二、遵循“内证为主”的基本原则
从清代就发展起来的考据学，到了二十世纪，由微观的个体考证发展为宏观的系统考辨。这种考辨必须经过“发疑—取证—推论”的过程才能得出结论，而结论的正确与否很大程度上要依靠证据的可信程度。上古音的研究在取证上一直遵循“内证为主”的基本原则。
与论证的主体同时代、同类别的事实证据，就是“内证”，这些材料是保留在古代文献和韵书中的。音韵学的内证材料包括：
（一）古代韵文。谁都知道，科学意义上的上古音韵部的研究是从《诗经》韵脚的系联开始的，但韵文材料在反映上古音韵部关系上数量不足。首先，先秦十三经不重复的单字将近6000个，至于魏晋，《昭明文选》的用字将近万字，而《诗经》入韵字只有1850个注6，据此不能确定其他几千个字的音读。其次，有些入韵字出现的次数少，与之押韵的字也少。例如，在《诗经》中，“包、诱”只在《召南·野有死麕》一章中各出现一次，除二字相押外，不再与第三个字押韵；“条、聊”二字，各出现两次，但两次都仅仅是这两字相押（《唐风·椒聊》一、二章）；……遇到此类情况，系联必然中断。所以，必须补充其他韵文材料，《易经》《尚书》《左传》《楚辞》《老子》《管子》《庄子》《韩非子》《吕氏春秋》等典籍中的部分韵文，在一定程度上补充了《诗经》韵脚的不足。
（二）汉字的谐声偏旁。汉字的谐声偏旁弥补了韵文材料的不足。吴棫的《韵补》已经注意到利用谐声考求古音，顾炎武大量考证谐声材料，段玉裁提出“同声必同部”，作出了规律性的总结。钱大昕在古声母考求上也利用谐声，如“古读馮为憑，本从冰得声”注7，凭字之声符相同而推定其必同韵部、同声母。以谐声推断字的古音，如“麟”字归部的推定，大前提是如下的语音定律：造字时所取声符的韵跟谐声字的韵必定相同；小前提是如下的事实：“麟”与“粼”同从“粦”声；结论是：“麟”与“粼”同部。（《唐风·扬之水》二章“粼、命、人”为韵，在真部。）清代研究上古音的学者，没有不采用谐声来推导、证明古音的。不过，必须明确，谐声时代“声符”相同，却不能直接拿来作研究上古声母的材料，需要经过甄别和整理：第一，时有古今，地有南北，所以同一个声符在先秦两汉的不同的时地可能代表着变化了的不同音值；第二，汉字不是标音文字，汉字的声符是起区别作用的，只是与所谐字近似；第三，声母中同部位的字或同为鼻音的字（明泥疑来等）听起来音感相近，不是在任何情况下都能凭借耳力严格分辨的；第四，汉字在一个很小的两维空间构形，早期的非形声字，时常可以记录不止一个词，是为同形字，所以它在作声符时也常常代表不同的音；第五，较晚时期的形声字，有时是早期古文字中多体象形字的理据重构，并非原初的形声字。这些复杂的现象如不认真分析，就会产生对语音现象的错误解释。
（三）古代文献的字用材料。研究上古音的语音规律，首先要考虑声、韵的类别与声类、韵类的配合关系。上古声母方面的一些主要的语音定律，如古无轻唇音、古无舌上音、娘日归泥、照二归精、照三归端、喻三归匣、喻四归定、古无邪纽等，很多是通过古代文献中的字用材料和直音材料来证明的，诸如异文中的同音借用字、同源通用字，以及声训、读如、读若等。韵部方面的一些主要结论，从顾炎武十部，到王力三十部（战国），俞敏三十二部等，也都用先秦两汉文献中的假借、直音和读若等材料来作为辅助的证据。
内证为主的原则，要贯穿到语言比较、对音等研究方法中。如果我们想从与其他语言的比较中找出上古语音的状态，首先要把从上古文献材料中归纳、整理、验证过的语音系统描写出来，一切比较和构拟如果不能符合形音义全面的事实，就难以成为结论，甚至不能成为科学的假说。这就是“内证为主”的基本原则。内证为主，外证为辅，不仅仅是音韵学的原则，而且是一切科学研究必须遵从的最起码的原则。
内证为主，在亲属语言比较中，就是先要系联上古汉语内部的同源词，再系联所谓的亲属语言内部的同源词，然后对两方面的同源系列进行声音和词源意义的全面比较。仅仅从个体词的语音相似来确定同源，难免会产生附会，是有一定危险性的。例如：有人根据上古汉语与藏语的“米”声母都是唇音而断定它们是同源词，他们忽略了，汉语的“米”与“迷、谜、眯”等词同源，词源意义为“细小、隐”，而古代藏语的“米”与“结籽”相连，它们在各自的语言里属于不同的词族，也就有着不同的词源意义。把词汇意义的对译当成词源意义进行词源比较，难免会产生借词与同源词混淆的问题。再如：有人把汉语的“含”与藏语的“含食”比较，又把上古汉语的“念”与藏语的“思想”比较，也忽略了上古汉语“含、念”等是同源词，其共同的词源意义“隐于内”，不应当按照词汇意义分别进行比较。正是因为没有对上古汉语同源词进行系联而仅仅进行单个字的比较，很多比较带有随意性，同一个词会得出不同的结论。遵循以内证为主，外证为辅的原则来进行亲属语言比较，应当先各自进行内部的系统研究，各自形成系统后，如果有可比性，再进行相互的比较。如前所说，章太炎在《成均图》里从音理上厘定了二十三部的关系，同时又有《文始》之作；王力先生在前人古韵学的基础上，创建了科学的音系研究方法，同时又有《同源字典》之作。他们都首先在上古汉语语音与词汇的关系上下功夫，在上古汉语音系与同源系列互证的事实上下功夫。
在历史比较语言学里，有一个构拟出的“始源语”概念：
“始源语”又称母语、基础语。历史比较语言学用语，指一个语系中最古老、最原始的语言，作为这一语系各个成员的共同始源，其他语言都是由它繁衍出来的。例如，汉藏语系的始源语是原始汉藏语，印欧语系的始源语是原始印欧语。始源语已不复存在，它是运用历史比较法根据同一语系诸语言中已经证实的形式构拟出来的，所以只是一种假设的语言模式。注8
如果我们将其他语言的语言形式认定为汉语虚拟的始源语，而放弃汉语内部由同族词系联得到的实际读音形式，这种方法的可信度究竟有多少呢？坚持内证为主的原则，不是不可以采用历史比较的方法，只是要把汉语自身的上古音形式当成主证，而把与其他语言比较得到的语音形式当成旁证。当二者发生差异时，要慎用虚拟的外证，避免把其他语言的状态强加给汉语。
利用现代方言上推古音时，要考虑方言的地域差异与古今差异经过数千年的历程，分化与融合共存，发展多途，演变多向；从音类上追溯语音演变扩散的层次不可简单化，验证古音的音值更需谨慎。
各地方音比通语更有存古性，由此，清代以来的古音学家都不同程度地利用当时的方音来研究古音。除了传世文献中的方音材料，近现代被用来研究上古音的还有现代方音。二十世纪二三十年代开始，受西方语音学影响，一些学者拟测中古音韵母音值的主要根据不但有现代汉语各地区的方言，还有汉音、吴音、高丽音、安南音等。这些材料中的方音信息，可据以考古音，但需要注意的是这些材料在多大程度上反映古音音值，不同方音之间，哪一种方音的哪一种成分更接近古音的真实，这需要具有科学的语音历史演变的观点、具体材料具体分析的方法、综合比较各种材料的能力。
高本汉用现代方言材料构拟中古汉语语音，其《中国音韵学研究》第四卷《方言字汇》利用了26种方言，其中包括22种现代方言和“高丽”“汉音”“吴音”“安南”4种域外方言。他首先构拟了中古汉语的语音体系，又在此基础上利用《诗经》等古代韵文，构拟出上古音系统（三十五部，含独立的去声韵）。注9高本汉的构拟，当时和后来的人都有不同意见。如，高本汉据高丽译音，认为四等有介音。这个意见值得商榷。因为反切一、二、四等为一类，三等为一类（舌齿音二、三等为一类），四等与一等具有一致性，一等没有介音，四等也就不可能有介音。又如，《广韵》有开合同韵和开合分韵的做法，高本汉根据现代的一些方言和蟹摄的安南译音，提出合口介音分两种：u和w。这遭到普遍的批评。因为《广韵》中开合分韵的，有的在《切韵》中本来并不分。陆志韦说：
二三四等的合口，高氏一概作w，惟独文韵系作u，而真韵系的w跟谆韵系的u居然并驾并驱。那都是陋点。《切韵》并不分真谆（就说《广韵》吧，谆韵系也并非没收有开口字。两个合口可以强作分别，两个开口怎么办呢？）。 注10
诸如此类的意见还有很多。高本汉运用西方语言学的原则和方法来研究汉语音韵，方法上是比较现代化的，而不少结论受到怀疑，其原因是汉语的方言之间的关系与印欧语系各语言之间的关系并不一样，前者要比后者复杂。从《切韵》到现代方言，是不是都有直接的对应？中间又有几个阶段？各阶段中孰与孰对应？从上古音到《切韵》，是不是直接的相承与对应？上古音是不是一个包含着方音和历时音变的复杂体系？再往前点说，上古音是不是一个理想的来源于同一母语的体系？这其中哪一个问题没有解决，都可能影响到由现代方言上推上古音的结论。
对音的方法是要利用拼音的外语与汉语的对译材料，将外语已经分析了的语音结构移植到汉语这种音节文字上来。这是研究上古音韵，特别是分析每一个音节的内部结构的很好的办法。但是，运用这种方法，要考虑到音系不同，两种语言对译中具有不切合性，这种不切合性表现在：不同的语言之间，由于音系不同，此语言中的某些音，在彼语言中没有相同的音来对应，只能用相近的音去代表。如，梵文与汉语的对音就不是十分精确。周法高说：
我们知道：早期的梵文译音，除了用知、彻、澄母对译梵文的ṭ，ṭh，ḍ，ḍh外，还可以用来母字对译它们。这究竟是什么缘故呢？原来梵文的ṭ等，相当于国际音标的等，在汉语里没有这一类的音，于是除了借用知系字外，有时还借用来母字。注11
又如，俞敏先生在进行梵汉对音后发现“汉末的汉话没有c组塞擦音”，证据是当时对译c组的汉字杂乱。如，对译c的有照组的“周、舟、旃、招、遮、瞻、震、支、真”，还有“坻”（定）、“作、甾”（精）、“沙”（心）、“懿”（影）、“檐、阎”（喻）。注12即，汉末对译梵语的c的字，除了照三，还有定纽、精纽、心纽、影纽和喻纽的字。这说明两种语言的音系不同，一些音的对译无法完全准确，只能是相近的。如果没有内证为主的原则，这些例外的情况发现不了，结论就容易错误。