在支持细胞所产生的AMH作用下，苗勒管出现退化，阻止苗勒管向女性生殖管道及外生殖器方向分化。同时，间质细胞产生睾酮，在含有5α-还原酶的组织中（如中肾管、尿生殖窦、生殖结节等）将睾酮转化为双氢睾酮（比睾酮的活性强10倍以上），与细胞内的雄激素受体结合，促使生殖管道及外生殖器向男性方向分化。

妊娠第8～12周，在睾酮的作用下，中肾管后2/3向输精管分化，而中肾管接近睾丸的部位形成附睾管，迂回曲折形成附睾头、体、尾。附睾头端通过输出小管与睾丸相通，尾端与输精管相延续。中肾小管的头端和尾端退化分别形成附睾附件和睾丸附件。中肾管尾端近尿生殖窦处形成向外膨出的盲管，即精囊芽，最终分化形成精囊。精囊与尿道间的中肾管则分化为射精管。

前列腺和尿道球腺由泌尿生殖窦的中部分化形成。妊娠第10～12周，在睾酮和双氢睾酮的刺激下，泌尿生殖窦上皮细胞生成实性上皮索，进入外周的间叶组织，形成前列腺芽。除了雄激素的调节外，同时在泌尿生殖窦上皮组织和间叶组织的相互作用下，上皮组织分化为前列腺导管，间叶组织分化为平滑肌，最终形成成熟前列腺样的分叶结构。

在未分化期，男女外生殖器的发育基本一致。在妊娠第5周，泄殖腔两边边缘突起，形成泄殖腔褶，两侧泄殖腔褶在前方会合形成生殖结节。当泄殖腔诱导分化为腹侧的泌尿生殖窦和背侧的肛门直肠管后，泄殖腔褶分别发育形成泌尿生殖褶和肛褶。

妊娠第10周开始，在睾酮和双氢睾酮的作用下，生殖结节延长，泌尿生殖褶间形成尿道沟，同时在其两侧形成新的突起，即阴唇阴囊褶。生殖结节继续延长，逐渐形成阴茎体和阴茎头。其中，间质组织分化形成阴茎海绵体、结缔组织和真皮等，外胚层形成皮肤覆盖阴茎，并在阴茎头处形成皮肤返折，即包皮，覆盖阴茎头。同时，尿道沟和泌尿生殖褶被拉长，在尿道沟深面形成实性上皮细胞板，即尿道板。随着尿道沟逐渐变深，尿道板形成管腔，而泌尿生殖褶出现融合，最终形成阴茎部尿道，其表面遗留下来的合并线成为阴茎缝。在妊娠第3个月，阴茎头上的上皮索状物形成，向内凹陷，突入阴茎头，逐步形成管状，并与阴茎部尿道相连，成为阴茎头部尿道。阴唇阴囊褶逐渐向中线融合形成阴囊，中线处遗留的融合痕迹为阴囊缝。

在女性胚胎，由于缺乏抗苗勒管激素、睾酮和双氢睾酮的刺激，中肾管退化，苗勒管形成输卵管、子宫和阴道上2/3。泌尿生殖窦后面的窦结节增厚形成窦阴道球，与苗勒管在末端融合形成的管道接触，最终形成阴道的下部。同时，生殖结节向下弯曲形成阴蒂，泌尿生殖褶形成小阴唇，阴唇阴囊褶形成大阴唇，部分泌尿生殖窦形成尿道。