3.1　进化的因果分析

在过去的进化研究中，因果分析是循着两条途径进行的。

其一是按生物系统结构的层次逐级还原的途径，即认为某一层次的现象可以在其低一级的层次上找到“原因”。例如，个体表型性状的遗传和变异可以在细胞内染色体上找到解释，而且最终追溯到遗传物质DNA与RNA的分子结构上。生物进化表现在生物组织的各层次上，通过对各层次的进化现象的研究来了解各层次进化过程之相互关联。用低层次的现象和过程解释高层次的现象和过程，这种还原的分析在现代进化生物学中仍是主要的研究途径，虽然有越来越多的争论，例如，关于小进化能否解释大进化的问题存在着完全相反的观点（Ayala，1985）。

另一条途径是通过研究分析在时间向度上顺序发生的进化事件之间的关联来探索进化的因果关系。进化事件按时间排列的序列本身就已经把进化过程显示出来了。例如，我们将自太古宙以来的古生物以及与之相关的地质记录按它们出现的时代顺序排列起来，就会看到一幅生命进化的历史图卷：从35亿年前的最早的细菌、蓝菌，到单细胞真核生物，到原始的多细胞动物和植物，一直到人类起源。先前发生的事件往往被看作是后来发生的事件发生的根源或条件。但是，由于历史记录不全、事件之间错综复杂的关系以及时间尺度的误差，往往使得因果分析变得十分困难和复杂。何况先前发生的事件并不一定是后来事件的直接根源，例如，南方古猿（Astralapithecus）究竟是不是直立人（Homo erectus）和智人（Homo sapiens）的直系祖先仍不能确证。