近20年来，生物化学、遗传学、细胞生物学、分子生物学等学科的发展，电子显微镜、细胞培养、组织化学、标记技术、电子计算机、分子生物学技术等极大地促进了肺炎支原体学的发展，但尚有诸多方面问题有待进一步的研究和探索。根据我国目前情况，应在以下几方面加强研究。

通过开展肺炎支原体基因结构和功能的研究，将逐步揭示肺炎支原体的致病基因与致病相关基因。支原体致病机制与其黏附、直接侵入及毒性损失、体液及细胞免疫、细胞因子的作用有关，现已深入认识到分子水平：对其毒素、侵袭性蛋白、黏附素等致病物质，肺炎支原体的结构蛋白和非结构蛋白的结构和功能，但肺炎支原体进入到宿主细胞的基因调控、肺炎支原体与宿主细胞间相互关系等仍需进一步研究。

目前，国内外采用的肺炎支原体感染的诊断方法包括肺炎支原体培养法、血清学抗体检测法、抗原检测法和核酸检测法等。肺炎支原体培养的分离培养和鉴定可客观反映感染的存在，至今仍是支原体鉴定的金标准，并用于验证其他方法的检测结果，但对培养条件要求苛刻生长缓慢，用于临床诊断治疗的指导意义不大，也不易于推广。血清抗体检测方法比病原分离更为实用，最主要的检测法是MP-IgM的测定。核酸检测技术（PCR）具有高度特异性和敏感性，可以检测早期的感染，近几年出现的实时PCR技术也应用于肺炎支原体感染的诊断，是目前公认的准确性和重复性最好的核酸分子技术。

目前，治疗支原体肺炎主要使用阿奇霉素等大环内酯类抗生素。大环内酯类抗生素对支原体肺炎有一定的疗效，但毒副作用十分明显，服药后患者胃肠反应强烈，恶心呕吐情况经常发生；长期使用，对病人的肝肾损伤也较大。静脉注射阿奇霉素等红霉素类药物易引起血管痛，严重者可引发静脉炎。特别对于正处在生长发育期的儿童，由于其身体各项功能发育尚未完全，此类药物的毒副作用更大。同时，红霉素类药物易使患者产生耐药性。故研发治疗肺炎支原体肺炎新药是当务之急。近期，中药对治疗肺炎支原体肺炎取得了一定的成效。由黑龙江省中医研究院研制并应用于临床的抗支原体微丸根据中医理论由黄芩、百部、白前、紫苑等中药组成，在临床应用中发现其治愈率和总有效率均高于阿奇霉素近十个百分点，具有非常好的治疗效果。由山东医药大学从古方贝母瓜蒌散(黄芩、瓜蒌、黄连、浙贝母、赤芍、百部、甘草)的基础上化裁而来的支原体颗粒小儿肺炎支原体感染具有可靠、良好的治疗作用，该药能够显著地清除肺炎支原体，有显著的抗病原微生物作用；也有研究发现，中西医结合(阿奇霉素+麻杏石甘汤)治疗小儿早期肺炎支原体感染疗效明显优于单纯西医(阿奇霉素)治疗。

但是，现阶段部分中药的药理作用还不清楚，对于肺炎支原体引起的肺炎，中药中的化学成分是否起到与抗生素一样的作用，是否也会抑制支原体的蛋白质合成还有待进一步的研究。

免疫治疗主要有特异性免疫防治和非特异性免疫防治两种。肺炎支原体感染后，会产生特异性的IgM、IgG、IgA等抗体，对肺炎支原体的再繁殖及感染有一定的保护作用，故而可以通过疫苗来减少或防止肺炎支原体的感染。现肺炎支原体疫苗已在动物上取得一定成果，比如国际上广泛使用的美国辉瑞动物保健品公司采用佐剂Amphigen制备的“瑞倍适”灭活疫苗。但在人类肺炎支原体疫苗尚未取得显著成果。Yayoshi等用国际标准株FH-P24和它的分裂株P24-S1、P24-S11作为活疫苗经鼻顺次免疫BALB/C小鼠，发现FH-P24株免疫效果相对较好，但其安全性需进一步研究。Jensen等报道将灭活肺炎支原体疫苗在人体中应用，发现有90%产生保护性抗体，但临床经验证明,即使血清中有了保护性抗体，预防发病的保护力并不大。且在未产生保护性抗体的人群中，感染后的症状比未用疫苗者反而更严重。因此，减毒活疫苗的安全性有待进一步提高。现阶段，人们又致力于将P1蛋白作为疫苗的研究。虽然，关于是否能找到一种保护性强同时安全性高的疫苗目前尚未无定论，但从抗体角度而言，利用抗P1抗体来阻止肺炎支原体的黏附作用，从而减轻支原体的致病性的特点，预防接种，从而降低肺炎支原体的感染率在理论上是可行的，但需要通过严格的实验来验证。

非特异性的免疫防治主要有免疫抑制剂和免疫调节剂。近年来细胞因子的研制及应用成为研究的热点。但细胞因子在肺炎支原体感染时的变化尚未有统一结论。肺炎支原体感染时，有多种细胞因子产生变化。并且由于动物模型的不同， 取标本时间的差异，结论也不一致。同时各种细胞因子的产生情况大多呈曲线分布，说明机体自身的免疫状况也起了很大作用。单纯地补充或阻断某种细胞因子都会干扰机体自身的免疫反应，可能造成更大的损伤。因此，对于肺炎支原体感染，细胞因子能否应用及如何应用还有待进一步研究。

肺炎支原体感染尤其对儿童的身心造成严重损害，故发展高效的灭活疫苗和相应的免疫增效佐剂及加大对基因工程疫苗的研究力度，进一步研制高效实用的基因工程疫苗亦是今后工作的一个重要方向。

目前，肺癌已成为我国常见肿瘤之一，临床上经常可以发现有些肺癌患者咳嗽、咳痰等呼吸道症状加重并有发热等，但是痰细菌培养阴性，除了考虑原发病的加重，尚需考虑肺炎支原体等其他非细菌性微生物感染。有实验证明，肺癌患者本身存在免疫功能紊乱、低下，加之放疗、化疗对机体防御机能的影响，使肺癌患者成为肺炎支原体的易感人群。及早正确诊断肺炎支原体感染并应用有效的抗生素如阿奇霉素药物显得尤为重要。在诊断未明确之前，在治疗上可应用对细菌感染及肺炎支原体感染均有效的抗生素。