颌面部缺损的原因有多种，大致可分为先天性和后天性两大类。

颌面部先天性缺损畸形较为常见，其多由遗传、基因突变、妊娠期病毒感染、外胚叶发育障碍等引起。

后天性缺损约占颌面缺损的80%以上，通常由外伤、肿瘤切除等引起，其缺损面积及程度较先天性缺损更为严重。

由外伤引起的颌面部缺损通常面积较大，多为多器官的联合损伤，边缘不整齐，情况远较手术切除遗留的创伤更为复杂，且修复难度也更大。

颌面部肿瘤切除是最常见的颌面部缺损。颌骨肿瘤，鼻部肿瘤，眼、眶部肿瘤及耳颊部肿瘤的切除都会留下颌面部缺损，其中大部分需采用颌面赝复体进行修复。

颌面部肿瘤还可能因放射治疗引起局部的放射性坏死，或因化疗引起局部瘤细胞脱落堵塞血管，引起局部缺血性坏死，造成颌面部缺损。此外，颌面部的一些炎症如走马牙疳、颌骨骨髓炎也可能引起颌面部缺损。