进化是生命的一个重要过程。自1895年达尔文在《物种起源》中首次提出进化论的观点以来，进化学家一直在探究生物进化的规律。早期的生物进化研究主要依靠生物的生理、生化、形态结构等表型特征，以及少量的化石资料，并获得了一定的成果。但由于表型特征和资料的限制，以及随着亲缘关系越来越远，表型差异也越来越大等原因，容易造成利用这些数据推断的生物进化关系不够准确。随着分子遗传学和分子生物学的兴起和发展，利用蛋白质和核酸等生物大分子的序列信息进行分子进化分析逐渐成为生物进化研究的重点。近年来随着高通量测序技术的迅猛发展以及测序成本的不断下降，进化学家开始在基因组水平上探究生物的分子进化规律，并取得了很好的成果。