关于本书的具体编排设计，有以下几点说明：

1.以命题的形式阐述理论体系。命题几乎都辑自传世本《灵枢》《素问》，兼及汉代《难经》《伤寒论》，以及保存于《脉经》《备急千金要方》《千金翼方》中的汉以前医论佚文。命题下间附“推论”，实与“命题”性质相同，其内容或隐含于《黄帝内经》等经典中，但没有以命题形式表达；或不见于经典，乃笔者从公理或已经证明的命题中推导而出。

2.关于命题的“证明”。同类命题采用集中论证和解读的方式，在满足严谨性的前提下提升可读性。

3.为方便引用，命题及正文所引经文按如下体例处理：第一，命题编号，同一章出现的命题皆连续编号，采用两级编码，第1个数字代表章节号，第2个数字表示命题的序号，例如“命题1-1”表示第1章的第1个命题；第二，如同一命题在不同章节重复出现时仍标注其首次出现时的原编号；第三，同一或同类命题从不同角度表述者，则酌情分别列出，单独编号，如此处理，一是因为这些命题多为《黄帝内经》作者认为重要的命题，从不同角度阐述可提示其重要性，二是避免笔者在多选一时难免的主观性；第四，凡出自《灵枢》《素问》的命题皆以简略形式注明原文出处：以字母L表示《灵枢》，S表示《素问》，以阿拉伯数字表示篇数，例如《九针十二原》标作L1；第五，正文引《素问》《灵枢》经文只标篇名，不出书名。所引《素问》《灵枢》均据人民卫生出版社1979年排印本；凡可确认的底本中错字，用圆括号“（）”标出正字；脱字补齐并外加方括号“［］”；衍文则字外添加方框“□”。

4.各章首“术语”有两点说明：第一，所述多为今人未解和误解的概念，众所周知且理解无误的术语多从略；第二，术语的定义和解释限定于本书讨论的范围，而不似辞书那样面面俱到包罗术语千百年流变的所有义项。

5.关于刺灸处的表述，本书统一规定：刺灸处的统称曰“输穴”，有固定位置和名称的刺灸处曰“经俞”，无固定位置的刺灸处曰“奇俞”，脉输统一作“输”字。除特别强调，不用后出的“腧”表达刺灸处的统称。

6.全书第2~6章呈现的是针灸学理论框架，在章节编排上尽可能按照针灸学理论从原点出发实际延伸的路径阐述，以体现出理论构建中内在的逻辑力量。为更清晰更自然地展现这一点，全书特设“要略”一章，力求对整个针灸学理论体系形成及构成以总览式的整体呈现，并以附录的形式汇集全书中出现的所有命题和推论，可视为全书的一个大摘要。建议非针灸专业读者，第一次读笔者作品的读者，以及没有时间从容阅读全书的读者，可以先读或只读这一章。