1.4.1 图形绘制区的修饰和美化
图形绘制区是指由X、Y轴围成的区域。图形样式(填充和描边)、误差线样式、图例、误差标志等内容都是在这个区域中实现的。在图形绘制区的任意位置双击或者在工具栏的Change选项组中单击图标,即可进入Format Graph界面,如图1-4-3所示,可以进行4个方面的设置:Appearance(外观)、Data Sets on Graph(图形数据集)、Graph Settings(图形设置)、Annotations(注释)。
图1-4-3 Format Graph界面
(1)Appearance(外观):在该选项卡中先选择需要修改的单个图形元件对应的数据集(Data set),如图1-4-4所示,本例(Col:Unpaired t test data)中涉及男性(Col:Unpaired t test data:A:Male)和女性(Col:Unpaired t test data:B:Female)两组数据。在GraphPad Prism9中,软件自带数据会在前面加上表示数据表类型的缩写前缀,比如,本例中的Col:表示Column,即纵列表,而之前的软件版本则没有这个前缀。GraphPad Prism中的数据集命名方式为“数据表名+字母标记+分组名”,由于采用这个命名方式得到的名称比较长,在本书中一般以字母标记来指示数据集,比如,本例中有A、B两列数据或者说有A、B两个数据集,分别对应两个柱状图。如果是单击图形绘制区的空白区域进入Format Graph界面的,要对其中一个柱状图进行修改,则需要先选择对应的数据;如果是直接在需要修改的柱状图(或其他图形)上双击进入Format Graph界面的,则软件会直接选好对应的数据集。
选好对应的数据集之后,再确定单个图形的整体Style(样式):如图1-4-4所示,在Appearance(外观)下拉列表中可以对单个图形(本例为柱状图)样式进行修改,如改成Violin plot(小提琴图)样式;在Plot(画图)下拉列表中可以对外观样式做进一步修改,如该选项默认是Violin plot only(小提琴图),但也可以选择Violin plot.Show all points(显示点的小提琴图)选项。
图1-4-4 Format Graph界面(Appearance选项卡)
选好数据集和整体样式之后,剩下的就是细节修改,不同的整体样式对应的可修改细节有所不同。如图1-4-5所示,若将Plot设置为Violin plot.Show all points(显示点的小提琴图),则可以进行的修饰如下所述。
• Violin plot(小提琴图):可以修改Fill(填色)、Border(边线粗细)、Border color(边线颜色)及Smoothing(小提琴图的平滑度)选项,如果勾选了Fill pattern(图案)复选框,还可以对图案的种类和颜色进行选择。
• Symbols(符号):数据所代表的点的外观修改,包括Color(填充颜色)、Shape(形状)、Placement[放置,可以错开(Staggered)或重叠(Aligned)]、Size(大小)选项,如果设置的符号有边线,还可以设置Border color(边线颜色)和Border thickness(边线粗细)选项。
• Quartiles(四分位线):小提琴图可以被看作核密度图与箱线图的结合,所以还会显示四分位线,在此可以设置上下四分位线的颜色(Color)、线条样式(Pattern)和粗细(Thickness)。
• Median(中位线):可以设置中位线的颜色(Color)、线条样式(Pattern)和粗细(Thickness)。如果带有误差线,还可以对误差线进行误差线朝向(Line and error go)、样式(Style)和长度(Length)的设置。
• Additional options(其他选项):可以设置图形是基于左Y轴还是右Y轴绘制的、是否显示图例(Show legend)以及是否以行名来标记每个点。
图1-4-5 图形样式细节修改
(2)Data Sets on Graph(图形数据集):该选项卡主要用于控制构成单个图形的数据集(Data set)以对单个图形进行修改,包括Add(增加)、Replace(替换)、Remove(移除)及Reorder(排序)等操作,如图1-4-6所示。
图1-4-6 Format Graph界面(Data Sets on Graph选项卡)
图1-4-7依次展示了对本例之前获得的单个图形(柱状图和小提琴图)数据集进行增加、移除、替换、反向及分隔等操作。
图1-4-7 对单个图形数据集的常见操作
此外,选择非顶端的数据集,还可以进行间隔和分割线的设置,如图1-4-8所示。
图1-4-8 间隔和分隔线设置
(3)Graph Settings(图形设置):该选项卡用于对图形整体进行设置。如图1-4-9所示,包括Direction(图形方向)、Baseline(基线)、Dimensions(尺寸,可以设置各图形之间的间距)、Discontinuous axis(不连续坐标轴)、Scatter plot appearance(散点图外观)、Shape of legend key(图例图形形状)等方面的设置。
图1-4-9 Format Graph界面(Graph Settings选项卡)
(4)Annotations(注释):该选项卡主要用于设置数据标签的展示形式。如图1-4-10所示,本例分别在误差线之上、柱形图顶部或柱形图底部展示构成单个图形的数据标签,并且数据标签的形式,如方向、格式、小数位数、字体、颜色等都可以在该选项卡中设置。
图1-4-10 Format Graph界面(Annotations选项卡)
如图1-4-11所示,在单个图形的任意位置右击,在弹出的快捷菜单中也有一些修改命令,主要是用于进行格式设置的快捷操作命令,可以分为以下4类。
图1-4-11 快捷菜单
格式设置类:包括对单个点(Format This Point)、整个数据集(Format Entire Data Set)和所有数据集(Format All Data Sets)的格式进行设置,如填色、描边、填充图案等选项。
数据集操作类:包括从图形中移除数据集(Remove Data Set from Graph)、替换数据集(Replace Data Set)、仅保留该数据集(Keep Only This Data Set)3种操作。
数据集顺序操作类:包括反向数据集顺序(Reverse Data Set Order)、反向图例顺序(Reverse Legends Order)、右移数据集(Move Data Set Right)、左移数据集(Move Data Set Left)4种操作。
更换绘图坐标轴类:选择Plot Data Set On(数据绘图于)命令,然后选择数据绘制在左Y轴还是右Y轴,并对图形所在数据集进行编辑(Edit),进入Format Graph界面。