一般情况下，如果不进行支气管肺泡灌洗，很少出现发热。相反若进行支气管肺泡灌洗术后，发热的发生比例则较高。Fijter等在一项肺灌洗的研究中报道其发现比例为10%~30%，并且与灌洗液用量有关。现认为发热是由肺泡巨噬细胞释放的前炎症细胞因子引起的。有报道经支气管肺活检后10%的患者有发热，但没有一例血培养阳性。支气管镜检查后菌血症罕见，但Yigla等在一项研究中发现，支气管镜检查过程中菌血症发生率为6.5%。

已有明显阻塞性肺部疾病患者，检查后发热的机会较一般人为高。也有个别人在支气管镜检查及活检后，发生肺炎及败血症，因未及时发现和处理而死亡。

患者继发肺部感染后可出现呼吸困难，胸闷、气短，体温变化、咳嗽、痰量增多等表现，严重者可出现呼吸衰竭。

根据痰培养或血培养的细菌检查结果，给予相应抗感染治疗，同时给予患者加强营养、化痰、平喘等对症支持治疗，并发呼吸功能不全时按呼吸功能不全处理。

对原有呼吸道感染的患者，检查时应先检查感染较轻的一侧，以免因检查而扩散感染。因器械设备不严格而引起呼吸道感染者虽不多见，但每次检查后要严格按清洁、消毒程序进行支气管镜消毒管理。对于脾切除患者、有心瓣膜修补或心内膜炎病史的患者，在支气管检查前需要预防性使用抗生素。

除以上常见并发症以外，还可能会发生喉头水肿、哮喘、窒息、心脏骤停、主动脉瘤破裂等并发症。这些并发症虽然少见，但一旦发生，均可危及生命。应该引起所有进行支气管镜操作的医护人员高度警惕。在进行支气管镜检查以前，要争取有必要的抢救设备，熟练掌握各种抢救技术，力争做到安全第一。