吴门医派在中国医学史上占有重要的地位，这与吴门是温病学说的发源地有关。吴中一带湖河诸多，地处卑湿，水利资源丰富，一年四季气候分明，较之北方多温、多湿，这是吴中多温病的自然条件。因此，吴中医家也就有了更多的治疗温病的实践机会，构成了温病学说创立于吴中的必然因素。元末明初，苏州昆山人王履宗《黄帝内经》“冬伤于寒，春必温病”的学术思想，以感邪的即病与不即病区分，提出了温病与伤寒的不同，伤寒治以辛温解表，温病则应治以辛凉苦寒；苏州吴县洞庭东山人吴有性，在此基础上写出了《温疫论》一书，提出了温疫病因“疫气学说”，为中医预防和治疗传染病做出了卓越的贡献，为吴中温病学派的崛起奠定了基础；苏州阊门外渡僧桥下塘名医叶桂在其著作《温热论》中提出“温邪上受，首先犯肺，逆传心包”的传变途径，明确了温病“卫、气、营、血”的论治大法，处方用药注重实效，具有“轻、清、灵、巧”的特色；清代医家吴瑭（吴鞠通）在《黄帝内经》及叶桂等医家论述的基础上，根据外感温热病发生发展的一般规律，在其医著《温病条辨》中创立了温病三焦辨证体系。从此，温病学说从病因病机到辨证施治有了较完整的理论体系，对中医学的发展产生了巨大的影响，于相当长的时期内，在治疗传染性疾病方面居世界领先地位，并对当今的烈性传染病如SARS（严重急性呼吸综合征）等的诊治具有积极、有效的指导意义。