风险评估团队应提出主要的风险问题，以助于界定收集评估所需信息，确保能在规定时间内完成对重要风险的评估，而那些不太重要的风险问题留待后续解决。明确优先要评估的风险问题，可通过文献综述、监测数据分析、现场流行病学调查和专家团队咨询来实现。

风险问题一般包括以下要素：时间范围，地区范围，人们暴露于某种事件或疾病的公共卫生风险。一般常见为：“××时间范围内××事件/疾病在××地区的公共卫生风险”。具体实例如：

1.2013年夏秋季我国发生登革热暴发的风险。

2.2014年8月西非埃博拉病毒病输入我国的风险。

3.2015年4月25日尼泊尔地震灾后3个月内西藏灾区需优先应对的公共卫生风险。

4.中国2010年上海世界博览会期间需优先应对的公共卫生风险。

风险问题的提出还可能受到下列因素的影响：

1.存在特殊的高危人群（如2015年广东发现首例输入性中东呼吸综合征确诊病例，其优先评估的风险问题之一可为：该确诊病例的密切接触者发生继发感染的风险）；

2.开展风险评估机构的层级，如县区、地市、省级或国家级（最明显区别就是关注风险可能影响的区域范围不同）；

3.决策者、其他利益相关部门和社会公众对评估事件某些方面的特别关注（例如2014年8月底9月初，教育部门关注西非埃博拉病毒经由疫区来华留学生输入的风险）；

4.事件发生的不同阶段（如2015年我国未发现中东呼吸综合征输入病例之前，侧重于输入风险评估；发现首例输入性确诊病例时，则重点关注该病毒进一步在我国播散的风险）；

5.既往事件与类似情形的风险评估结果（如2010年我国发现携带NDM-1基因的超级耐药菌，并为此开展专题风险评估；2015年我国再发现携带MCR-1基因的超级耐药菌，其风险评估流程可以参照既往NDM-1的评估经验）。