三船山之战
回头说北条方面的形势。永禄七年的第二次国府台之战大胜里见，并在随后的臼井城之战成功击退上杉之后，北条氏自然而然地加强了对里见及其附庸国人领主的军事压力。永禄八年（1565年）二月，北条氏政为讨伐投向里见氏的上总土气城城主酒井胤治、康治父子，率下总臼井城城主原胤贞，以及土气酒井氏的同族、东金城城主酒井胤敏等将，前去攻击土气城。但土气酒井氏毫不屈服，决心抗战，他在该月写给上杉氏重臣河田长亲的书信中这样谈道：“纵使关东诸士悉数通款于氏康、氏政，在下亦要护卫（里见）义尧父子”，并请求上杉谦信再度出阵关东，进攻原氏重臣高城氏的居城下总小金城。针对土气酒井氏的求援，谦信对下野的小山氏下达了关东出阵的指令，要求他们先到上野厩桥等待自己。但是他自己却在越后按兵不动，意图坐观成败，直到四月份才让河田长亲等人先行越山到上野。这时，北条军久围土气城不下，自行退到下总的关宿。于是谦信便暂时中止了越山行动。
与现在通常的认识相悖的是，武田家对于铁炮的发展非常早，也非常重视。根据一级史料《妙法寺记》的记录，早在天文二十四年（1555年）的第二次川中岛之战，武田信玄对阵上杉谦信时，就用上了八百张弓、三百挺铁炮。这个数目在当时已经相当可观了。因此，在永禄七年三月的上野和田城之战中，武田军以铁炮击败上杉谦信，也并不是什么稀罕事。而一直到天正三年（1575年）的长筱之战及前战阶段，武田军仍然配备了不小规模的铁炮参战。长筱合战的前哨战、三河吉田城攻防战，德川方的水野忠重就因为受到武田军铁炮攻击而右肘受伤。（《宽永传》《谱牒余录》《水野胜成觉书》）在鸢巢山砦攻击战中，德川方的本多康重也因为受到武田军铁炮攻击而左腿受伤，弹丸终生不能从身体中取出。（《宽永传》《谱牒余录》）在正式的长筱之战当中，德川家的御用商人茶屋四郎次郎也因为受到武田军铁炮攻击而右脚受伤。（《南纪德川史》）这些情况说明，即便在长筱合战中，武田军自身也持有不少的铁炮，规模也较为可观，并非没有。武田家在长筱合战中因为不重视铁炮而败北，武田家从始至终不重视铁炮发展，这说法是严重错误的，这里需要特别澄清。
但到了当年十一月，谦信为主动应对北条氏的攻势，终于率军越山。永禄九年（1566年）一月，谦信首先迫使下野唐泽山的佐野宗纲（昌纲嫡子）以及常陆小田的小田氏治再次向自己低头，复入上野馆林，准备进攻曾给自己留下屈辱记忆的下总臼井城。在三月下旬，上杉谦信会合下总大名结城晴朝，以结城家臣水谷胜俊为先锋，再次展开了对臼井城的攻略，是为第二次臼井城之战。
有了上一次的失败教训，谦信在发动围困之前，连夜在臼井城对面筑造了一座小城，以便能够长期与其消耗对峙，世称之为“谦信一夜城”。之后谦信对臼井城发动猛烈攻击，从军的足利长尾氏当主长尾景长在写给其领内寺院的书信中称：“（我军）已将臼井之地攻打到本城仅剩了一圈城壕的地步，诸军围住城池，不分昼夜地围攻，城池陷落已为时不久”，显得信心满满、胜券在握。
但是事与愿违，这次北条氏康、氏政父子，以及原氏的本家千叶胤富得知谦信入侵的消息后，第一时间率军赶过来支援臼井城，与上杉谦信展开正面会战，结果谦信再次大败溃走。臼井城内的原胤贞、小金城的高城胤辰不依不饶，继续对上杉败军展开追击，使其遭受极其大的损伤。这第二次臼井城之战，参战的上杉军总数不明，但根据北条氏政感状的记录，北条氏政在战后声称上杉军死伤五千人（《战国遗文·后北条氏编》第九四三号）；另外根据古河公方足利义氏书状的记录，足利义氏在战后也声称上杉军死伤五千人（《战国遗文·后北条氏编》第八九一号），这两则记录或许略有夸大，但从中可以窥见上杉军的死伤状况极为惨重却是不争的事实。此外，《海上年代记》记载上杉军“房州人数战死三百人”。不过，这里的“房州”，仅是指协助上杉军参与了此战的房州众，不是整个上杉联军的死伤数。根据《赠从二位上杉辉虎公记·上》引《浅间文书》的记载，臼井城之战，协助谦信参战的房州众一共五百人，而据《海上年代记》，其一共战死三百人，从中可窥见上杉军的伤亡比例确实相当之高。
如果说永禄七年的第一次臼井城之战、和田城之战的失败，还没有让关东诸豪族对谦信感到灰心丧气，仍然对他抱有一丝希望，那么，永禄九年的第二次臼井城之战的大惨败，使得关东诸豪族对上杉谦信大失所望，彻底灰了心。常陆小田氏、下总结城氏、下野宇都宫氏、下野小山氏、武藏忍成田氏、上野新田由良氏、下野皆川氏、上野小泉富冈氏、上野馆林长尾氏、下总关宿梁田氏、森屋相马氏、上总土气酒井氏等之前依附于谦信的关东豪族，纷纷与其决裂，像墙头草一样，全部投靠了北条。不仅如此，连上杉家重臣上野厩桥城城主北条高广也倒向了北条。这之后的情形更加严峻，随着永禄九年武田信玄攻陷上野箕轮城，永禄十年（1567年）白井长尾、总社长尾的没落，上杉家在关东的势力圈急剧缩水，只剩下武藏羽生城木户氏、桐生佐野氏、下野佐野氏等有限几家。这之后一直到天正二年，上杉谦信在其一生最后的关东出阵中，再度惨败给北条氏政，一连丢失武藏羽生城、下总关宿城等在关东的最后据点，直溃退回越后，只保得和越后相接的上野沼田领，几乎是丢完了整个关东，谦信成了没有关东的“关东管领”。
但是，谦信这一次的行动毕竟牵制了北条氏的主力，从北条氏威胁中解放出来的里见义尧、义弘父子重整旗鼓，发动反攻，成功夺取了西上总的要冲佐贯城。这次军事行动的年月和实情不详，但基本可以推断其正当永禄九年臼井城攻防战期间。这样，北条氏不仅失去了在西上总的战略据点，而东上总投靠北条一方的胜浦正木氏和北条的联系也被切断。北条氏必须再次夺回佐贯城，保持自己在上总的战略优势。在谦信的威胁完全被消除后，永禄十年八月，空出了两手的北条氏政会同岩付太田氏资出阵上总，武藏玉绳的北条纲成也率三浦水军分乘大小船只二百余艘抵达上总。北条军水陆并进，迫近佐贯。里见义弘率军出阵，在佐贯城附近的三船山（现千叶县君津市）和北条军决战。结果北条方大败，氏政在败走之际，命太田氏资为他断后，而岩付太田氏的势力由于氏资的政变，大为衰减，主从仅有五十三骑，被里见义弘的追兵尽数歼灭。
里见氏通过三船山之战的胜利，不仅报了第二次国府台之战的一箭之仇，还再度确立了己方在上总的优势地位。战后，上总土气、东金两城的酒井氏再度归属里见，里见义尧重新将上总久留里城定为居城，让嫡子里见义弘出镇佐贯，牢牢把住了上总的锁纽要害。里见义弘将谦信拥立的古河公方足利藤氏的女儿迎为正妻，在永禄九年足利藤氏死后继续庇护其兄弟，以标榜自己源氏“关东副帅”的政治正当性。在天正三年上杉氏的势力从关东彻底退出之前，里见氏基本保持了他们在安房、上总两国的优势地位。
不久，随着武田信玄图谋骏河，放弃“甲相骏三国同盟”，北条氏的根据地相模、伊豆两国面临着邻国武田氏精兵强将的巨大威胁，不得不向死敌上杉谦信乞求同盟。永禄以来，北条、上杉两大阵营各自拥立关东公方，争夺关东霸权的政治格局为之发生了翻天覆地的剧变。之后，随着中央室町幕府的垮台，以及自己背弃“越相同盟”，谦信失去了对关东诸将的号召力。元龟、天正年间的关东战乱和天文、永禄年间战乱的政治意义也完全不同。从这个层面看，三船山之战可以说是战国前期南关东霸权争夺战的一个结尾。