二、 笛卡尔的方法论
新兴的欧洲资产阶级是以新的科学知识起家的，也只有大力发展科学，它才能壮大发达。它要赚钱，也要伸手拿权。要赚钱就要先有科学知识，没有权就不能赚大钱。没落的贵族统治者当然也要钱，但是他们手里有的是权，用权来抢钱就行了，用不着科学，而且科学会使老百姓脑子灵活起来，不利于他们的统治。他们只要统治，老百姓越愚昧对他们越有利。迷信、宗教、神学、经院哲学是他们的法宝。
新兴的资产阶级首先要解决无知的问题，接着才要求解决无权的问题。在十七世纪，最突出的迫切问题还是前者。英国的培根在十七世纪初首先喊出了“知识就是力量”的口号，这个口号鲜明地表达了时代的精神。他向经院哲学轰击了第一炮。在这个最重要的一点上，笛卡尔是培根的学生和同志。他们是科学家，又不止是一般的实用科学家。他们要求找出科学的总原则，用来推动全部科学的不断发展。他们是思想家、哲学家、新时代的哲学家。他们反对经院哲学，但并不只是指摘它在这一点那一点上错了，也不是笼统地说它一概都错了，而要找出错误的关键所在。因此他们要深入研究认识本身的问题，即认识论问题。这并不是说他们不研究其他方面的哲学问题，而是说他们把认识问题放在主导的地位。这是近代哲学不同于古代哲学的特色。正是从这一点看，我们才说培根和笛卡尔是西方近代哲学的真正开山祖。
关键在哪里呢?他们两个人都认为经院哲学的错误关键在于认识方法的不对。
经院哲学的方法是：以某些宗教信条为根据，依照一系列固定的逻辑公式，如三段式，推出维护宗教的结论，它所根据的前提是不是可靠，它是从来不管的。即使前提可靠，推出来的东西也只能限于前提里所包含的，一点也不能给人新的知识。而且，固定的逻辑公式只涉及事物的形式方面，与内容完全无关，得出的结论好像玄之又玄，其实空而又空，完全是废话。废话是脱离实际的，它就完全可以按照各人自己的需要任意胡诌，彼此冲突矛盾，永远争论不休。这就像一些包揽词讼的讼棍一样，可以依据同一部法典，把诉讼的双方都说成有理，或者都说成有罪。
总起来说，经院哲学有三个特点：一个是信仰主义，一个是先验主义，一个是形式主义。这三个特点是互为表里的。
培根提出了经验主义，来对付经院哲学的先验主义。笛卡尔则提出理性主义，来对付经院哲学的信仰主义。这两个人都大力提倡具体的科学研究，来对付经院哲学的形式主义。由于偏重的方面不同，发生的影响不同，后来人们把培根的哲学称为经验主义，把笛卡尔的哲学称为理性主义。这两个名称很好地说明了他们的特点，只是很容易使人们忽略他们的共同特点，把一条战壕里并肩战斗的战友误解为互相对立的敌人。这好像有两个人一同去打蛇，一个专打蛇头，一个专打七寸，我们可不能把一个看成蛇头派，一个看成七寸派，忘了他们打的是同一条蛇，把他们的共同斗争说成势不两立的内讧。
笛卡尔反对把真理的获得说成出于上帝的恩典，认为那是人的聪明才智造成的，但他也不认为单用聪明才智就能获得真理，而强调这主要在于正确地运用才智。他说，“行动十分迂缓的人，只要始终循着正道前进，就可以比离开正道飞奔的人走在前面很多。” [10] 他所谓聪明才智，指的就是判别真假是非的理性，又名良知(le bon sens)或自然光明（la lumière naturelle），与盲目信仰对立，并不与感觉对立。这是广义的理性。理性主义所主张的首先是广义的理性，完全排除宗教迷信。
他以人人具有的理性为标准，对以往的各种知识作了一个总的检查。因为要立新必须先破旧。他说，“由于我们在长大成人之前当过儿童，对呈现在我们感官面前的事物作过各种各样的判断，而那时我们还没有充分运用自己的理性，所以有很多先入的偏见阻碍我们认识真理，因此我们要摆脱这些偏见的束缚，就必须在一生中有一次对一切稍有可疑之处的事情统统加以怀疑。” [11] “这并不是模仿怀疑派，学他们为怀疑而怀疑……只是为了使自己得到确信的根据，把浮土和沙子挖掉，以便找出磐石和硬土。” [12] 这就是所谓笛卡尔的方法论上的怀疑。他为了建立可靠的新科学，先把一切不可靠的东西推倒，腾出地基。这是一个十分大胆的革命行动，在那个封建迷信十分顽固的时代，确实有此必要，非如此不能耳目一新。
他这一炮也确实瞄得很准，放得很猛，连他自己也意识到可能引起大哗，因而作下种种保护性的解释，说他这个主张仅仅是为了改造他自己的思想，而且范围仅限于科学，与神学无干，也与政治、社会无干，甚至再三声明自己是个最虔诚的天主教信徒，完全服从教会等等。这些话在当时可能起了点保护作用，今天大概没有人还会单纯到信以为真吧。笛卡尔是个聪明人，他自己心里明白：他要爆破的是一个关键性的枢纽，怎么会不影响他人，不影响社会呢?如果不影响，他又何必写在书上印出来给大家看呢?
他这普遍怀疑是去伪存真的批判，并不是一概打倒的虚无主义。批判不等于打倒，而是打倒假的，肯定真的。把不可靠的统统看成假的，剩下来的也就是真的了。他首先否定了迷信，同时也否定了幻觉，但是并没有否定实在。他要研究如何获得符合实际的认识，这就是肯定了客观方面的实际和主观方面的认识，肯定了二者不同，但是可以符合。迷信和幻觉不符合实际，科学知识符合实际。怎样鉴别符合不符合呢?这衡量的标准笛卡尔认为必须是我们自己的理性，不是权威，也不是道听途说，或者鲁莽武断、胡思乱想。这广义的理性首先否定了迷信，但是我们的错误还不止是迷信，此外更有幻觉。要识破幻觉，更需要用精确意义的理性。我们的感觉常常欺骗我们：一座方塔，远看却是圆的；一根手杖插在水里，看来却像是折断的；而且我们还会做梦，梦中的现实都不真实，如果单用感官，实在无法觉察这类骗局。笛卡尔认为一定要用更高级认识能力——理性——才行。感官只能得到个别的、片面的知觉，只有理性才能获得普遍的、必然的认识。因此我们必须时刻谨防感官的欺骗，有意识地对一切进行仔细分析，把它分成尽可能小的部分，小到一下就能清楚明白地洞察其本质。把每一个部分都认识透彻之后，对全体也就得到了可靠的认识。笛卡尔认识论的核心就是：凡属理性清楚明白地认识到的，都是真的。
这种认识论是理性主义的，还不能见到实践是认识的基础，也是鉴别真理的唯一标准。但笛卡尔比马克思要早二百多年，那个时代谁也没有达到马克思的水平。笛卡尔不但没有达到马克思的水平，连康德的水平都没有达到，但是他达到了他那个时代哲学所能达到的高级水平，比经院哲学高明多了。
有些学者认为理性主义与经验主义完全对立，经验主义只要经验，理性主义完全不要经验，只要理性，所以只能是唯心论。这是出于误解。因为他们采纳了一个旧译名“唯理论”来翻译rationalisme这个字，而中国的“唯”字当“只”讲，于是以为笛卡尔主张只有理性在那里孤孤单单地认识真理，感觉只会骗人，必须排除干净。这当然不合事实。笛卡尔从来没有要求完全否定感觉，正好相反，他是科学家，一辈子从事科学试验，在许多科学部门中都有重大贡献，并不是空想家，天天躺在床上猜测。他只是认为感觉经验有片面性，单凭感觉得不到普遍的科学真理。必须更上一层楼，在全面的理性指导下批判地总结才行。笛卡尔强调理性这位将军对胜利所起的作用，并不是把它看成无兵元帅、光杆司令。
笛卡尔以理性的清楚明白认识作为真理标准，是反对神秘主义的。这是他从文艺复兴以来的新科学中学来的，那些科学反对模糊笼统的臆断，要求把一切分割成尽可能小的部分，仔细地一一详加考察，直到一目了然，不留一点漏洞。这就是力学方法或机械方法，在当时的条件下毫无疑问是最先进的。但是全体不止是各个部分的简单机械总和，机械论不懂得辩证的发展，很快就暴露出它的局限性来了。这种局限性在经验主义哲学家身上表现得更为突出，相比之下，笛卡尔哲学包含的辩证法因素还要多一些，马克思和恩格斯甚至称他为辩证法家。
笛卡尔认为真理并不是彼此孤立的、平列的，而是一些有主有从的原理，构成一个有机的体系。他要找出这个大体系，所以不肯只是一笔一笔地记流水账，一定要算清总账。他说，“整个哲学好像一棵大树，树根是形而上学，树干是物理学，从这树干上发出的枝条是各种其他科学，主要分为三门，就是医学、力学和道德学。” [13] 他所谓树根，是指最根本的哲学原理，首先是关于人类认识的原理。