21世纪生命科学的快速发展，为分子流行病研究疾病病因，揭开暴露与疾病之间的“黑匣子”之谜，在生物学层面提供了更多的指标和检测内容。无论是近年来新发病毒疫苗的研发，如寨卡病毒、埃博拉病毒，还是慢性传染病的监测，包括艾滋病（获得性免疫缺陷综合征）、乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎、肺结核、血吸虫病、梅毒等，无一不凸显出免疫在疾病预防与治疗中的重要作用。

免疫（immunity）是机体防御病原微生物感染入侵、抵抗疾病的能力。在长期进化中，哺乳动物形成了免疫系统（immune system），人体也不例外。免疫系统发挥功能主要是通过固有（天然）免疫应答和获得（适应）性免疫应答两种方式，识别和清除外源物质。当机体受到病原微生物入侵时，在机体的免疫反应过程中，会产生某些以特定免疫细胞或免疫分子为主的标志物，即免疫标志物（immune markers），参与机体免疫系统的保护、调节和病理过程。这种直接的生物学相关有助于我们通过测定免疫标志物寻找疾病病因与流行因素，了解疾病发生发展中宿主损伤和应答的机制。