定书。前者是苏德两国之间的互不侵犯协议，这无非是德国政府随随便便签署的、以便在时机成熟时再撕毁的又一个条约。后者却另当别论——苏德秘密达成协议，共同瓜分波兰；另外，德国同意波罗的海诸国由苏联控制。显然，如果公开秘密议定书，作为起诉国之一的苏联将会受到严重伤害。
由此，涉及证据供应问题时，英国外交部中的胆小怕事者提议干脆不使用《苏德协定》；其他人则认为纸终究包不住火，掩盖真相的企图往往会造成适得其反的结果。一个官员指出：“受审的德国人为了混淆自己的罪行，一定会尽量抖出苏联人的丑闻。德国人无论如何都会引用这份文件。所以，试图隐瞒重要的证据信息根本于事无补。我们只能希望法庭会最终向德国人证实，对战争负有责任的唯有他们。”115 另一官员补充说：“我们不想让起诉机构中的苏联代表感到难堪，羞辱盟友也绝非我们的意图；可是，我们的确想审查战犯，我们不应该神经质地隐瞒反驳他们的富有价值的证据。”116
这种态度基本上获得了大家的支持。令人为难的证据照常供应给检察官们，由他们来决定是否使用。辩方能否获准使用这些证据则完全是另一码事。后来在纽伦堡，《苏德协定》成为答辩申请和控方反击论证中的一个持续不断的主题。
检察官们相互催促，要求把各自国家的“家丑”列成清单，并预先对被告可能发动的进攻做好应答准备；同时要求把各国困窘之事告诉同事，以备大家心中有数。