GERD可出现与耳、鼻、咽喉或呼吸道相关的症状，称为GERD的食管外症状。总体来说，GERD食管外症状的确认首先有赖于患者是否合并典型的反流症状，若存在典型的反流症状如烧心和反酸，其食管外症状与反流的相关程度增强，进一步PPI治疗的有效率也较高。若未合并典型的GERD症状，其与GERD的相关存在不确定性，需通过进一步的客观检查进一步明确。

GERD是慢性咳嗽包括哮喘和鼻后滴漏在内的三大病因之一。其发病的可能机制包括微吸入，食管支气管反射及咳嗽反射。咳嗽和反流的关系确定存在难度，如咳嗽本身可导致胸腔压力的变化，为反流提供机会。尽管联合阻抗-pH监测可与咳嗽监测同步，有利于客观监测反流及咳嗽之间的关系；但是反流引起咳嗽的时间窗无法确定，与典型症状如烧心与客观反流监测中出现的酸反流之间的2分钟时间窗不同，目前暂无对这一时间窗的统一定义，所以无法准确的诊断反流与咳嗽的相关关系。为进一步确定咳嗽与反流的关系，临床往往采用经验性PPI治疗进一步确定。但是PPI治疗的应答率较低，其原因与部分咳嗽与反流的关系无法确定外，慢性咳嗽中重要的发病机制食管支气管反射的活化也扮演重要角色。研究显示当食管支气管反射已经被激活后，反流物的酸化作用有限。抗反流手术在一些小样本非对照研究中提示治疗反流性咳嗽有效，但仍需要前瞻性对照研究进一步证实其疗效。

反流性哮喘发病机制与反流性咳嗽类似，但夜间反流在其发病中有重要作用。其评估还需行支气管激发试验等。PPI亦为反流性哮喘最常用的治疗方法，但往往不能使症状完全缓解。抗反流手术的作用未得到证实。

耳鼻喉科就诊的患者中4%～10%的症状与GERD相关；其中慢性喉炎的症状约60%与GERD相关，作为耳鼻喉科及消化内科交叉的疾病，越来越引起临床的重视。与慢性咳嗽类似，GERD与咽喉症状的关系往往也难以明确。反流监测如单纯pH监测或者联合阻抗-pH监测有助于为疑诊GERD相关喉炎的患者提供客观证据。但是食管下段的客观反流证据并不能作为咽喉反流的证据，而咽喉反流的监测阳性率极低，因此应用反流监测来寻找咽喉反流的证据也存在难度。此外，疑诊咽喉反流的患者还可以应用PPI进行诊断性治疗，与典型食管反流症状的2周PPI诊断性试验不同，咽喉症状的患者需要更长疗程的观察，据本中心的研究提示，观察疗程4周时其诊断的敏感性和特异性最高。