在分子流行病学研究中，经常要判定某些生物体的变异规律，判断不同生物群体或个体间的遗传关系，有时需要对生物体进行准确适当的分型和分类，以确定这些生物体与疾病发生、传播和流行之间的关系，最终制定防治措施。对生物体的分型和分类，除传统的根据表型特征分型和分类外，分子生物学方法得到了广泛的应用，特别是在序列分析、大数据和组学方面。后者具有显著的优点：生物体的基因水平特征相对稳定，不易受环境因素影响；特异性和灵敏性高，稳定性好，检测所需标本量少等，因此使用分子生物学的分类和分型更为明确。下面介绍一些分子流行病学中常用的分子生物学方法。