根据核酸和蛋白质等生物大分子进化速率的相对恒定性，以及这些生物大分子功能的约束性与进化速率之间的负相关关系，分子进化的中性理论（neutral theory of molecular evolution）于1968年首次由木村资生提出，后被金和朱克斯等进行了进一步的补充。其主要观点如下：①在进化中大多数突变是中性或近中性突变（即不影响分子结构和功能的突变，携带中性或近中性突变并不影响个体的适应值），突变造成的效果是微效有利或微效有害，自然选择对它们不起作用；②生物的进化性变化或者种内变异主要是中性突变在自然群体中进行的随机的“遗传漂变”的结果，而与自然选择无关；③生物的进化速率由中性突变速率决定，它与生物世代时间长短无关，只取决于进化的绝对时间。

中性学说揭示了基因和蛋白质等生物大分子进化的基本规律，为生物和进化学家提供了解释生物分子进化的理论依据。中性学说强调突变和遗传漂变在分子进化中的作用，它一方面承认自然选择在表型进化中的作用，另一方面又强调分子水平上进化现象的特殊性。如果突变会导致基因或者蛋白质的结构和功能甚至于表型发生改变，那这个基因仍然是受到自然选择作用的。