内部矛盾
尽管大部分的希腊战士向来都很忠诚无畏，但他们大名鼎鼎的领袖间却产生了严重的分歧。在《伊利亚特》的开头，希腊最高领袖迈锡尼国王阿伽门农与希腊最伟大的战士阿喀琉斯因为一个女人发生了激烈的争执，而这个女人是阿喀琉斯的战利品。
两位英雄间的争论很快升级，变得狼狈不堪，他们开始人身攻击，毫无体面可言。阿喀琉斯指责阿伽门农贪婪懦弱，说他是个酒鬼，“眼睛像狗，满是傲慢，利欲熏心”。他说阿伽门农一心只想着战利品，眼里根本没有战斗——按重视荣誉的战士信条来说，这是极大的羞辱。
接着，阿伽门农指责阿喀琉斯傲慢、煽动叛乱，请他滚回希腊去，“再没有人像你一样令人厌恶，喋喋不休，藐视一切，带上你的船队和士兵滚回家去吧。”
怒气和躁动在他们之间弥漫开来，而他们所谓的战利品——海伦，却坐在特洛伊高大的城堡中并被保护了起来。在城堡里，她编织了一条深红色的毯子，讲述了因她而上演的故事。壮丽的特洛伊城与在临时营地中陷入不堪入耳争吵的希腊士兵形成了鲜明的对比。即便在战争期间，特洛伊城内仍平静无恙，家庭生活仍是人们的生活重心。城内繁荣舒适，资源充足，即便战争持续了十年，还是能用十二只母牛来祭奠神灵，并且，城外入侵者眼前的特洛伊高墙毫无坍塌之势。《伊利亚特》中有对此场景的描述：
这幅作品展示了特洛伊城墙的北面。传说只有使用诡计才能使特洛伊城陷落。
普里阿摩斯国王的豪华宫殿由石头雕刻的柱廊装饰而成，殿里的五十间卧房无一例外均由粗削石建成，鳞次栉比地排列着，这些卧房是普里阿摩斯的儿子们及其妻子们就寝的地方；这些卧房的对面，即庭院的另一边，有十二座同样用粗削石建成的上层房间紧紧相邻，这些房间住着普里阿摩斯的女儿和女婿们。
——荷马，《伊利亚特》，第六卷
在《伊利亚特》的战争中，荷马呈现了两支对立的力量。这部史诗主要描述了阿喀琉斯、阿伽门农、普里阿摩斯、海伦和特洛伊城。特洛伊城最后因为诡计而陷落。藏着一小撮希腊士兵的木马成了一个强有力的象征，即便《伊利亚特》成书的两千八百年后，我们在日常交谈中仍用“特洛伊木马”作为隐喻。特洛伊木马终结了十年的围困，之后希腊人极其残忍地毁灭了这座伟大的城池。
特洛伊的故事宏大且具有不可避免的悲剧性。战争结束后，海伦作为墨涅拉奥斯的妻子回到了斯巴达；对希腊人来说，秩序恢复了；但对特洛伊人而言，有的则是毁灭和屠杀。
这幅在罗马城市庞贝（Pompeii）发现的镶嵌画描绘了《伊利亚特》中的阿喀琉斯和阿伽门农。
特洛伊木马
特洛伊人眼前有一个超大号的告别礼物，但礼物里实际上藏着一小撮希腊突击手，突击手们准备在夜幕降临之后屠杀特洛伊人，毁灭特洛伊城。特洛伊木马是特洛伊战争中最不可能出现的事物之一。奥德修斯自己和同伴一起爬出了木马，打开了城门，让刚刚折回的希腊士兵攻进了特洛伊城，墨涅拉奥斯在《奥德赛》中简要地叙述了这个故事。
难以相信特洛伊人会如此愚蠢地接受了这份礼物。正如《奥德赛》一书所言，特洛伊城内的人同样有疑虑。海伦如同一个女巫一样亲自绕着木马走了一圈，她模仿希腊士兵妻子们的声音，显然想让他们露出破绽。
“木马”又做何解释呢？一种观点认为“木马”实际上是一种攻城工具，一种装在马形结构中的撞锤，它可以撞倒城门。这种说法符合荷马对希腊的描述，因为当时希腊处于弱势地位，不得不使用诡计来扭转局势。
另一种说法称“木马”仅是一种隐喻，用来指代一场地震，它削弱了特洛伊城的防卫，足以使得希腊人进入城内。该说法认为，在古希腊，波塞冬（Poseidon）是地震之神，常以马作为他的标志。同时也有证据表明，在大概率是特洛伊遗址的地方发生了毁灭性地震。
或许，我们应该记住荷马首先是一个诗人，之后再去谈他的其他身份，他的诗是想象力的作品。他笔下的故事可能包括攻城工具和地震的古老记忆，同时也有关于人类之间背叛的见闻。那么，木马既是一种象征，也是对古老传说的一种重现。
更简单地说，特洛伊木马一般是用木头做的，所以它早就腐烂了。这匹“马”让考古学家捉摸不透的同时也让历史学家感到好奇。因此，这匹“马”目前还必须保持神秘。
但《伊利亚特》《奥德赛》《埃涅阿斯纪》和《史诗集成》（Epic Cycle）
的爱好者有一个重要的疑问：这些故事真的发生过吗？
公元前675年的米克诺斯（Mykonos）花瓶是最早描绘“特洛伊木马”的物品，在此花瓶内发现了人骨。