第二节　常用数据库简介

一、NCBI

美国国立生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，NCBI）是美国国立卫生研究所（National Institute of Health，NIH）的国立医学图书馆（National Library of Medicine，NIM）分支，成立于1988年，目的是提供一个医学研究成果交换平台。NCBI由不同类型数据库和分析软件所组成，其中的Nucleotide数据库（GenBank）收载大量中药材物种序列，是重要的生物信息来源。

二、EMBL

由以色列及17个欧洲国家共同管理的欧洲分子生物学实验室（The European Molecular Biology Laboratory，EMBL），其中EMBL-DNA Database由欧洲生物信息研究院（European Bioinformatics Institute，EBI）建立。数据库除提供核酸及蛋白质序列查询外，亦有多种序列分析程序，常用的有多序列排序ClustalW。

三、DDBJ

日本DNA数据库（DNA Databank of Japan，DDBJ）建立于1984年。主要搜集及管理日本及世界各地所载的分子序列。DDBJ每日跟GenBank及EMBL-DNADatabase交换新增数据，所以以上三者所收录的序列是相同的。

四、BOLD

Barcode of Life Data Systems（BOLD）是一个生物学条形码信息平台（Ratnasingham和Hebert，2007），协助收载、储存、分析和发放DNA条形码记录，整合生物的分子、外观形态以及群体分布的数据库。BOLD会为任何对DNA条形码有兴趣的研究员免费提供服务。跟NCBI一样，研究人员可以在BOLD上发布DNA条形码序列，利用数据库鉴定不知名样本等。除此之外，所收载的每条序列，都附有来源标本的影像、采集数据（采集者、日期、地点GPS坐标）、用作扩增的引物和序列的源文件，由此可见BOLD并非一个单纯的序列数据库，而是针对DNA条形码研究所需而建成的特殊数据库。

BOLD的其中一项功能是DNA条形码鉴定物种，所以极为重视来源生物品种的真实、正确性。相反，NCBI所收载的序列数据，其来源生物的身份是未经考证的，这是BOLD优胜的地方。但是BOLD只接受几种DNA条形码序列，如真菌的ITS、植物的mat K和rbc L以及动物的CO I。NCBI则接受任何DNA区域的查询，限制较少。

五、MMDBD

Medicinal Materials DNA Barcode Database（MMDBD）由香港中文大学邵鹏柱领导的团队建立的全世界第一个中药DNA条形码数据库（Lou等，2010）。能够提供药材的中文名、拉丁名、药用部位、图片、常见伪品、混淆品和代替品的DNA条形码资料。用户可以药材名称或植物拉丁名检索。内建BLAST功能，使用者可比对数据库内的序列，从而鉴定药材。

此外，中国医学科学院药用植物研究所建立了全世界最大的药用植物DNA条形码鉴定数据库（含2万余个物种）和中药材DNA条形码鉴定系统网站（http：//www.tcmbarcode.cn），该数据库鉴定系统以《中国药典》2010版收载的植物和动物药材为研究对象，将DNA条形码技术和生物信息学技术相结合，建立了用于中药鉴定的网络信息化操作平台，并涵盖绝大多数美国药典、日本药局方、欧盟药典、韩国药典和印度药典的草药。同时建立专门中药条形码网站，如基于ITS2的DNA条形码鉴定网站（http：//www.its2-plantidit.dnsalias.org），不仅可用于中药资源信息检索、查询以及比对鉴定，而且可广泛应用于从中药材源头生产到市场流通等各环节，如中药种植基源信息检索、查询以及比对鉴定，中药种植基地种质资源的真伪，种子种苗的鉴定，现有种质资源库样品的真伪，中药资源野生变家种过程中种源的鉴定以及中药材采收、粗加工、存储和销售等市场流通环节。

六、美国科学网（Web of Science）

由美国Thomson公司所管理及开发，所收载的期刊比NIM-PubMed更多，经订购后，用户可在线查询多份期刊，将摘要整合、记录、打印和输出往个人的期刊库储存。

七、中国知识网（CKRID）

中国知识网（China Knowledge Resource Integrated Database，CKRID）管理多类中文文献，包括学术期刊、博士学位论文、工具书等。经订购后，用户可直接下载文章，是寻找中文学术文章的重要工具。

八、中国植物志（Flora of China）

中国植物志英文版（Flora of China）是中国的植物分类学权威参考，提供植物基原在线查询。

九、常用网站链接

1.National Center for Biotechnology Information（NCBI）：

http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/

2.The European Molecular Biology Laboratory -DNA database（EMBL）：http：//www.ebi.ac.uk/embl/

3.DNA Databank of Japan（DDBJ）：

http：//www.ddbj.nig.ac.jp/

4.Barcode of Life Data Systems（BOLD）：

http：//www.boldsystems.org/views/login.php

5.Medicinal Materials DNA Barcode Database（MMDBD）：

http：//www.cuhk.edu.hk/icm/mmdbd.htm

6.Web of Science：

http：//thomsonreuters.com/products_services/science/science_products/a-z/web_of_science/

7.中国知识网：

http：//www.cnki.net/

8.Flora of China：

http：//hua.huh.harvard.edu/china/

9.The International Plant Names Index（IPNI）：

http：//www.ipni.org/

10.BioEdit：

http：//www.mbio.ncsu.edu/bioedit/bioedit.html

11.Molecular Evolutionary Genetics Analysis（MEGA）：

http：//www.megasoftware.net/

12.Phylogenetic Analysis Using Parsimony（PAUP）：

http：//paup.csit.fsu.edu/

13.Phylogeny Inference Package（PHYLIP）：

http：//evolution.genetics.washington.edu/phylip.html

14.Genemarker：

http：//www.softgenetics.com/GeneMarker.html

15.NEBcutter：

http：//tools.neb.com/NEBcutter2/index.php