当患者有其他器官功能不全时，使用抗菌药物应该充分考虑药物对于这些器官的影响。抗菌药物一般是通过肝脏或肾脏进行代谢，因此最容易对肝功能、肾功能造成影响。本来就有肝病的患者应该谨慎使用容易引起肝损害的抗菌药物，本来就有肾功能不全的患者应该谨慎使用有肾毒性的抗菌药物。在使用过程中，应该监测肝、肾功能，出现不良反应时根据情况减药或停药。对于透析的患者，因为有的药物可在透析中清除，在选用抗菌药物时还需要了解药物经血液透析、腹膜透析清除的程度来调整剂量。