出兵灭南燕旗开得胜
萧条亭障远。凄惨风尘多。关门临白狄。城影入黄河。
秋风别苏武。寒水送荆轲。谁言气盖世。晨起帐中歌。
——南北朝·庾信《拟咏怀二十七首·其二十六》
桓玄在派桓谦出战时就做好了逃跑的准备，听到桓谦战败时，立马乘船逃离建康。因走得匆忙，众人一天都没进食，当左右向桓玄进献食物时，他还因粮食是糙米饭而咽不下饭。桓玄的儿子桓升年仅六岁，看见父亲这样，就上前拥抱安慰他，桓玄见状，悲从中来，哀叹不已。
桓玄带领众人一直逃往寻阳（今九江附近），补充了物资之后，又携晋安帝等“迁都”江陵（今湖北荆州）。经过一段时间的休养，桓玄倒也恢复了一些元气，重新聚集了两万余人的兵力。但这时的桓玄不知悔改，屡屡埋怨将领无能，滥罚乱杀，导致人心涣散、士气萎靡。
而刘裕占领建康后，积极地筹划追击桓玄之事，很快就整饬军队，派部下分兵讨伐。桓玄的将领无人可以阻挡刘裕大军，纷纷落败。桓玄愤怒不已，亲自率领二百艘战舰前往峥嵘洲（今湖北鄂州江上），准备与刘裕决战。
当时，桓玄还是比刘裕兵多，装备也比刘裕好上不少，但到了真正决战之时，桓玄却贪生畏死，在自己所在舰船的旁边停靠了两艘便于逃跑的小船。官兵知晓后，顿时斗志全无。在刘裕的火攻之下，纸糊一般地崩溃逃散。桓玄逃回了江陵，不敢出城复战，他知道此地不能久待，再次匆匆出逃，后来被益州刺史毛璩邀功杀害。
义熙元年（公元405年），刘裕将被桓玄挟持掳走的晋安帝司马德宗迎回建康，义熙二年，刘裕因铲灭奸臣、匡扶晋室之功受封为豫章郡公。义熙四年（公元407年）正月，因上年年末扬州刺史、录尚书事王谧去世，刘裕获授侍中、车骑将军，入掌朝政大权，成为一人之下万人之上的重臣。
尽管既有军功，又掌握了朝中大权，但刘裕还是觉得自己的威望不足，震慑不住朝中群臣和当时的名门望族。如果刘裕这时废掉晋安帝，和桓玄的篡位之举就没什么两样了。所以刘裕并没有留在建康，而是请命镇守京口的丹徒县。这样一来，刘裕既可遥控朝廷，又不受人掣肘，可谓进退自如。而且，他还在等待着继续建立大功的机会。
▲江陵古城
知识链接 南北朝的经济发展
南北朝时期，大量的北方人前往江南地区，带去了先进的科学技术，促进了江南地区经济的发展。南朝政权在江南建立后，统治者大力发展当地的经济。首先，人们在江南兴修水利，对原本荒芜的大片土地进行开垦，使得江南地区具备了发展农业的基本条件。在江南地区，由于气候条件优越，水稻得到了大量种植，绿肥与粪肥的推广也促进了农业生产；小麦的种植从北方转移到了南方，使江南地区作物的多样性得到了适当的补充。江南地区的开发同时也带动了沿海地区的发展，其中福建、广东等地得到了较大的发展。
义熙五年（公元409年），内乱甫定，刘裕将目光瞄向了外面，想要开疆拓土，再建功绩。于是，他向后秦文桓帝姚兴派出使者，做出外交示好的同时，要求前秦归还原为东晋领土的南乡诸郡。一般情况下，这种事情根本不会有人理睬，但姚兴竟立马同意了。群臣纷纷上奏进谏，姚兴还是坚持这么做，他说：“天下善恶的标准是一样的。刘裕出身寒微，却能够诛除桓玄，兴复晋室，内理朝政，外修封疆，我怎能吝惜数郡之地，而不成人之美呢？”于是，后秦将汉水以北十二郡都还给了东晋。不论姚兴是真心还是有别的目的，刘裕“不战而屈人之兵”的美名却确实留下了。这时，又有一件事促使刘裕趁机北伐，再次建立了不世之功。
义熙五年，正当后秦姚兴与大夏赫连勃勃兵戎相见，打得不可开交之时，南燕也对东晋发起了进攻。南燕是一个短命的朝廷，总共才传了两代，共13年，这次发兵东晋的就是第二任国主慕容超。慕容超是一个不理国政、喜爱玩耍之辈，这次出兵也没什么正当理由，只是因为他想掠夺人口，从中挑选少男少女进入教坊司而已。于是，南燕入侵东晋，攻宿豫、济南等地，俘获了数万晋民，连太守都被燕兵抓走。
刘裕闻知小小南燕竟敢犯东晋边疆，自然愤怒不已，不过他也暗自高兴。因为他知道，如果自己领兵北伐南燕，成功击败慕容燕，这又是开疆拓土的大功一件。于是，刘裕立马上奏朝廷，请求征伐南燕。四月，刘裕自建康起行，率晋军沿淮河入泗水，六月行至下邳，留下辎重，领兵轻装步行至琅琊，准备由大岘关攻入南燕。
慕容超听说刘裕率大军来袭，自然惊慌失措，急召众臣商议对策。这时，慕容超的宠臣公孙五楼提出建议：“陛下，我们应该据守大岘关，凭此险关拒敌于外界，与之打持久战，敌人后勤补给困难，我们可以逸待劳。另外，应该派两千精锐骑兵突袭晋军粮道，再令兖州驻军绕山东下，深入敌后。如此夹击晋军，乃上上之策；坚壁清野，只存城池内的粮食，清除田间还没成熟的禾苗，凭固城坚守，这是中策；放敌人入关，出城迎战则是下策。”
说完后，其余大臣议论纷纷，不知如何是好。这时，慕容超不知吃了什么药，竟选择了下策，那就是放敌人入关，在平原地区决战，还振振有词地说，禾苗太多，清除不尽，南燕骑兵勇猛无敌，对付敌人，手到擒来，根本不必担心。
这时东晋军已经到达大岘关前，部下担忧南燕凭大岘关据守，或坚壁清野，向刘裕询问如何应对，刘裕自信地说道：“鲜卑人贪图眼前小利，没有远虑。他们只知纵兵掠夺，后撤时很吝惜禾苗。这次南燕一定认为我们是孤军深入，不会坚持太久。他们会退守临朐、广固，并不会在此设防，也不会坚壁清野。”
刘裕不愧是有经验的将领，将慕容超的心思一下就猜中了十之八九。刘裕率军进发，果然顺利过了大岘关，他大喜道：“险关已过，必能克敌！”
▲姚兴
慕容超想得很好，亲自在临朐城指挥，认为燕军兵强马壮，人数又多，平原上骑兵优势很大，一定可以击败刘裕。没想到，刘裕早料到了他的计策，用兵车布阵，牢牢地守住了阵地，抵御住了燕军骑兵的冲击。而且，慕容超大军尽出，临朐城必然城防空虚，这时刘裕的部下请命突袭临朐城，刘裕欣然答应。果然，临朐城轻易就被攻破，慕容超单骑逃回了广固。
刘裕乘胜追击，领大军直驱广固城，轻松破掉外城，将内城团团包围。这时，慕容超没有办法，只得派韩范向后秦请援。姚兴正和赫连勃勃大战不休，只能派使者威胁刘裕说：“慕容氏与我比邻而居，邦交友好。他现在向我告急，我军准备遣十万铁骑径取洛阳。晋军如果不退兵，铁骑当踏破城池。”刘裕想都没想，当面呵斥后秦使节：“你回去和姚兴说，我定燕之后，息甲三年才会继续攻伐后秦之地。如果你们现在就想送上门来，那就来好了。”
姚兴当然没有那么厉害，可以踏平洛阳，但还是派了一万人马支援南燕。正巧，这时赫连勃勃大败秦兵，姚兴大惊，立马调兵回朝，哪里还管得上慕容超。这时刘裕派使劝降韩范，韩范一看南燕已无回天之力，便乖乖地投降了。
刘裕军这边依然将广固围得水泄不通，几个月后，觉得时机差不多了，于是晋兵四面进攻，一举攻破广固城，生擒慕容超，将其送往建康处决，并杀掉了大部分慕容氏家族成员。
正当刘裕攻下广固，整饬军队，统计战利品时，东晋国内又乱了起来。
知识点思考 姚兴为何归还给东晋土地，又帮南燕对付东晋？
姚兴当年会大方地让步，答应刘裕归还土地的要求，其中很重要的原因就是怕敌不过东晋，遂用外交手段与之交好，以土地换得暂时的和平。这次南燕遭伐，姚兴不得不伸手救援，是因为他知道唇亡之寒，南燕灭亡只会让刘裕的实力变强，增大其对后秦的威胁。只不过后秦分身乏术，不能同时对付赫连勃勃和刘裕，所以让刘裕轻松地攻克了南燕。