牙菌斑是牙面上的一层牙面沉积物，可于刷牙后24小时内产生，由获得性膜和附着于其上的细菌组成，是“由千百万微生物肩并肩构成的细菌性胶冻”。根据菌斑的位置，可分为龈上菌斑与龈下菌斑。龈上菌斑与龈下菌斑的优势菌群不尽相同，致病机制和引发的疾病也不相同。平时提到较多的一般是指龈上菌斑。

牙菌斑是龋齿及牙周病发生的必要因素。菌斑上的致龋菌通过发酵食物中的碳水化合物产酸，引起牙面釉质的脱矿，当脱矿越来越严重，牙齿本身的脱矿与再矿化平衡被打破，从而引发龋齿。

因此，控制龋齿或牙周炎的重要步骤之一就是控制菌斑，包括物理控制与药物控制。物理控制即通过刷牙和使用牙线清理牙齿各位置的菌斑和软垢，必要时还要到医院使用特定的工具进行洁治与刮治，以清理刷牙和牙线无法清除的部分。药物控制主要是一些漱口液和口服的抗生素。