学医济善，投身革命
1905年农历9月16日，林耀东出生于江苏六合县石涧乡上林村一个普通的农耕家庭里，父亲是一名手艺不错的篾匠，以种田、帮工、做手艺为生，为养家置产，还曾到上海闯荡谋生，母亲操持家务。父母对子女要求颇高，希望他们将来长大成人以后要有大出息。林耀东8岁开始上私塾，诵读四书五经，半农半学，农忙帮忙，农闲读书。私塾先生是当地一位有功名的名流绅士，上私塾的学生则大多数是富家子弟，清高傲慢。与他们在一起，林耀东自惭形秽，幼小的心灵颇受刺激，从此暗暗下定决心，狠下苦功，立志要学到真本领。读书10年（1913～1923年），林耀东系统接受了学而优则仕、积善积德的传统思想，也打下了较好的国学基础。
1924年，19岁的林耀东开始为自己谋划前程，主动提出要学医行医，遂拜邻近的天长名医、清末举人杨敬基为师。除口传心授给两个儿子外，林耀东是这位名医唯一的徒弟。为了自己的生存和出路，林耀东抱定克勤克俭的决心，努力学习医术，钻研医经。四年学徒期间，他白天烧饭浇花，晚上读背医经，系统学习、诵读了《内经》《伤寒论》《金匮要略》、本草等中医典籍，打下了比较扎实的中医基本功底。
1929年学成出师之后，24岁的林耀东开始行医乡里。他骑着毛驴悬壶出诊，行医于六合、八百、四合、马集一带。接受了传统伦理道德熏陶的林耀东，无论是贫贱百姓还是达官贵人，均一视同仁，普同一等，看病同样悉心认真、一丝不苟；尤其对贫苦农民怀有深切的同情心，本着积善积德做好事的思想，为贫穷病人诊病不要钱，免费开方，并且尽量使用同样灵验的便宜药物，时而还自己掏钱周济贫病交加的乡亲。他给富人诊病则明码标价，处方用药也不考虑贵贱。由于医道好、医术高，上至县官贵族，下至平民百姓，无论有钱无钱，生病都要去找林先生。渐渐地，林先生的医术闻名于四里八乡，并常被南京、扬州病家邀请，受到尊重和拥戴。渐渐地，林家开始富裕起来了，林耀东本人也成了地方上有身份、有地位的名流绅士。
1939年，新四军开辟淮南津浦路东抗日根据地，在六合县建立了人民政府。他积极动员自己17岁的大儿子林干参加新四军，并向新四军捐赠财物。作为地方上的开明绅士，林耀东也受到党和政府的特别器重。1941年冬季，淮南津浦路东专员公署参议会成立，林耀东被推选为参议员。1942年，他又毅然决然地送其他三个年幼的儿子林杰、林凯和林辉到来安县半塔镇新四军办的子弟学校读书学习，接受共产党的培养和教育。其本人当时没有加入新四军，主要是考虑到要为当地乡亲行医看病；同时，在国共合作时期，行医于世也便于在公开场合与国民党六合县及周边的头面人物接触周旋。
在共产党的影响下，林耀东逐渐地认识到，家国天下一体，没有国家的兴盛、民族的解放，就不可能有个人小家庭的幸福和安康。他开始接受了共产主义启蒙教育，积极献粮捐款，支持新四军抗日。其间，林耀东与时任淮南津浦路东地委副书记、新四军天高支队政委的李世农，时任新四军六合县县长（也是第一任县长）的刘力行等革命同志相识相知，之后也常有书信往来。后来林先生回忆起自己这段走上革命道路的经历时，感慨万千，赋诗以明心迹，其女儿还依稀记得其中的两句——“散尽千金为革命，换取万家得幸福”。
抗日战争胜利后，国共两党和平谈判破裂，国民党疯狂向淮南进攻，革命进入低潮。但林耀东不怕牺牲，不怕艰难困苦，随着共产党撤退淮南而北上。1946年初夏，他领着一家男女老少，跟随李世农、魏心一率领的新四军第六支队北撤。因渡淮河困难，妻女儿媳等女眷被动员回家，他和二子、三子、幼子渡过了淮河，时年三个儿子分别仅有19岁、15岁、14岁。过河时林耀东父子所在的那一支分队共127人，过河后只剩下26人了。到了后方，林耀东作为地方送来的保护干部和开明绅士，与三个孩子一起被送到淮安新四军华东医科大学学习。而在六合老家，家门已挂上了“匪属”的牌子，其女眷家属幸得一位当区长的国民党结拜兄弟担保，才得以保全下来。
1947年1月～1948年3月，林耀东在山东日照国营商店（后改为新华公司）工作，负责联络外商。1948年4月起跟随李世农书记、魏心一专员回到淮南民主革命根据地工作，在江淮军区总务科担任副科长。1949年2月加入中国共产党，调任蚌埠军管会交际科副科长兼管理科长，5月调任蚌埠市卫生科副科长，10月1日中华人民共和国成立，调任皖北党校秘书处秘书兼总务科科长。1950年8月在皖北行署农林处工作，被推选为皖北行署委员。1952年4月，林耀东来到合肥，调任安徽省农林厅水产公司苏浙办事处主任。1954年5月调入安徽省卫生厅，受命组建安徽中医进修学校。
回到淮南民主革命根据地后，尤其在党校里，林耀东与时任蚌埠市委书记、江淮区政委、皖北区副政委的李世农，江淮一专署专员魏心一，江淮行署民政处长刘力行等革命同志，进一步结下了深厚的革命友谊。在他们的关心引导下，林耀东系统地接受了马列主义、毛泽东思想和唯物辩证法思想教育，积极向上，努力工作。1949年2月8日，他光荣地加入了中国共产党。在表明自己入党动机时，他借引《钢铁是怎样炼成的》作者奥斯特洛夫斯基的名言这样写道：人生在社会上只有一次而已，若能将衰老的残躯贡献给人民，为光荣的革命事业而工作，到了回首往事的时候，也不会因庸庸碌碌、虚度年华而羞耻。