真菌是真核生物中一个多样化的类群，种属繁多，形态各异。真菌的分类和命名是一项浩大的生物工程，估计在世界上真菌有100万～150万个种，在目前通用的2008年第10版《真菌词典》（Dictionary of the Fungi）中，收录并描述了大约10万种真菌；而且有文字记录的真菌名称多达40万，其中包括大量的同物异名，此外，还有上百万种真菌有待于鉴定和分类。真菌分类以真菌关联性为基础，真菌命名以鉴定、分类和交流为目的，二者密切相关，无法分开。

真菌（fungus，fungi）一词来源于拉丁文的sfungus，即蘑菇，同词源的希腊文为sphongis，意思是海绵状物，中文早期称为蕈，后称菌，又称真菌，属于真核生物，没有质体（plaslids），营养方式为吸收，无吞噬作用。细胞壁含有甲壳质（chitin）和（1，3）-β- D-葡聚糖。线粒体具有扁平的突起，常有过氧化物体（peroxiomes）、高尔基体。有单细胞或菌丝体和多核细胞单倍体的菌丝体。行有性生殖和无性生殖。双倍体存在的时间很短。营腐生、寄生、共生和超寄生（superparasitic，即真菌寄生于其他真菌上）生活。

现代使用的真菌一词的概念不仅仅包括蘑菇，而是代表着一个既有单细胞个体，又有多细胞的大小型丝状体及大型个体的一个相当庞大的生物类群。由于真菌形态构造和繁殖方式较原核生物复杂、多样，但与高等植物相比形态结构则又简单，因此其分类既不同于原核生物也不能与高等植物相似。回顾对真菌系统研究的历史，其发展经历了古真菌学时期（—1860），近代真菌学时期（1860—1950）、现代真菌学时期（1950—）三个主要时期。在古真菌学时期，人们在日常生活中认识和利用真菌，人类最初对真菌的分类是依据易于识别的宏观形态特征来鉴别的，使用的是简单的描述性语言。十七世纪中期显微镜的发明促进了真菌的研究由大型真菌转入小型真菌并推动了真菌分类工作在形态结构方面的研究。1859年达尔文进化论的问世、巴斯德发酵实验的研究，为真菌学的进一步发展奠定了理论基础。随后的一百多年中，真菌的分类从形态结构方面深入到了系统演化方面，建立了以系统发育为基础的分类系统，它反映了系统发育的进程，使真菌分类从外表形态上相似和内在本质上的相关联相统一。这一近代真菌学研究的时期，以形态特征为依据进行了反映自然系谱的分类工作，同时以进化的观点研究了真菌的遗传性状和生理性状。大多数真菌对人类有益，只有少数对人类有害。真菌可引起人类、动物的疾病，称为真菌病（mycosis），还可引起植物的疾病、人类过敏性疾病和真菌毒素中毒症。