GERD的鉴别诊断十分重要。烧心、反流是GERD的典型症状，但并非GERD患者的特异性症状。对初诊患者，特别是临床表现不典型的患者，要特别注意对警报征象和相关病史的采集，除外食管其他器质性疾病、合并疾病。警报征象包括吞咽痛、吞咽困难、呕吐、消瘦、黑便和粪便隐血阳性、贫血、食管癌和胃癌家族史。对以胸痛为主要表现的患者，还要注意排查心源性和肺源性胸痛。

食管的动力性疾病，如贲门失弛缓症、弥漫性食管痉挛和胡桃夹食管的患者，常合并反流症状，对反流伴有呕吐、胸痛的患者，要特别注意排除食管动力型疾病（见第九章　第八节）。

拟诊为GERD的患者，当PPI治疗疗效不满意时，还要注意排除嗜酸性食管炎的诊断（见第九章　第十节）。

NERD和功能性烧心、食管源性功能性胸痛的鉴别诊断是十分困难，这是因为食管功能性疾病的诊断要基于“无胃食管反流导致该症状的证据、无组织病理学依据的食管动力障碍”。但现阶段有关胃食管反流、动力障碍的检查需要插管，使得检查结果不能完全反映患者的生理状况；功能性疾病和NERD患者常合并精神心理问题，使得患者对症状的感受更加严重，因此鉴别诊断时还需要综合考量（见第九章　第六节）。

强调严重的反流性食管炎治疗后复查胃镜，主要是考虑到严重的炎症可掩盖合并存在的Barrett食管、肿瘤病灶。Barrett食管是否存在早期癌变也是鉴别诊断中的重点，详细内容见相关章节。

继发性胃食管反流在临床上也很常见，及时发现和诊断原发病是治疗反流症状和食管炎的前提。

总之，GERD是一种非常常见的疾病，患者临床症状谱广，个体差异性大，多数患者病情反复发作，病程迁延。因此，对GERD的诊断在遵循规范化的同时，特别强调个体化的原则，即必要时有针对性地选择辅助检查，以更好地指导治疗、随诊。