二 方法论原则和行为守则
笛卡尔在《谈谈方法》一书中为自己确立了方法论原则和行为守则。方法论原则有四条：
第一条是：决不把任何我没有明确地认识其为真的东西当作真的加以接受，也就是说小心避免仓促的判断和偏见，只把那些十分清楚明白地呈现在我的心智之前，使我根本无法怀疑的东西放进我的判断之中。
第二条是：把我所考察的每一个难题，都尽可能地分成细小的部分，直到可以而且适于加以圆满解决的程度为止。
第三条是：按照次序引导我的思想，以便从最简单、最容易认识的对象开始，一点一点逐步上升到对复杂的对象的认识，即使是那些彼此之间并没有自然的先后次序的对象，我也给它们设定一个次序。
最后一条是：把一切情形尽量完全地列举出来，尽量普遍地加以审视，使我确信毫无遗漏。2
这四条规则是笛卡尔方法论的简练表达，如果我们将它们与《指导心灵的规则》中所表述的方法论规则联系起来看，就更能看出它们的精神实质。
第一条原则包含了笛卡尔普遍怀疑的方法、理性直观方法和唯理论的真理标准。
普遍怀疑的方法是笛卡尔的第一个方法。笛卡尔认为，“科学，从整体上讲是真的和确切的认识”3，也就是说科学是具有确实性的知识。要想得到确实的知识，就有必要进行一次普遍的怀疑。他觉得，他自幼年开始就把一大堆错误的见解当作真的接受下来，这些知识以及据此形成的一切见解都是靠不住的、非常可疑的，学校的教育只能加重他的烦闷，求学除了觉得越来越无知外，没有什么其他的进步。笛卡尔认为，应该“认真地、自由地来对我的全部旧见解进行一次总的清算”，“如果我想要在科学上建立起某种坚定可靠、经久不变的东西的话，我就非在我有生之日认真地把我历来信以为真的一些见解统统消除出去，再从根本上重新开始不可”4。
笛卡尔的普遍怀疑不同于怀疑论者以怀疑为目的而走向虚无主义，而是方法论上的怀疑，怀疑是为了发现真理，得到确实的知识。他对这种普遍怀疑做了两个形象的比喻。一是把它比作建造大厦，为了找到坚实的基础，先把“浮土和沙子排除掉，以便找出岩石和黏土来。……正如在拆除旧房屋时通常总把拆下的材料保存起来，以便用它来建造一座新的房屋”5；一是把它比作挑选烂苹果，如果一个人有一筐苹果，害怕其中有些坏了，想把它们拿出来，以免弄坏其他的苹果，他只能是把一筐苹果全部倒出来，一个一个地检查一遍，把没烂的重新装回去，把烂了的扔掉。同样，有些人从来没有很好地研究过哲学，
他们在头脑中保留着从早年就开始积累的各种各样的看法，当他们很有道理地确信这些看法的大多数不符合真理时，他们便试图把一些看法同另一些看法区别开来。因为他们害怕把这两类看法混淆在一起会使得全部看法不可靠，为了不犯错误，岂不最好还是一下子把它们全部抛掉，不管它们当中哪些是真理，哪些是谬误，而后再对它们逐一加以研究，只保留其中那些被认为是真理的和无可怀疑的东西。6
那么，哪些东西是最为值得怀疑的呢？笛卡尔认为，普遍怀疑要从怀疑全部旧见解所根据的那些原则下手。首先，感官感觉的东西是值得怀疑的，因为它们常是骗人的。另外我无法将醒与梦区别开来，我常常认为是坐在桌子前看书，其实是一丝不挂地躺在床上。第二，物理科学和数学的确实性也是值得怀疑的。物理学、天文学、医学等是考察组合物的科学，在这些组合中会产生许多不确实的东西，所以它们是极其可疑的。而算术和几何学虽从本性上讲是讨论极简单、极一般的东西，而不考察自然中有没有这些东西，似乎是无可怀疑的，如2＋3＝5、正方形有四条边等都是一些明白的真理，但我们也会常常犯错误，常常受到上帝的欺骗。第三，为了寻求一个科学真理，我们暂时假设上帝是骗子，“神不是至善和真理的源泉，而是某种恶魔，它有无限的威力和欺骗性，他施展一切手段来欺骗我们”7。天地万物，山川河流，一切外部事物也许都不存在，它们都是上帝用来欺骗我们的幻觉和梦想，一切物质性的存在都是值得怀疑的，我没有手、没有眼、没有肉体、没有血液、没有任何感官，而上帝却使我错误地认为我拥有这一切，其实它们都是值得怀疑的。唯一不能怀疑的东西只能是正在进行这种怀疑的“我”的存在，我在怀疑所以我必须存在，怀疑的我不是物质性的我，而只是思想的我，精神性的我。怀疑是一种思想活动，“我思故我在”（Cogito, ergo sum），这是唯一不能怀疑的第一原理，这是笛卡尔通过普遍怀疑之后找到的一个立足点。
“我思故我在”是笛卡尔得到的第一个，也是最为确实的真理，它的确实性来自理性的直观。理性的直观是笛卡尔方法论的核心。在笛卡尔的时代，数学是最为确实的一门科学，笛卡尔企图从数学中借取方法，从最简单、无可怀疑的东西出发，经过合理的推演，而得出全部知识。直观，是一种精神洞察力，它来自理性，是纯净和专注的心灵迅速、清楚地给予我们的概念，使我们对于我们所理解的东西用不着怀疑。笛卡尔的直观不是感性直观，而是理性的直观，即理性对真的事实、原理的直接认识。直观和演绎是理性的既有区别而又相互联系的两种方法，它们是获得知识的最可靠的途径。直观的特点是：第一，对象是同时地（而不是相继地）、整个地、直接地被理解和把握；第二，它所获得的认识最为清楚明白；第三，直观提供第一原则。演绎虽然能够提供正确的认识，但是，第一，在演绎中有某种连续的过程和运动；第二，演绎并没有直观所拥有的那种直接呈现出来的特性，它的确实性是记忆赋予它的；第三，演绎可以提供远离对象的结论。演绎是以直观为基础的，推理链条的每一个环节都应该是直观。直观是一种直接的认识，而演绎是一种间接的认识。许多事物虽然不能通过直观认识到，却可以通过心灵的持续、不间断的活动从真实的、自明的原则推演出来。“除了那些自明的直观和必然的推演，人类没有直接通向确实知识的道路。”8 直观就是要找到最简单、无可怀疑、无须辩护的人类知识元素，发现最简单、最可靠的观念或原理，然后对它们进行演绎推理，导出全部确实可靠的知识。
笛卡尔从普遍怀疑和理性直观引出了他的理性主义的真理标准：“凡是我们领会得十分清楚、十分分明的东西都是真实的。”9 那么怎样才算清楚分明呢？笛卡尔说：
所谓清楚，我是说它出现或显现于那个注视的精神，如同我们说清楚地看见了对象，当对象以相当大的力量展现于眼前时，眼睛才能看见它们。所谓分明，是说它是如此地精确并且和其他一切对象完全不同，在它之中所包含的东西都明晰地展现于那个本来考虑它的精神。10
也就是说，只有直观的东西才是清楚分明的。“我思故我在”是经过普遍怀疑之后得到的第一个直观，因而是无可怀疑的真理，真理的标准正是从直观认识的这种无可怀疑的正确性中引出的一条总则。在这里，笛卡尔以理性心灵的清楚分明为真理标准，是从主体意识出发，以我心中的是非为是非，反对将宗教和权威作为区别是非的标准，因而它是与神学权威和教条主义相对立的。
第二条原则概括了分析的方法。所谓分析就是将那些复杂的对象或命题逐步地变成更简单的对象或命题，直至找到最简单的事实或命题，从个别走向一般、从具体走向抽象。这个过程是通过对具体事物的分割来进行的。那么何谓简单的呢？笛卡尔说：“我们将只是把对它们的认识是如此清楚和如此明晰，以至于它们不能被心灵分析成为更为清晰地被认识的东西，叫作简单的。”11 有哪些简单事物呢？笛卡尔认为，我们的理智叫作简单的事物有三种：或是纯粹理智的，或是纯粹物质的，或是纯粹理智和物质共同的东西。第一种有认识、怀疑、无知、意识等；第二种有形象、广延、运动等；第三种有存在、同一、绵延等。它们都是简单性质（simple nature），是就其本身被认识的，完全摆脱了错误，对这些简单性质的认识是依赖于直观的。我们的认识不能超出这些简单性质的范围，我们的认识或是简单性质，或是简单性质的混合物或复合物。找到了最简单的东西既是分析过程的完结，又是后面认识的起点。
第三条原则概括的是综合方法。该方法要求把全部事物看作一个从绝对到相对、从简单到复杂，相互依赖、相互联系、层层隶属的有顺序的系列。认识“从对所有绝对简单的命题的直观理解出发，以精确相似的步骤力求上升到全部其他事物的知识”12。全部事实应该以某种系列来排列，这种系列不是事物本身存在的系列，而是我们去认识它的系列、方法上的系列。所以综合就是按照一定的顺序，使我们的认识从最简单、最容易理解的对象开始，逐步上升到最复杂对象的知识。
第四条原则概括的是完全列举或归纳方法。在笛卡尔看来归纳是对直观的补充，当我们对某个事物的知识不能运用直观的时候，就只能用归纳了。笛卡尔的归纳不同于培根的归纳，它不是从个别上升到一般，而是列举，列举出与问题有关的全部事实和详细目录，非常全面、精确，无一遗漏，同时列举还应该准确和有顺序。通过有顺序的完全列举得出的结论，尽管没有直观那么可靠，但仍不乏确定性，得出的结论是可靠的。
从以上几条方法论原则看来，笛卡尔的方法是典型的理性主义的方法，精神直观在他的方法中占有极其重要的地位，把直观的清楚分明作为真理的标准，归纳只是处于从属地位的补充方法。笛卡尔认为传统的三段论不能帮助我们发现真理，用这种公式收集不到什么新的东西，“它唯一可能的作用就是用来偶尔向其他人更容易地解释我们已经发现了的真理”，它“用来向其他人解释某人已经知道的东西比用来知道新的东西更好”。13 他所推崇的是数学中从简单明了的直观公理出发的推理链条。同时，笛卡尔认为，哲学是关于智慧的学问，而各门科学和智慧是同一的，因而哲学和科学在本质上应该是一致的，那么方法也应该是共同的。他反对亚里士多德的各门科学因对象不同而方法各异的思想，而认为方法应该是一而不是多，既适用于各门科学也适用于哲学，所以笛卡尔的方法是一般科学方法论。
笛卡尔不仅给自己确立了方法论原则，同时还给自己设立了行为守则，因为要进行一项伟大的科学事业，不仅要确立科学研究的方法，而且由于科学家还是一个社会中的人，他只有遵循一些共同的社会规范，免于各种社会纷争和骚扰，他才能有足够的精力去进行他的工作。所以笛卡尔为自己确立了下列行为规条：
第一项是：服从我国的法律和习惯，笃守上帝恩赐我从小就领受到的宗教信仰，并且在其他一切事情上，遵照那些最合乎中道、离开极端最远、为一般最明哲的、我应当在一起相处的人在实践上共同接受的意见，来规范自己。……
我的第二项规条是：在行动上要尽可能做到最坚决、最果断，当我一旦决定采取某些意见之后，即便这些意见极为可疑，我也始终加以遵守，就像它们是非常可靠的意见一样。……
我的第三项规条是：始终只求克服自己，不求克服命运，只求改变自己的欲望，不求改变世界的秩序，一般地说，就是养成一种习惯，相信除了我们的思想之外，没有一件东西完全在我的能力范围之内，这样，我对在我们以外的事物尽力而为之后，凡是我们不能做到的事，对于我们来说，就是绝对不可能的了。……14
笛卡尔处世规条的实质是保持中允，明哲保身，屈服命运，逃避现实。然而社会的现实总是不放过他，他试图逃避人世纷争，而纷争却总缠绕着他。在笛卡尔认为和平自由的国度荷兰，1643年、1647年笛卡尔分别与乌特勒支（Utrecht）大学、莱顿大学的教授和神学家们展开了激烈的争论，刀戈相见，甚至不得不通过外交途径来干预调停。就是那个他虔诚地信仰的天主教会，也把他当作异教徒和无神论者加以攻击。1663年梵蒂冈将笛卡尔的全部著作定为有罪的，列为禁书。1671年法国国王路易十四命令在法国学校中禁止讲授笛卡尔的哲学。