长期以来胃酸一直被认为是引起GERD患者食管损伤的主要因素，pH＜3时，食管黏膜上皮蛋白变性，同时H ⁺能激活和提高胃蛋白酶的活力，加重食管黏膜的损伤，pH越低、酸暴露时间越长，黏膜损害越重。研究发现，功能性/机械性胃出口梗阻患者，因胃酸排空障碍，食管炎发生率明显增高；胃酸高分泌状态（如卓-艾综合征）患者食管炎的发生率达43%，其中50%患者为重度食管炎；也有研究表明GERD患者餐后胃酸分泌过多，且与食管酸暴露呈明显正相关，均证实胃酸是导致食管黏膜损伤的主要因素。