洱海首次暴发蓝藻
果然，孔海南担心的事情发生了。
1996年9月，孔海南收到时任大理州城乡建设环境保护局局长尚榆民的来信。尚局长在信中求助，洱海暴发大面积蓝藻，这是以前从来没发生过的事情。
孔海南接到求助信后，心急如焚。洱海这么美丽的湖泊，他一直引以为豪的清澈湖泊，怎么也会发生藻华呢？他急忙办好签证手续，以国际湖泊环境委员会的专家身份，从日本筑波赶去洱海。
可是，等孔海南赶到时，洱海的藻华已经退去，只在湖岸边、岛礁边留下一些痕迹。
洱海是Ⅱ类水质，按理说，不会暴发藻华的。但是千真万确，很多湖湾从天蓝色变成淡黄色，再变成烧香灰的颜色。老百姓叫它“香灰水”。站在湖边，闻得到一股六六六粉的味道。打上来的鱼、厨房水龙头出来的自来水，都有一股难闻的味道。Ⅱ类水突然变成劣Ⅴ类水！这引起了老百姓很大的恐慌。
藻华的味道，孔海南一点也不陌生。他还记得，被污染的滇池湖面上，漂浮着一层藻华，散发着浓烈的腥臭味。对于环保人来说，那简直是噩梦一样的场景。
藻华，是孔海南在湖泊治理中经常交锋的对手，它是由“水体富营养化”造成的。在相对平衡的湖泊水生态环境中，藻类处于正常生态链的一环，本不具有危害性。但当湖泊的水生态环境平衡被人类活动破坏之后，水体中氮、磷等营养物质含量过多，藻类就容易过度繁殖，以浮游植物、藻类、有机碎屑为食物的原生动物、浮游动物也迅速繁殖，于是水体透明度越来越低，阳光照不进深水，造成像海菜花这样的沉水植物难以进行光合作用，进而死亡、腐烂，沉入湖底变成淤泥。受高温天气与强烈光照刺激，蓝藻就突然暴发了。这就是水体富营养化及其危害的表现之一。
20世纪80年代初，尚榆民（左三）和他的同事在调研水域的途中
部分藻细胞有气囊，早上太阳出来，气囊充气浮上湖面，湖面上漂着一层密密的藻华，晚上活着的藻细胞重新沉入水中。
洱海是高原湖泊，与平原湖泊相比更经不起藻华污染。高原湖泊的湖盆封闭，水体交换性比平原湖泊弱，污染防治难度更加大。一滴水流入洱海，理论上要六到七年之后才会从洱海流出，进入澜沧江。与滇池一山之隔的深水湖泊抚仙湖，一滴水流进去，大概一百年后才流出来。而且，云贵高原气候温暖，光照强度大，入湖的氮、磷等营养物质更容易导致藻华暴发。
由于水生态环境的复杂变化，藻华的发生没有明显规律的特征。尚榆民说：“奇怪的是，到了10月26日，藻华突然没有了，全部消失，沉到水底了。洱海的一湖灰浆水又变成天蓝色清澈好水，从老百姓到州委书记、州长，都欢天喜地，开心得像是在过节。往常，每个人天天吃着干净的水，以为水应该就是干净的嘛。可是，水源一旦被污染了，味道难闻了，才知道干净的水是大自然送给人类的珍贵礼物，要珍惜，要珍惜！”
思索片刻后，孔海南说：“我去洱海上看看吧。”
孔海南借了一艘船驶向洱海中央，想看看这里的沉水植物。孔海南曾在日本北海道的阿寒湖看过沉水植物，但由于当地的环保要求极为严格，只能在岸上用望远镜观测湖面。这一次，他得以近距离观察洱海湖底的“森林”。
船来到了洱海的湖心。孔海南往湖底望去，看见了令他一生难忘的场景。
湖水真清澈啊！水面之下生长着绵延十几平方公里的植物群落。这些由沉水植物组成的水下森林，叶子漂浮在水面之下，根扎在十多米深的水底。从清晰到模糊，再到看不见，有一种神秘感。这里的沉水植物密度很高，一部分在阳光的照射中舒展开来，随着水流摇摆飘荡，另一部分互相掩映着，时不时吐出一串串气泡——那是沉水植物在呼吸。在阳光照耀下，沉水植物吸进二氧化碳，吐出新鲜氧气，让水面出现一个个泡泡。
与这“湖底森林”相对的，是碧蓝如洗的天色。这水天一色的场景让孔海南一时有些恍惚，分不清他是在水面之上，还是水面之下，是庄周梦蝶，还是蝶梦庄周。他甚至感觉自己正在变成一株沉水植物，吐着水泡，像一名守卫洱海的战士。
孔海南看到了洱海的沉水植物群落，然而，最美丽娇艳的沉水植物海菜花，却一株也没有看到。洱海的蓝藻目前是轻度暴发的状态，处于富营养化的早期阶段，或者说是中营养化向富营养化的过渡阶段。
1996年，孔海南第一次到洱海现场考察
1996年，孔海南在洱海考察时拍摄的照片
在研究洱海的过程中，孔海南知道在尚未暴发蓝藻之前，洱海的景色更为美丽迷人：洱海中心的深水里，湖底密密生长着绿色的沉水植物；洱海岸边的浅水里，长满了白色的海菜花。在20世纪70年代，洱海的沉水植物群落面积不是他所看到的十几平方公里，而是一百余平方公里，数量之多，为国内湖泊所罕见。
孔海南：大型或超大型湖泊10%的面积暴发蓝藻是轻度暴发，20%的面积暴发蓝藻是中度暴发，40%的面积暴发蓝藻是重度暴发。
湖心，是沉水植物最密集的区域。沉水植物是鱼儿最喜欢的育儿巢穴，又是鱼、虾、贝喜欢的食物。沉水植物还能净化水质，维护着湖泊水域的生态平衡。除了沉水植物，洱海里还有浮叶植物、挺水植物、漂浮植物，组成洱海水生植物群落的良好生态。以前，苍山脚下的洱海西岸，有着绵长、洁白的沙滩带。游人漫步在此，恍若在大海边。这样极致美丽的景色，将来能重现吗？
根据在水中生活的不同方式，可将水生植物分为四类：
挺水植物的根附在水底，茎与叶都伸出水面；浮叶植物的根附着在水底，叶片浮在水面上；漂浮植物的植株浮在水面上；沉水植物的全部或大部分植株都在水中。
直到天黑，孔海南才恋恋不舍从船上下来。
洱海的沉水植物（赵建诚 摄）
尚榆民告诉孔海南，这一轮蓝藻暴发的人为原因应该是网箱养鱼。投饵式网箱养鱼对水域环境的污染很严重，根据测算，养殖1吨鱼，带来的污染相当于大约20只肥猪的粪便流进水里。有些渔民还用钉耙去捞取沉水植物，投进网箱喂鱼，一搅动湖底淤泥，就使沉积在泥中的氮、磷等营养物质释放出来，给蓝藻暴发提供了机会。扔进湖里的沉水植物只有一小部分被鱼吃掉，大部分烂在水里，沉入水底，这更是雪上加霜。机动渔船还会带来“跑、冒、滴、漏”的柴油污染。大理州委州政府十分重视这次藻华发生的情况，研究后，决定将洱海中一万余个养鱼网箱全部清除，并拆除渔船柴油发动机两千余个，以缓解洱海的环境污染压力。
孔海南认同尚榆民的推测。蓝藻暴发时，密布的藻华就像浓稠的浆糊遮在水面上，阻碍光能和空气进入水体。水面之下，腐烂的沉水植物分解时，也在消耗水中的溶解氧。这样，湖底会严重缺氧，危及在湖底生存的底栖动物。
1996年洱海暴发螺旋鱼腥藻，造成生活在洱海湖底的底栖动物河蚌、螺蛳，因缺氧而大规模死亡。洱海的生物中仅螺蛳属就有6个种类被相关机构评为濒危物种。
孔海南说：“研究湖泊生态环境到现在，我知道，藻华暴发就像地震一样，无法预报，只能观测。一般来说，蓝藻是先从小小的湖湾里开始聚集，从小湖湾聚集到大面积暴发，有一个时间差。在显微镜下可以看到，一个小小的烧杯里，蓝藻分为衰老态、正常态、新生态。如果新生态占主要比例，那就是要暴发的前兆；如果优势种比如螺旋鱼腥藻的比例大幅增加，那也是暴发的前兆。”
洱海是流域内几十万人的饮用水源，藻华的暴发实在令人担心。作为一个水生态环境学者，孔海南为了许多湖泊四处奔忙。在洱海上看到“水下森林”美景的那一刻，他只想倾其所学，守护美丽的洱海。
然而，洱海的情况并非孤例。