基本粒子的组装意识：意识的新定义 
在了解了自组装是物质进化的重要过程之后，人们很容易想到：物质是有意识的吗？这可是一个非常敏感的话题。
我们谈论物质的意识，很容易被认为是在宣传某种宗教或过时的陈旧哲学观。例如“万物有灵论”、“泛灵论”等等。因为我们所要讨论的问题与这些曾经出现过的论调，或许会有“似曾相识”的感觉。虽然我可以断然地说，绝非如此，但不得承认有时难以完全避开某些表述上的“相似”性。因此，有必要得对这一点预先加以说明。
泛灵论(Animism)是曾经流行过的一种唯心主义的哲学思想，又名万物有灵论。发源并盛行于17世纪，后来则引申为宗教信仰种类之一。泛灵论认为天下万物皆有灵魂或精神，并且控制和影响其他自然现象。这种论调抹杀了有机物和无机物之间的区别、生命和非生命之间的差别、物质和意识的界限，认为任何物质形态都具有感觉和思维能力，因而是一种不科学的理论。现代科学证明，并不是任何物质形态都有感觉、生命。我们所讨论的物质的意识与任何物质都有感觉、有生命是根本不同的概念，绝对不可以混为一谈。因此，物质意识论绝非泛灵论。
有生命就有意识，这比较容易理解，本章前几节已有论述。如果说物质也有意识，怎么理解呢？
这里确实得事先申明，所说的物质的意识不是指宏观的任何一种无生命物体的意识，例如桌椅、建筑、书本等等，而说的是构成自然的物质的基本粒子的属性。或者说，物质有意识，指的是构成物质的基本粒子的属性，而无生命的物体是没有意识的。
我们通过物质的进化过程，可以合理地论述这个观点。
物质从元素到分子，从大分子到蛋白质、从单细胞到多细胞，从植物到动物，这个历经了上百亿年的漫长的进程，是靠什么支持其持续地沿着由低级向高级发展的？
一百多亿年啊，直到20多亿年前才开始出现生命，这以前的几十亿年，元素在剧烈的热核反应中聚集，形成气团、结成团块、形成星球，都是在由低级形式向高级形式转变。为什么会这样？如果没有一种意识，它完全可以停止在任何一个阶段，不用走到今天这个境地。可以永远是核爆，可以永远是死球，可以永远是没有生命的宇宙。但事实不是这样，一切都在发生着，在进化着。只要有适当的机会，这个过程就得以持续。为什么会是这样？这需要有科学的解释，不能用“神”来搪塞，这种情形，只能解释为这是物质的本能，进化是物质的本能。这种本能就是组装意识。
这时我们会想起本书一开始就说到的布朗运动。水分子在那里不停地运动，那不是盲目地“乱窜”，是寻求有序的组装路径。通过不停息的运动、碰撞、组合，水簇、聚合水、凝胶等复杂的结构得以呈现。尽管概率可能极低，机会可能极少，但有多少亿年的时间持续组装，总有一支“中彩”构形，使自己走得更远。这种运动中的组装，不是完全“盲目”的自发行为，而有着一种基因的指导，这就是存在于物质结构内部的“遗传基因”：以光子为载体的自组装信息。光子是物质在微观结构中的“DNA”，组装意识是它的基因片断。（图2-4分子自组装示意。）
图2-4 光合细菌分子自组装
由此我们可以试着给原来只针对生物才有意义的意识下一个新定义：
意识是物质对环境的判断和感应，并由此产生出的行为指令。
这就是本书所推论的超越生物意识限定的普遍意识的概念。
当然，这里需要特别指出的是，物质只会产生与自己的状态和环境相适应的意识。这就为意识的度提供了很大空间。这就是高级意识、低级意识和初级意识（意识单元或单元意识）。低级的物态不可能产生高级的意识。但是，即使是最初级的意识也包含有“组装”的概念，这个组装意识就是意识的最基本单元，是物质意识的“基因”。这是物质进化的内在潜力。有这种意识并且会变化为行为指令，才会有组装行为。只要条件成熟，组装就会自然地产生。由简单到复杂，由低级向高级，意识总在这种组装的进化中起作用。
从进化论的角度，我们看到高级生命是由低级生命进化而来的，低级生命是由无生命物质进化而来的。
无生命的物质如何进化出生命？这个过程已经被科学家千百万次地推演，配制各种“原始汤”，模拟无生命物由低分子向高分子再向大分子、蛋白质的进化过程。但是，更令人深思的是：这些从元素到分子再到大分子的进化，为什么是可持续的？如果没有物质自组装的意识，这个过程可以走这么远吗？进化中的这种由低级向高级变化只有极低极低的几率，这些进入进化程序的物质是在何等坚持的意志的支持下才完成的啊。这只能是一种物质的普遍的意识，一种不可删除的进化的信息在所有个体内的储存，才使得物质一有机会，就要进化。这就是物质的自组装意识。
“感应”是物质对环境条件的反馈。在环境条件不成熟时，物质就不会执行组装“行动”，相反会进入“反程序”，自然界的“自分解”、“腐蚀”、生命的死亡等。这个过程在广义上仍然是“自组装”的另一种形式，使通过繁衍进化的过程，将在存在中积累的信息“遗传”给下一代。总的趋势，仍然是趋向复杂和有序。因此，物质与环境永远是互动的。
趋向复杂和有序，这正是物质从开始自组装起就一直坚持表达的信息。它从一开始就作为一种组装意识存在于微粒中，进而在组装过程中一直保留在所有组装成更高级阶段的物质的基本微粒中。只要条件成熟，这种意识就会被唤醒。
这种意识的坚持与传递在出现生命以后，特别是出现动物以后，有了明显的提速。人类的出现大大促进了物质进化的速度。人类在上万年的历史中所促进的物质与精神文明的发展，比此前物质多少亿年的进化都要快得多。意识也在这种进化中一再升级，达到现在人类强烈的自我意识的程度。并且通过人类对物质的认识使之实现物质的更高级形式的进化，有了新路径。人在实现物质的更高级的进化方面，现在正在进入一个关键时期。有人认为这就是所谓“奇点”的来临，有人以为这将是人类的末日，实际上，这是物质进入更高级形式的开始，应该是人类的福音。